言之，白色（缺乏紅色素）因子同決定性別的因子聯絡在一起，

而粉紅色因子處於細胞內另一部分。我認為正是這種證據證

明瞭，限性遺傳現象是由於性別因子同我們討論的其它一些

因子之間有直接的內在聯絡；而最為明顯的關係還有待從攜

帶有性別因子和限性因子的染色體上去發現。“（載《科學》，

1911年第33卷第536頁）

在同一篇論文中，摩爾根表明他自己已經信眼果蠅的突變符合孟德爾的理論。他說：“凡是密切觀察這些新型別的發展史的人都會對以下事實得到一個深刻的印象：性狀確實會‘分離’，而且在多數情況下無中間型別發生。”（第496頁）

過了不久，真理即表露得十分清楚，基因的遺傳可分為若干組；同組的基因一道遺傳，而基因組的數目與染色體數相同，所以基因很可能是染色體的一部分。

摩爾根雖然以前好久好久都沒發現任何突變，但現在卻每月都可找出一兩個。事實上，在1910年頭幾個月，在發現白眼果蠅之前就出現過幾個突變。其中一個的胸部有深色三叉狀花紋，另一個軀體為橄欖色，一個翅緣呈念珠狀，還有一個在翅基處現出一種不尋常的色澤。不過，摩爾根很可能把這些看成了無關緊要的胎跡，沒有視作他理當珍惜的例外。但5月以後出現了許許多多突變。這樣，我們自然就要問問：摩爾根的鐳輻射處理是不是真的提高了突變頻率？這個問題無法解答，因為當時注意力放在某些突變的程度上，而沒有嚴格對突變頻率進行統計。摩爾根自己的心思完全放在新型別的分類和交配上，他的實驗室檔案的設計沒考慮到解答突變問題。從他寫給從前的學生、後來的合作者莫爾的信中可以看出這種情況，“親愛的莫爾，我為原來寄給你的材料補上一份簡要說明。這是我培養的果蠅中產生的一隻新的平頭果蠅，我現在記不清它原是從哪組培養蠅中產生的，不過，或許我在什麼地方儲存著一些記載。”

到1912年底，一共發現了40種用肉眼可見的異常的果蠅突變。每發現一個突變體，立即讓其交配，再把下一代進行姐妹交，然後又與親本回交，並與其他突變體雜交。這樣就“製造”出了大批帶有研究者需要的基因的果蠅。摩爾根也許是把培養的帶有白眼基因的雌蠅作為1號染色體（即X染色體）的標記，用帶班點的果蠅標記2號染色體，體色為橄欖色的標記3號染色體，彎翅果蠅標記4號染色體。用這些雌蠅與新發現的突變雄蠅交配，然後，摩爾根即可看出雄蠅的這個新發現的基因同哪個標記基因連鎖在一起遺傳。比方說，要是同彎翅基因一起，那麼，這個新的突變基因顯然是在4號染色體上。

這樣，摩爾根的研究隨時都要保留成千上萬的果蠅，其中大多飼養在摩爾根從學校食堂“借”來的半品脫玻璃奶罐裡。新羽化出的一代用乙醚麻醉，然後把它們分散開，用手柄放大鏡或簡易顯微鏡觀察、計數。如果還要用來雜交，則放回牛奶罐裡讓其復甦，再喂一點發酵香蕉；如果不再需要，則立即處死。每項研究都得數上成千上萬的果蠅。在果蠅實驗的高峰期，人們在哥倫比亞大學旁邊的地鐵車站常可看見成群的學生提著裝有果蠅的牛奶罐。他們把果蠅帶回家去，在廚房的餐桌上繼續計數。有個學生的孩子，當有人問到他爸爸靠什麼謀生時，他很得意地回答：“我爹給哥倫比亞大學數蒼蠅！”

這些雜交實驗，首先要求看得出變態，這是困難之一；困難之二是要在幾千只果蠅中準確統計多少是變態，多少是常態。但最重要的是頭腦得非常非常靈，能從觀察到的結果推論出其中無法看到的內在機制。我們可以打個比方，好像摩爾根和他的學生們在絞盡腦汁想要摸索出打橋牌的規則和各人手中藏著的是些什麼牌，但他們只能觀察別人如何打牌，只能謹慎地出牌，卻始終看不見牌正面的值。他們的雜交實驗也是同樣的道理，透過把基因在果蠅之間傳過來遞過去，觀察和推論出遺傳學的“規則”。

摩爾根深信限性基因同攜帶有性別因子的染色體之間有一定聯絡。他後來有了更多的證據來支援這一觀點。但他在第一篇論文裡留了一手，不願公諸於世——這就是小翅突變的發現。這個突變的遺傳方式與白眼一樣，也就是說，它是個伴性性狀。於是，摩爾根到此為止已經有了3個與性別因子處於同一染色體上的因子：白眼、硃砂眼、小翅。但不久之後，摩爾根發現幾十個突變性狀的分離可以歸納為3組，他作出正確的估計：這3組性狀（基因）與果蠅的3對大染色體是對應