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一時間大地烽煙四起，戰火紛飛，全國各地幾無太平之處。

3月，得知事態嚴重的靈帝忙以何進為大將軍，率左右羽林五營士屯于都亭。整點武器，鎮守京師；又自函谷關、大谷、廣城、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小平津等各京都關口，設定都尉駐防；下詔各地嚴防，命各州郡準備作戰、訓練士兵、整點武器、召集義軍。

同時，皇甫嵩、呂彊等人上諫要求解除黨禁，拿出皇宮錢財及西園良馬贈給軍士，提升士氣。靈帝應之，逐在壬子日大赦黨人，發還各徙徒。要求各公卿捐出馬、弩，推舉眾將領的子孫及民間有深明戰略的人到公車署接受面試。

而後又名盧植領副將宗員率北軍五校士負責北方戰線，與張角主力周旋；皇甫嵩及朱儁各領一軍，控制五校、三河騎士及剛募來的精兵勇士共四萬多人。討伐潁川一帶的黃巾軍，朱儁又上表招募下邳的孫堅為佐軍司馬，帶同鄉里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵。共千多人出發與朱雋軍連軍。

庚子日，張曼成攻殺南陽郡守褚貢。響應張角。

4月，朱儁軍被黃巾波才所敗而撤退。皇甫嵩唯有與他一起進駐長社防守，被波才率大軍圍城，漢軍人少，士氣低落。又汝南黃巾軍在邵陵打敗太守趙謙，廣陽黃巾軍殺死幽州刺史郭勳及太守劉衛，黃巾軍並未因漢室的動作而有敗退的跡象。

5月，京師見皇甫嵩被圍，派曹操率軍救援。不過援軍未到時，皇甫嵩已心生一計，在傍晚時分吹起大風，皇甫嵩命士兵手持火把暗暗出城，利用黃巾軍營寨周圍的雜草，用火攻大破敵人，大呼進攻，城上亦舉出火把響應，皇甫嵩以鼓助戰，衝入敵陣，黃巾軍大亂，四處奔走。又遇上曹操的援軍，被皇甫嵩、朱雋和曹操三面夾擊，斬殺數萬人，漢軍大勝。

6月，南陽太守秦頡與張曼成戰鬥，斬殺了張曼成。黃巾軍便改以趙弘為帥，以十多萬人佔據宛城。而皇甫嵩與朱雋軍繼續進擊汝南、陳國的黃巾，追擊波才到陽翟，最後在西華大敗彭脫，餘軍想逃到宛城，但孫堅登城先入，眾人蟻附般推進，大破敵軍，成功討平豫州一帶的黃巾軍。另一方面，盧植數戰間大破張角，斬殺萬多人。

張角唯有撤到廣宗，盧植建築攔擋、挖掘壕溝，製造雲梯，將可攻下城池。正值靈帝派左豐視察軍情，有人勸盧植賄賂左豐，但盧植不肯，左豐便向靈帝誣告盧植作戰不力。靈帝大怒，用囚車徵盧植回京。京師唯有下詔再重新調整：皇甫嵩北上東郡；朱雋則攻南陽的趙弘；而以董卓代替盧植。而同樣宗教形式的五斗米道在巴郡叛變，領導人“五斗米師”張修攻打郡縣，但未受到漢室重視。

6月至8月，朱儁與荊州刺史徐璆及秦頡共一萬八千兵圍攻趙弘，不克。京師有奏議徵朱雋回師，幸而張溫上表說情，靈帝才不行此議。但朱儁仍急攻趙弘，終殺趙弘，後由韓忠代替。朱雋又因兵少不敵，便擴大防圍、建築陣壘，堆砌土山觀望城內。朱儁軍鳴鼓攻打西南，黃巾軍被引開，朱儁則親率五千精兵掩殺東北，偷襲敵人後方，攻入城池，韓忠唯有退保內城。

黃巾軍受挫，士氣低迷，向漢軍乞降。張超、徐璆和秦頡都認為可以接受，但朱儁認為如接受的話，會給百姓有利為賊，無利乞降的錯誤觀念，便不接受並急攻敵軍，可是數戰也不能攻克，朱儁登上土山觀望黃巾軍，明白黃巾軍沒有退路，而盡力一戰，所以未能攻克。朱儁便解開圍軍，韓忠果然出戰，被朱儁大破，朱儁向北追擊韓忠數十里，斬殺萬多人，韓忠投降，秦頡一向與韓忠不和，便將他殺死。這舉動反令黃巾軍不安，又推孫夏為帥屯兵宛中城。朱雋再次急攻，於11月癸巳日，孫夏敗走，漢軍追至西鄂精山，又被大破，斬殺孫夏及萬多人，黃巾軍解散，平定宛城一帶。並於185年春月班師回京。

而在同年8月，皇甫嵩到達東郡倉亭，大破、生擒卜己，斬殺七千多人。而董卓進攻張角不成功，無功而還，便在乙巳日要求皇甫嵩繼續北上。

10月，張角病死。

漢軍見機急攻張梁，張梁軍犟，於首戰不能攻克。在明日，皇甫嵩閉營與士兵休息，另一方面派人觀察敵軍舉動，黃巾軍戰意稍為鬆懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明時份突襲敵陣，戰至下午，成功大破敵軍，斬殺張梁及三萬多人，於逃走到河堤時溺死的也有五萬多人，焚燒車輜三萬多輛，虜獲人數甚多。而張角則被破棺戮屍，運首級回京師。

11月，皇甫嵩與鉅鹿太守郭典攻打下曲陽，成功斬殺張寶，俘虜十多萬人。黃巾之