，憑藉防線和要塞節節抵抗，緩慢向半島縱深的丹麥本土撤退，同時以艦隊炮擊和阿爾森等島嶼駐軍威脅敵人後方側翼，直到英法俄等各國列強出面干涉。

與之相對，毛奇經過研究，向國王提出的作戰方案要點在於：一是快速透過最南邊的荷爾斯泰因進入石勒蘇益格，從兩翼繞過丹麥防線，包抄丹麥兩翼，將丹麥軍主力殲滅在石勒蘇益格境內，不讓它北撤到日德蘭半島縱深。二是建議在冬季發起作戰，因為普魯士沒有艦隊，冬季封凍的海水可以抵消丹麥的海軍優勢。普魯士和奧地利聯軍投入戰爭的兵力約有兩個軍，普魯士王侄腓特烈…威廉親王的第3軍在右，奧地利加布倫茨將軍（Gablenz）的第10軍在左，因為奧地利提出要求聯軍總司令人選必須要有實戰經驗，而普魯士已經50年沒有打仗了，高階將領中唯一有實戰經驗的，就是80歲的老元帥弗蘭格爾（Wrangel），於是弗蘭格爾被任命為總司令。弗蘭格爾是一位老派將軍，對毛奇那一套戰爭計劃和進度不屑一顧，甚至拒絕閱讀任何關於作戰計劃的檔案，他說“我用長劍打仗，不用檔案打仗。”老元帥在開戰那天給部下下達的唯一作戰進度目標是“下個星期，我要在丹麥領土上睡覺。”所幸，毛奇與各軍各師參謀長保持密切聯絡，透過他們掌握戰爭動態。但是總參謀長毛奇在這場戰爭中，沒有下達軍令的權力，只有建議權，而且因為不能參加御前會議，他還不能直接向國王建議。

作戰行動於1864年2月1日展開。整個丹麥戰爭沒有大的戰役，雙方的幾次交戰，稱為戰鬥更合適一些。從北進一開始，普魯士將軍們渴望榮譽和戰功的秉性，就偏離了毛奇“高速前進，兩翼包抄”的設想。2月1日至3日，在丹麥防線以東海邊，發生米松德（Missunde）戰鬥，普軍兩個旅6千人64門大炮，正面攻打丹麥軍2千人據守的米松德村周圍的5座堡壘。所幸普軍面對的，不是撞針式步丅槍。丹麥軍隊的步丄槍仍然是前膛裝彈，射程1200英尺，必須站直身體裝藥，大炮也是舊式的，射程1千英尺。而普魯士的大炮射程3千英尺，新式撞針擊發的後膛槍，雖然射程只有700英尺，但射速是丹麥步丄槍的5倍，而且不用直立裝彈。普軍佔有武器和數量上的絕對優勢，但是盲目地發動正面攻擊，仍然蒙受嚴重損失，兩天的戰鬥，雙方各自損失5百人，丹麥軍北撤。2月6日，奧地利軍又在Sankelmarkt正面進攻丹麥軍，一小時之內奧軍死傷4百人，丹麥損失1千人並撤退。總的來說，戰事在依照預想的軌道發展，但是以上這些戰鬥和傷亡，都是毛奇認為完全不必要的，而且丹麥軍隊爭取到時間，主動撤出“丹麥防線”，沒有讓聯軍包圍。

下一步，普軍北進到杜普爾要塞當面。本來毛奇不主張進攻要塞，但是丹麥方面未經一敗，普魯士方面也迫切需要一個無可爭議的勝利，來向國內交代，出於政治考慮，普王威廉一世和首相俾斯麥要打這一仗。前線的弗蘭格爾元帥指揮兩次強攻均受挫，毛奇勸阻國王和前線將領繼續發動攻擊的要求，這次他向國王自告奮勇，從後臺走到前臺，親自指揮杜普爾要塞攻堅戰。毛奇的思想，就是以火力代替人力，他命令從戰線各個部份和後方，調運攻城重炮，平均每一米半就有一門大炮，火力密度為一次大戰之前軍事史之最。普軍集中炮火猛轟一個月，守軍從沒有見過這麼猛烈這麼持續的火力，不但傷亡慘重，而且士氣很快崩潰，一個月之後的4月18日，普軍發動衝鋒，20分鐘之內拿下要塞。杜普爾要塞攻堅戰丹麥損失5千人，普魯士損失1千人，絕大部份是在最初兩次不成功的突擊中損失的。

從5月12日到6月20日，英國出面調停，雙方休戰，調停失敗以後，戰爭繼續。在普丹戰爭第二階段，腓特烈…威廉親王代替弗蘭格爾老元帥出任總司令，毛奇則親自擔任威廉親王的參謀長。同時，毛奇的軍事能力獲得國王信任，獲准出席御前戰爭會議，進入核心決策圈。為了解除側翼和後方的威脅，毛奇策劃登陸佔領阿爾森島。這個島上四圍全都構築胸牆工事，丹麥駐軍1萬8千人，堅固設防，而且普魯士沒有海軍。丹麥人以為普魯士不可能對這個島發動攻擊，所以沒有任何防範，甚至夜間連崗哨都沒有。6月29日夜，毛奇抓住這個心理組織夜間偷渡奇襲，一舉拿下阿爾森島。7月20日，戰爭結束，奧地利佔領荷爾斯泰因，普魯士獲得石勒蘇益格。

戰後，毛奇因功晉升中將軍銜，而且進入了最高決策圈，跟戰爭部長馮。隆（Roon）平起平坐。但是他沒有軍令權。這時毛奇年紀已經65歲，而總參謀長這個