戈麥斯）暴虐，要我商人日夜撐架，不勝苦楚。及至撐架不齊，即將鄭玉廷一槍戮死，又將一人串起桅頭，亂箭射死，高肖等一十三人跳水淹死”由於船上的華人槳手被西班牙人肆意屠殺，不堪折磨的華人密謀曰“叛死，棰死，等死耳，否亦且戰死，曷若刺殺此酋以救死？勝則揚帆歸，不勝而見縛，死未晚也。”（見《明史·呂宋傳》）

，！

十月二十五日，以潘和五為首的華人船員決定發動起義。將馬尼拉總督戈麥斯殺死。潘和五等華人僱傭兵因不滿西班牙士兵對他們的暴虐，近百名西班牙士兵也被華人們一同殺死，潘和五帶著二百五十人搶走了西班牙旗艦，分別逃到了越南和中國老家。

西班牙人從此變得不再信任華人，中西雙方的矛盾不斷加深。

後來萬曆皇帝派人到馬尼拉附近尋金，這一行動引起了西班牙人的恐慌，西班牙人在馬尼拉只有一千來人，可是華人在馬尼拉足有三萬人。一旦萬曆皇帝有奪取馬尼拉的想法，西班牙根本無力反抗。

而且由於西班牙人對華人殘暴統治，收取重稅等行為，已經引起華人嚴重不滿。

西班牙人認定如果萬曆皇帝一旦派兵，這些華人必然反叛。

因此西班牙人在中國官員離境後，便立即開始加固城牆，強化馬尼拉城的防禦，並以將要征討南邊的摩洛人為名，高價收購華人切肉刀具以及各種鐵器，打算使華人“無復寸鐵”。

八月的一天，澗內唐人街衝進來大批的西班牙士兵、還有馬尼拉日本人町的倭人武士和邦邦牙土著，以收繳金屬器具為名，大肆洗劫了一些商鋪，殺死了幾名潮州商人。

華人奮起反抗，幾名倭人武士被殺死。

澗內的華人甲必丹（總管）黃康出面安撫眾人，並代表眾華人去向總督陳情；他回來時聲稱總督大人保證合法商人的安全，並要求大家把所有的金屬器具都賣給干係臘人，黃康甚至願意替干係臘人高價收購華人切肉小刀。

黃康本人住在澗內對岸的華人基督徒居住區比農多，是個受洗禮的華人天主教徒。而其他不信教的華人見了西班牙人的舉動，也打聽了西班牙人的計劃，心生懷疑，擔心遭到西班牙人毒手，加上平時受到西班牙人欺壓的華人不在少數，有冤無處申訴，於是一些人開始秘密集會，商討如何自衛。

1603年九月二十六日中午，人心惶惶的馬尼拉城內，一名黑人女奴突然口吐白沫，翻著白眼預言：聖弗朗西斯節當天（天主教紀念方濟各會教派創始人聖弗朗西斯的日子），馬尼拉將發生大火，屍橫滿街。當天這個預言傳遍了馬尼拉城，所有歐洲人都在默默祈禱。

十月三日，聖弗朗西斯節前夕，菲律賓總督阿古納接獲密報，有三百名生理人秘密聚會，密謀舉事，其中多為種菜的華人菜園戶，當即召開作戰會議，下令軍士準備打仗。

在事發前，澗內的中國人本著同胞情分去比農多的華人基督徒居住區，打算聯絡他們，但是華人基督徒並不認為西班牙人會對他們動手，拒絕了澗內華人同胞的好意。

但是，西班牙人進行的第一個屠殺行動就是對著比農多的華人基督徒去的。總督大人還在集結人手時，一夥西班牙士兵帶著土著邦邦牙人僕從衝入比農多的幾處莊園，將300名華人基督徒以檢查戶口的名義集體帶出門，然後把他們趕進馬奎那莊園的農場大棚。接著，西班牙軍官馬奎那上尉開槍射擊，所有計程車兵都向大棚開火，邦邦牙土著則是向內射箭。事先已經佈置了引火物的大棚立即著火，伴隨著火苗和濃煙的，是無數悽慘絕望的哭號。一個尚未冒出火苗的視窗，一名剃著短髮的華人基督徒趴到視窗用西班牙語大叫：“y cristiano！”（我是基督徒！）

結果他被西班牙上尉馬奎那抬手一槍打死了，有身手敏捷的華人從視窗跳出來，但沒等落地就被火槍打死，或者被土著的弓箭射中，要不就是被長矛刺死。

上尉馬奎那在昨天晚上子時正式執行了誘殺計劃，他把土兵中的幾十名華人都叫到一間木屋子。然後，反鎖大門，命令其他士兵將木屋堆上柴草，點火一舉清除了部隊中的華人士卒。

上尉馬奎那已經帶人殺死了至少一百多個華人，看到一名明豔的華人少女，他不顧女孩的反抗，發洩著獸慾，少女一直哭著喊：“不要，為什麼？……”

上尉馬奎那獰笑著：“因為你是大明人。”

西班牙士兵們興奮地開著槍，土著熱情地射箭、捅長矛，毫不留情地殺死一切企圖逃離火海的華人基督徒。一名西班牙軍