摩爾根正在向他要終身研究的課題邁進。在進行胚胎學與再生現象研究之初，他對一個大難題作嘗試性的探索：細胞是靠什麼調節和控制的？在摩爾根一生中，這一問題始終以各種不同的形式縈繞於他腦際。他寫道：

動物和植物的生長是實驗研究的廣闊天地。在一定條件

下，我們看見一個小動物越長越大，但長到一定體積，它就慢

慢停止生長。雖然這一動物還能再活許多年，但生長已經停

止了。是什麼促使它生長？為什麼又會停止生長？……我們說

它死於“自然死亡”（這似乎是不可避免的），但僅僅是因為我

們在通常情況下看到死亡必然發生。然而，假若我們把條件

加以改變，有沒有希望使它的生命延長呢：

為什麼大多數動物的雌雄數是大體相等的？有沒有什麼

外界的作用？如果有，控制性別的又是什麼東西？究竟是外界

條件還是內部條件決定一個卵子變成雄的而另一個卵子又變

成雌的？即使存在著內部的機制，它也會受到外部條件的影

響。無論如何，我們必須弄清產生雌雄兩種性別的起因。

摩爾根過後在同一本書中寫道：“動物學研究中最突出的問題是動物經歷了形態變化——一方面表現在卵子發育過程中的變化（胚胎學），一方面表現在整個時間過程中的變化（即進化論）。”顯而易見，摩爾根在霍普金斯大學期間常常接觸到各種進化論理論，尤其是他在工作上同布魯克斯有那麼密切的聯絡。霍普金斯大學的教師們是些達爾文主義者，不但生物學教師，大多數其它學科的教授也是，而布魯克斯在大學校園內外都是達爾文的鼓吹者。1883年出版了他最著名的著作《遺傳的規律》。這本書擁有廣大的讀者，他把它奉獻給一年前逝世、安葬在威斯特敏斯特教掌的達爾文。在課堂上，在同學生進行的長時間的哲理討論中，在切薩皮克動物學實驗室和各個試驗站，布魯克斯把大部分精力用來啟發學生對遺傳的興趣。1883和1884年夏天他曾與威廉·貝特森共事。貝特森後來從事孟德爾遺傳學的初期的（但是重要的）研究，成了首先向英國科學界和醫學界介紹孟德爾遺傳定律的遺傳學家。這位英國遺傳學家承認布魯克斯是第一位提出“對遺傳生理應獨立進行研究”的人。摩爾根不接受這種提法，至少當時沒有接受，雖然他自己的有關再生現象的研究導致他去探究生物的適應性的變化，然後又研究自然選擇，這樣就為他走上正在就達爾文的理論進行激烈辯論的舞臺作好了準備，摩爾根對於布魯克斯的哲學態度多少有些不信任，這也許對他之傾向於搞胚胎學而疏遠進化論有所影響。他對於搞進化論一直不感興趣，不過他還是就這個題目寫了五本書。

如果真如摩爾根所說，他來霍普金斯大學讀研究生是因為另外無事可幹，那麼，到了霍普金斯以後他可就找到了可乾的事情啦。他第一年的生物學成績是全班之冠。他如飢似渴地學習，埋頭研究生物學，兩年之後成了地地道道的行家。他在切薩皮克動物學實驗室及其各分部從事過研究，又參加了巴哈馬群島的科學考察。他第一篇論文刊登在馬丁編輯的小型專業雜誌上。摩爾根這篇四頁長的文章報告了用殼多糖溶劑溶解掉蟑螂卵周圍的角質的條件。其它還有幾篇文章正在整理：一篇記載蛙的繁殖習性和胚胎髮育；一篇描述柱頭蟲幼蟲的生長與變態；還有一篇描述眼斑圓趾蟹的舞蹈。這些文章以及另外幾篇很快就出現在《美國博物學家》、《大眾科學月刊》（後來該雜誌的科學性遠遠超過了普及性）和《形態學雜誌》上。他的這些研究大多是描述性的，但反映出摩爾根在形態學和生理學方面的深厚功底以及他嚴密的科學方法。這使得他有能力從事影響他以後大半生的實驗。

在霍普金斯大學學習了兩年，到1888年，摩爾根已具備被授予肯塔基州立學院理科碩士學位的資格，因為這個學院的研究生培養計劃十分簡單：只需在另一院校深造兩年，再經肯塔基州立學院的教師們驗收合格即可成為碩士。摩爾根先前的老師們更向前邁了一步：以全票透過授予他正教授職稱。

當時，比他先去霍普金斯大學的肯塔基州立學院的校友約瑟夫·卡斯爾已回到列剋星敦，任普通化學、有機化學、農業化學教授，而且仍留在那兒組建農業試驗站。也許，摩爾根的初衷也和卡斯爾一樣，是口到母校去工作。肯塔基州立學院對於摩爾根的答覆顯然滿有把握。以至於事先就把他的名字印在學校1888