孫綱提出了三個方案，“甲方案”為“大印度聯邦共和國方案”，即建立一個統一的印度，這個印度將是鬆散的聯邦，分別下轄印度斯坦、巴基斯坦、孟加拉三個分治地區，三個分治地區擁有很大的自治權力，只由聯邦政府負責國防和外交事務；“乙方案”為“邦聯方案”，即成立印度、巴基斯坦、孟加拉三個邦國，三國成立邦聯或攻守同盟，旁遮普和阿薩姆兩個非穆斯林地區分別併入巴基斯坦和孟加拉；“丙方案”為“聯省共和國方案”，即在印度成立按民族劃分的17個自治省或邦，各自治省和邦擁有較大的自治權力，各省實行中國式的代議制和地方自治，由各自治省成立“印度聯省共和國”，各自治省不能脫離聯省共和國成立獨立國家。

但讓孫綱始料未及的是，他所提出來的方案竟然無一例外的遭到了印度兩大宗教集團的反對，儘管對於孫綱及他所代表的中國政府的威望表示敬重，但“自由印度”領導人錢德拉。鮑斯和印度國大黨領袖尼赫魯都明確表示拒絕接受“巴基斯坦”這個概念，而全印度穆斯林聯盟領袖穆罕默德。真納則堅決要求成立獨立的巴基斯坦國家，印度的錫克教徒也要求成立獨立的“錫克斯坦”，而海德拉巴、克什米爾、邁索爾等印度幾個大土邦的王公則要求各個土邦組成“第三個印度”。

在後世的歷史學者們以客觀的眼光來看，孫綱所提出來的這三個方案無論實現哪一個，對印度都是極其有利的。這三個方案既可以維護印度次大陸的統一，又可以使地方擁有很大的自主權，尤其能夠消除“印度教徒多數統治”所帶來的恐懼。但印度各派政治勢力的短視和無能最終葬送了這一美好的政治前景。

因為“自由印度”組織、國大黨和全印度穆斯林聯盟都堅持自己的意見，各不相讓，三方很快宣佈決裂。由於華軍在擊敗英軍之後便開始撤出印度（對於華軍迅速撤出印度的原因，存在有各種不同的說法，學界比較一致的看法是由於派往海外的兵力不足，中國政府打算將在印度的部隊調往澳大利亞和加拿大執行佔領任務），防務及繳獲英軍的武器都移交給了印度解放軍或當地的部族武裝。在華軍撤出印度之後，印度各地的武裝力量並沒有來得及統合起來，這就為以後的內戰埋下了導火索。

在政治談判破裂後，一些激進的穆斯林開始在印度各地挑起種族和教派衝突，1945年8月16日，全印度穆斯林聯盟公然宣佈這一天為“直接行動日”，在加爾各答東北的馬尼克托拉區，穆斯林發動了騷亂，隨後向其它城區蔓延。穆斯林使用磚頭、匕首和槍支同印度教徒展開混戰。城內的警察和印度解放軍計程車兵不得不使用摧淚彈加以制止，由於場面極度混亂，前來制止暴*的印度解放軍士兵不得不向混亂的人群開槍，好容易才將人群驅散。當天下午，約60萬人的穆斯林在加爾各答廣場集會，全印度穆斯林委員、孟加拉省臨時政府首席部長納茲穆丁在集會上發表了煽動性的演說，稱在騷亂中受傷的全是穆斯林，“穆斯林除了自衛反擊以外已經別無選擇”。他的這番講話激起了新一輪更大規模的暴*。許多穆斯林一離開會場就到處追殺印度教徒，並攔截焚燒了一列火車，車上的乘客全被燒死，男女老幼無一倖免。在穆斯林的狂暴襲擊下，很多其它教派的人也被捲了進去。面對穆斯林的襲擊，印度教徒開始了激烈的反抗，狂怒的錫克教徒們也手持他們著名的彎刀，在穆斯林聚居區裡展開了不分青紅皂白的殺戮。最後，孟加拉臨時政府出動了5萬人的印度解放軍部隊，才把這場可怕的暴*平息下來，在這次印度歷史上前所未有的種族大仇殺中，共有近4萬人喪生。

印度發生的大規模種族仇殺令中國政府大為震驚，孫綱向印度各政治派別領導人發出了緊急約見的邀請，打算在北京召開一次會議，讓有關各方面對面商討解決印度獨立問題，鮑斯、尼赫魯和真納都表示同意，孫綱為此專門派出了專機，準備讓他們直飛北京，但隨後在9月28日，又一場更大的暴*在孟買發生了。

成千上萬名穆斯林對孟買的印度教徒聚居區發動了大規模的襲擊，他們燒殺搶掠，姦汙婦女，逼迫印度教徒吃牛肉，暴行很快蔓延到了卡拉奇和阿邁達巴德。印度教徒隨後對穆斯林展開了激烈的報復，接著便在旁遮普激起了反報復……此時“自由印度”組織、國大黨和穆斯林聯盟一方面煽動和參與仇殺，一方面又相互指責對方是種族仇殺的策劃者。鮑斯、尼赫魯和真納隨後都宣佈取消北京之行。更可怕的是，印度各省地方臨時政府、警察和印度解放軍也在分裂和仇殺的情緒影響下開始出現瓦解和崩潰的跡象，一場雪崩式的大災難已經不可避免