中雌性因子同另一個因子之間發生了相引，而豌豆的雜交中，如果涉及到花粉的顏色和形狀，情況也是如此……

根據果蠅的眼色、體色、翅突變和雌性因子的遺傳的實驗結果，我斗膽提出一個比較簡單的解釋。假如代表這些因子的物質包含在染色體中，假如‘相引’的因子距離相近，且呈線性排列，那麼，當來自雙親的成對（雜合）染色體接合時，類似的區段的位置將互相對應。現在已有確實證據支援這樣一種觀點：在絞線期，同源染色體互相糾纏在一起，但正如詹森斯指出的，當染色體再次分開，即裂開時，這一過程發生在單一的平面上。結果，最初的物質因為彼此靠近最後會留在同一側，對面一側的情形也是如此。於是我們就發現某些性狀有相引現象，而另一些性狀卻很少甚至根本不會出現相引。出現與否取決於染色體上代表這些因子的物質的直線距離的遠近。這樣一種解釋將可以說明我迄今觀察到的許多現象。我想，它也可說明人們迄今描述過的其他例子。這些實驗結果只不過是由於染色體上的物質所處位置和同源染色體聯合方式的力學結果，而產生的分離比例只不過是用數字表現出了染色體上諸因子的相對位置。我們沒有發現孟德爾所說的隨機分離，恰好相反，我們發現染色體上位置相近的因子的聯合。這種實驗結果的機制如何，將由細胞學研究提供答案。“（摘自《孟德爾式遺傳中的隨機分離與相引》，載《科學》雜誌第34卷，第384頁。）

摩爾根是個討厭空談理論的人，但這篇為他贏得聲譽的文章卻多少是純理論的；他一生致力於定量的實驗方法，但這篇文章卻出人意料地沒舉出任何資料。（過了一年摩爾根才發表了有關資料；又過一年，到1913年，斯特蒂文特發表了他的染色體圖的原稿。）但這篇論文寫得天衣無縫，使一切批評意見都望而卻步，人們甚至原諒了他沒有說明所引述的詹森斯的文章的出處這一疏忽。這類疏忽大意的事，在摩爾根一生中屢見不鮮，但多半是由於他什麼事都不拘小節，而不是有意貶低他人。

既然細胞學與遺傳學的結合早已是既成事實，所以現在很難體會到在當時這兩門學科的發展有多大距離。在另一些國家，如英格蘭，遺傳學的研究完全沒有細胞學的參與。1921年英國遺傳學家貝特森承認，“這裡（指美國）細胞學研究是很平常的事，人人都知道，我希望我們英國也能做到這樣。”兩支隊伍的結合發生在哥倫比亞大學，這也毫不奇怪，因為摩爾根的辦公室就在威爾遜的辦公室隔壁——一個搞遺傳學，一個搞細胞學；同時也因為摩爾根的一些學生（如佩恩）一面搞摩爾根分配的果蠅課題，一面又為威爾遜分析昆蟲的染色體。佩恩曾在1908年和1909年偶然證明了7種昆蟲的性別是由染色體決定的。

摩爾根隔壁房間裡有這麼一位世界第一流的細胞學家，對他熱情友好，積極支援，這使他能聽到世界上最有價值的有關細胞學問題的見解。威爾遜寫了一本題為《細胞發育與遺傳》的鉅著，對當時世界上關於發育和細胞學的研究進行了全面總結，敘述了細胞學的最新進展，其中包括他本人做出的重大貢獻。這本書於1896年、1900年和1925年多次修訂再版。它提供了詳盡的參考資料，直到今天仍不失為一本好書。1956年重印時，馬勒為之作序，加了補充說明。

1913年，當摩爾根對於染色體實驗的意義感到確有把握以後，他立即寫了一本書，書名是《性別與遺傳》。1915年，摩爾根同前五年一直跟隨他搞研究的三位學生斯特蒂文特、布里奇斯和馬勒合作完成了他最享盛名的著作——《孟德爾遺傳之機制》。這本專著對果蠅研究作了全面總結，被柯特·斯特恩譽為新遺傳學的基礎教材。它第一次嘗試把遺傳學中一切問題都與染色體行為掛上鉤。現在，該書中的材料被人們毫無保留地接受，成為現代遺傳學之基石，所以很難恰當估計它代表著人類認識史上該是多大的飛躍。該書確認了孟德爾定律的正確，同時也肯定了確實存在例外情況。這些全都可以用“遺傳因子”（也就是“基因”）加以解釋。遺傳因子是客觀存在的物質，是人們可以看到的染色體的一部分，它們在染色體上呈線形排列，遺傳學研究中觀察到的遺傳因子的行為與染色體的行為完全一致。基因是成對的，染色體也是成對的，每對中只有一個傳給後代。基因分為若干連鎖群，連鎖群的數目與染色體數相同，連鎖群內基因的多少與染色體的大小相一致。

這本書對遺傳學上的問題的論證與評價準確度極高，可稱得上有膽有識，因為當時對果蠅染色體的行為還知之不多。1