李秀成最後對曾國藩提出了兩點最重要的建議。其一，他提醒曾國藩“要防鬼反”，即注意洋人對中國的吞併企圖，這完全是站在民族大義的高度上的無私之言。與洋人打交道，吃虧多時，李秀成自然在死前說掏心窩子話。其二，他表示自己能替清廷招降餘部，希望曾國藩不要多殺兩廣人，這完全是替自己的子弟兵著想。李秀成是識大體的人，他深知太平天國大勢已去，不可能再翻盤。當今之計，他只求死人越少越好，絕非是想耍什麼計謀企圖重新東山再起。曾國藩何樣人也，那麼陰險多計的老官場油子，又怎麼能上李秀成這麼幼稚的圈套（如果李秀成想騙他的話）！

趙烈文字人作為湘軍高階幕僚，在李自成被俘之初曾與他傾心交談，並問及李秀成“為何不早降？”

忠王答曰：“朋友之義，尚不可渝。何況我受其（天王）爵位，能不為之效死！而且，我用兵所到，未嘗縱殺，對清朝官眷也一直優待禮送……”而且，當時他還十分天才性預見了日後清朝“夷務不靖”的外患，所有這些，皆可見這位英雄的超然忘我。

趙烈文問他自己日後打算，李秀成顯然很清楚：“我一死而已。但求能招服舊部，以活眾生，由此死而瞑目。”

對於李秀成的《自述》，曾國藩親筆刪改，達五千字之多。首先，為免遭清廷猜忌，曾國藩刪去了李秀成自述中對他曾氏兄弟的“讚許”之詞；第二，他刪去了李秀成描述戰爭細節時顯現湘軍無能的記述；第三，他完全刪掉李秀成總結太平天國教訓的“天朝十誤”；第四，他把李秀成自述中講自己被捕過程的事實完全刪改，由村民出賣改為由湘軍逮捕，目的純在冒功掩過；第五，他把洪天王“病死”改為“服毒身亡”，也是想張大湘軍之功。

綜觀上述情由，可以見出，曾國藩本人在李秀成自述《批記》上的解釋言語完全是一派胡言，是他自己為自己臉上貼金：“（我對李秀成自述）別字改之；其諛頌楚軍（湘軍）者刪之；閒言重複者刪之；其宛轉求生乞貸一命（根本無此語），請招降江西、湖北各賊以贖罪，言招降事宜有十要，言洪逆敗亡有十誤，亦均刪之。其實文理不通，事實不符，概不刪改，以存其真。”

李秀成寫得越多，曾國藩越害怕，所以他最終決定不把李秀成送俘北京，而是迅速在南京處死。他之所以急忙處死李秀成，最大原因不外乎以下兩個：第一，掩蓋湘軍把天京財寶搶掠一空的罪行。僅曾國荃一人所掠財物，即用了二百多隻大船運回湖南老家。由此可以想見湘軍上下大發橫財之甚。其二，掩蓋天京失陷時李秀成與幼天王成功逃脫的事實。曾國荃殺入天京城內，任由湘軍屠殺天京城內無辜百姓，放縱湘軍淫掠，但惰於追殲突圍的太平軍，其實純屬重大軍事失誤。為掩蓋這一點，曾國藩自然要殺李秀成滅口。眾人皆知的“曾左絕交”，起因正在於左宗棠上報幼天王入湖州的訊息，曾國藩惱羞成怒，從此極恨左宗棠。

曾國藩一方面假仁義表示要赦免李秀成，套取口供（他特別想知道太平軍所藏財寶的下落），一方面上書清帝，先斬後奏，通知說已經在當地處死李秀成：

日來在事文武皆請將李秀成檻送京師，即洋人戈登、雅妥瑪等來賀者，亦以忠逆解京為快。臣竊以為聖朝天威，滅此小丑，除僭號之洪秀全外，其餘皆可不必獻俘，陳玉成、石達開既有成例可援。且自來元惡解京，必須誘以甘言，許以不死，李秀成自知萬無可恕，在途或不食而死，或竄奪而逃，翻恐逃顯戮而貽巨患。臣與臣弟國荃熟商，意見相同。又李逆權術要結，頗得民心，城破後竄匿民房，鄉民憐而匿之。蕭孚泗生擒李逆之後，鄉民竟將親兵王三清捉而殺之，投諸水中，若代李逆發私憤者。李秀成既入囚籠，次日又擒偽松王陳德風到營，一見李逆，長跪請安。聞此二端，惡其民心之未去，黨羽之尚堅，既決計就地正法，以絕後患，遂於初六日行刑。其洪仁達一犯，系洪秀全之胞兄，與其長兄洪仁發，皆暴虐恣橫，多行不義，為李秀成所深恨，且如醉如疾，口稱天父不絕，無供可錄，因其抱病甚重，已於初四日先處死矣。

可見，用“老奸巨猾”形容曾國藩，再恰當不過。他在陽曆6月26日就已擬在當地處死李秀成，7月2日已經與其弟曾國荃和高階幕僚正式決定了殺人計劃，但他在7月5日親自審問李秀成時，仍舊裝出一副惜才愛才的樣子，一臉柔和，對李秀成表示他很賞識對方的才能，上書朝廷想赦免對方。李秀成不疑有詐，可能確實產生過僥倖活命的念頭，並想替清軍收拾太平軍餘部，所以他才在《自述》中極陳“善後”事宜。