包括由朝廷派往各郡監督《焚書令》執行情況的監御史，都認為此令不過是始皇和李斯一時衝動的結果，也許雷聲過後就沒事了。因為燒盡天下古書籍等於禁止人們吃飯、穿衣、睡覺一樣荒唐可笑，無法執行。從朝廷到地方，從三公九卿到縣鄉小吏，哪個當官的沒讀過這些經典古籍，燒掉了它們，等於否定自己的過去，他們還有什麼值得向百姓自傲的。

李斯看出來所有的官員都在敷衍了事，不動點真格的，由他一手炮製的《焚書令》有可能成為一紙空文。他向始皇上奏，說明了真實的情況後，向各郡派出了大量的密探，很快查處了一批執行不力的官員。為殺一儆百，將他們斬首的斬首，下獄的下獄。這一下，各地官員才相信李斯在玩真的，再也沒有敢鬆懈，全都認真執行起來。

李斯進一步加強檢舉和連坐的執法力度，明令舉報者重賞免罪，知情不報者與違法者同罪，一人私藏，鄰里、親屬、朋友都株連獲罪。在嚴刑峻法的威懾下，鄰居舉報鄰居、朋友出賣朋友，甚至父親告發兒子，兒子檢舉父親的事情都屢見不鮮。

《焚書令》本是李斯和始皇在儒生問題上矯枉過正的產物，必然也引發起執行者矯枉過正的做法。於是，冤假錯案層出不窮，嚴刑峻法使有的人胡亂招供，結果株連的範圍越來越大，連坐的犯人越來越多，各郡不但監獄人滿為患，而且被解往外地修築長城的犯人也絡繹不絕。

嚴刑峻法並不能使酷愛詩書的人們向荒謬的法令屈服。薛郡曲阜是孔子的故里，孔子第八代孫孔鮒正乘著夜色指揮著族人把一捆捆的詩書典籍藏進孔府大城殿的夾牆裡。

“小心點兒，別摔壞了，這可是咱孔家的傳世之寶啊！”滿頭白髮的孔鮒一遍遍地囑咐，生怕毛手毛腳的小夥子損壞了書簡。“太公，您這麼做可是犯法的事兒，真要是被官府發現，咱們孔家夠滅族的。”年輕的小夥不無擔擾地說。孔鮒氣得鬍鬚一撅一撅地說：“就是滅族也要保住咱先人孔聖人傳下來的經典。咱們孔家為什麼受世人尊崇？還不是因為孔聖先人傳下來的聖賢之書。作為後人，雖然不能發揚光大，總該儲存下來吧！否則，何以面對列祖列宗的神位。”

一位中年儒者忙勸解道：“太公息怒，晚輩不是正按照您說的去做嗎？頭可斷、血可流，孔聖的經書不可丟。晚輩們不是貪生怕死之徒。”說著，又轉向忙碌的人們說：“大家只管把書簡藏好，不必擔心，大成殿歷來被天下人視為聖地。嬴政和李斯再狂妄也不敢抄大成殿。”

孔鮒仍不放心，目光嚴厲地掃視著族人，說道：“你們都是孔聖的人，一定要做好最壞的打算。如果官府聽到風聲來大成殿搜查，孔氏不分男女老幼，全部趕來保護祖宗經典。聽見沒有？”“聽見了。”

經典古籍終於藏好。孔鮒親自封好夾牆的入口，蓋上掩飾物以後，又仔細地檢查了幾遍，才率族人悄然離去。

第二天，縣尉果然帶著搜查隊來挨家挨戶地搜查古籍，不但翻箱倒櫃，而且拆牆毀室，遇到可疑的地方，更是挖地三尺。好在孔氏族人早有準備，家裡收存的古籍該繳的繳了，該藏的藏了。搜查隊折騰了半天，一無所獲，悻悻而去。

孔鮒放下心來，正要回內室歇息，忽聽大門外響起腳步聲，負責暗中保護大成殿古籍的一名孔氏子弟氣喘吁吁地跑進來，說：“太公，不……不好了。縣尉要搜查大成殿。”孔鮒大吃一驚，來不及細問，忙吩咐道：“快，通知各家各戶，全部去保護大成殿。”孔府大成殿前，縣尉帶領二百多名縣卒正與幾十名守護的孔氏子弟爭吵，忽見黑壓壓的人群從四面八方向大成殿湧來。縣卒一看這陣勢，全都害怕了。孔氏子弟一見，高興極了，一改剛才的軟弱態度，硬梆梆地說道：“縣尉大人，你看清楚了。這裡可是孔府大成殿，天下聖地。你敢怎樣？”

縣尉被激得心頭大起，怒聲說：“本官只知道這裡是大秦國土，要例行搜查。你們妨礙本官執行公務，想造反嗎？”

“造反不敢，保護先人聖地是真。”一個蒼老而哄亮的聲音傳進縣尉的耳朵裡。抬頭一看，鬚髮盡白的孔氏族長孔鮒正走過來，在他身後，成千上萬的孔家族人把大成殿圍起來。

縣尉知道，孔鮒作為孔子八代孫在薛郡德高望重，受人敬重。所以他不敢怠慢，遠遠地抱拳施禮道：“孔老先生，下官有禮了。”孔鮒還禮，儒雅地笑問：“大人公務繁忙，哪有時間來大成殿祭拜聖人？”縣尉尷尬地笑道：“下官也是人在公門，身不由己。不瞞老先生，本官的部屬在大成殿後面的草地裡撿到幾片竹簡，上面刻的是《周禮》的片段文字