燒火說：“若是這樣，事情就嚴重啦！沙丘之謀，丞相曾插過手。如今陛下已立為皇帝，而丞相地位沒有提高，他這樣做的弦外之音，是想裂士而王，與陛下分庭充禮啦。如果陛下不問臣，臣是不敢說這些話的。事情聯絡起來看就更說明問題。丞相的長子李由是三川郡的太守，楚國的盜賊陳勝等人，都是丞相老家鄰縣的人，因此之故，楚國盜賊公行，到處搶掠，路過三川郡，大守不肯派兵出擊，這不是公然慫恿嗎？我還聽說，他們之間有書信往來，勾勾搭搭，不過還沒有掌握確鑿的證據，因此沒敢報告皇上。況且，丞相身居外朝，他的權力實際比陛下大，這不是大權旁落嗎？”二世認為趙高分析得頭頭是道，說到自己的心坎上了。因此，準備拘捕李斯，又恐怕把握不大，打草驚蛇，便先派人調查三川太守與盜賊陳勝相互勾結的證據。對趙高在皇上面前打他的報告，李斯已有耳聞。

李斯也不是省油的燈。他要面見皇上。這時二世正在甘泉宮，觀賞摔交比賽。他就上書揭發趙高的罪過說：“臣聽說過，大臣懷疑君主，沒有不危害國家的，妻妾懷疑丈夫，沒有不危害家庭的。今有大臣專斷朝政，說一不二，無異於陛下，這太不正常了。從前，田常做齊簡公的臣，他的爵位與公室相敵，私家財富與公家均等，布惠施德，下得百姓歡心，上得群臣擁護，最終殺死齊簡公，取齊而代之。這是天下盡人皆知的事。今日趙高心懷不軌，陰謀篡權，就象田氏對於齊國一樣。陛下不早做打算，臣恐怕他要造反添亂。”二世不進鹽醬，說：“你說了些什麼呀？亂七八糟的。趙高原本是個宦官，但他安寧本分，不姿意妄為，不因形勢危急而變心，潔身自好，一步一個腳印，他忠於朝廷，信守職責，聯確實認為他是一個不可多得的人才，可你卻無端懷疑他，是何道理呢？何況聯小時候失去先人，無知無識，不知道如何治理百姓，而你又年老體衰，恐怕要不久於人世了。朕不依靠趙君，讓我依靠誰呢？而且趙君為人精明強幹，對下熟知人情，對上能合朕意，請君不要疑心重重。”李斯仍不死心，說；“趙高是個下流坯子，任嘛不懂，貪得無厭，利慾薰心，永遠不會滿足，所以臣認為他是個危險人物。二世一看兩人鬧得不可開交，怕李斯殺害趙高，就私下傳話給趙高，讓他防備著點。趙高說：“丞相怕的就是我趙高，趙高一死，丞相就要上演田氏代齊的鬧劇了。”

由於二世深居禁中，大臣很少得見龍顏。其時，盜賊越來越多，發關中兵前去鎮壓也制止不住，象割韭菜似的，一茬接一茬，割而復生。右丞相馮去疾、左丞相李斯、將軍馮劫進諫說：“關東盜賊蜂起，朝廷發兵彈壓，殺傷甚多，但還是不能平息。盜賊多，是因為戍守、潛運、轉作太勞苦，賦稅太重的緣故。請暫且停止阿房宮的修建，減少四邊的戍守、轉作。”二世不以為然，說：“所有貴有天下的人，無不窮奢極欲，盡情享樂，只要君主手握大權，嚴明法律，下邊就不敢胡作非為，天下太平啦。，今朕即位二年之間，盜賊四起，你們鎮壓不住，又妄想廢棄先帝之所作所為，是對上無以報答先帝，其次不能為聯盡忠竭力，為何還要佔著茅坑不拉屎？”於是，二世叫人把馮去疾、李斯、馮劫統通抓起來，投入監獄。馮去疾、馮劫知道訊息後說：“士可殺，不可辱。”自殺身死。

二世把李斯交趙高審問定罪。趙高責問李斯與兒子子由謀反的罪狀，並把李斯的宗族賓客全部抓捕。趙高拷打李斯，鞭答象雨點般落下，李斯不勝痛楚，屈打成招。李斯原以為不致被處死並在一定條件下可以轉化為矛盾的主要方面。否認矛盾的次，他自負能言善辯，勞苦功高，自己確實沒有造反的心，找機會上書自述衷曲，方一二世醒悟就能得到赦免。便在獄中上書二世說：“臣作為丞相治理百姓，已三十餘年了。在泰國土地還很狹小，地不過千里，兵不過數萬時，臣竭盡微薄之材，謹守法令，暗派謀臣，資助以金玉，使他遊說諸侯，同時在背地裡整軍經武，佈施教化，提拔鬥士，尊重功臣，增加俸祿，故終能威脅韓國，削弱趙國，攻破燕國、趙國，踏平齊國、楚國，最後兼併六國，立秦王為天子。全國平定後，又驅逐北邊的胡人、貉人，南邊平定百越，以顯示秦朝的強大。在國內，統一度量衡，改定文字，公佈於天下，樹立秦朝的威望。如果這些算是罪過的話，那麼巨死幾個來回啦。幸好先帝能盡臣之所能，所以才有今天，萬望陛下明察！”奏書呈上，落在趙高手中。趙高指使獄吏扔在一邊，說；“囚犯無權上書！”壓下不報。

趙高暗派賓客十餘人冒充為御史、渴者、侍中，再次開庭審判李斯．李斯仍然堅持原訴，趙高則派人再次拷打他。