秘密諜報也是卓有成效；秘諜總部也在南方七大區留了相當一部分人‘善後’，暫時不會撤走；南方九大總督衙門，也是哨探四出，偵騎頻繁出動，密切注視著叛賊叛匪在各自轄區的蹤跡，一旦發現即出動精銳予以迎頭痛擊，其中兩海總督衙門隸下的‘兩海遊擊突襲營’最是兇名遠揚，他們憑藉兩海總督衙門水師的‘近海巡防船隊’可以在東西兩海之間隨時往返的便利，在沿海府縣隨時登陸上岸，深入數百里發動突然襲擊，鮮有失手，其聲名在南方沿海簡直可以夜止兒啼；內河水師提督衙門（河漕總督衙門已不再兼管內河水師）隸下‘江河襲擊營’在河網地帶來去自如，另外內河水師的‘快舟部隊’還可以為所有秘諜、哨探的秘密行動提供各種支援。

除此之外，南方七大區各地的僉兵守備軍團也加強了巡邏、設卡、警戒、守備。由於僉兵中土著民比較多，西北派駐官員對本地僉兵的信任度一般都比較低，在清剿叛賊叛匪的行動中，一般不會動用本地的僉兵守備軍團。即便萬不得已之下，需要出動僉兵守備軍團的兵力，也往往是跨府跨縣調遣，且多半是隻用於封鎖隘路，戒嚴攔截。

總之，僉兵在南方的連續清剿中只是個不太重要的角色，反倒是民間的‘襲擊營’以及‘遊獵小隊’在各地獵殺清剿中佔據了比較重要的位置，更加耀眼一些。

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