小入聲五個聲調，而連在一起讀又會產生變調。這些都必須要能完整的表現出來。於是學部的學者便確定了五個聲排程數，分別用”2，3，4，三來表示，再用這五個聲排程數來表示五個聲調高低，如陰平聲調是高而平。叫高平調，發音時由度到度，簡稱巫；最特殊的是入聲，它是古代中原話遺留下來的，代表真古漢語完整的四聲系統，沒有它你根本體會不出什麼是平厭。因此學部學者就用單個數字來表示入聲，如31。這一整套注音的好處是即方便大明百姓學習漢語。也方便學者們去研究其它語言，如拉丁語系和非洲語系，而其它國家的人，尤其是拉丁語系的人只要搞懂了這套注音方法和規則，則就可以很方便地學習漢。

但是這套方案受到國史館的反對，這些老夫子和儒生還是希望用反切來表示漢語語音。但是不可否認的是經過改良後的反切法大明學子學起來雖然容易許多。但是對於老外來說依然是“天書”但是這些國史館的院士們卻認為，漢語我大明學子們學會就好了，外國蠻夷學不會是他們愚笨而已。

最後經過激烈的爭辯，學部這套利於交流的注音方案受了劉浩然、太平學派、北方學派等勢力的力挺，尤其是大明商人集團和海軍部，他們深深地明白。海外貿易和探險，最大的問題就是語言的溝通，必須有一套既能讓別人容易學習漢語，大明子民又能輕鬆學習他國語的方法規則來。所以學部這套方案被擺上了內閣會議1接受學士會議的最後確定。

很快，這套注音方案被冠以《大明注音標準》的名頭被正式透過，將由學部和國史館聯合頌布，各學校將正式採用這套方案。學習漢語拼音和外國語。

接著學部尚書羅復仁提出了另外一個議程，對大明現行的諸多學科進行改名和分拆，以及對格物院、弘文院以及分支機構的職責明確。

隨著大明科研技術的發展，過去籠統的命名已經不合適了。根據這個草案，格物院要分拆出物理、化學、生物，算學要改名為數學，農牧改名為農業，加上原本的天文學，地理學和醫學便組成了格物院的“八大金網”；弘文院要分拆出哲學、社會學、教育學、傳播學，商學要改名為經濟學，加上法學，算是弘文院的“六大金剛”劉浩然還準備根據最新傳入的古希臘拍拉圖的《理想國》、亞里士多德的《政治學》設立政治學，專門研究研究國家及其賴以發揮治理效能的各種機構和制度。只是這門學科在當時的大明“太超前”了，有點駭人聽聞，所以就只好歸在社會學裡面。至於文學、語言學、史學則劃歸國史館。

羅復仁還提出新設工程院，將此前大明非常先進的機械製造、冶煉、營造建設、地理勘探、船舶製造、交通運轉、精密機械、測繪、化工、兵器工程、農業工程全部劃在裡面。

按照劉浩然的想法，中國古人太注重“學以致用”了，結果學文科的就變成了“學而優則仕”少數學工科的文人就過於注重實用，經驗中來再回到經驗中去，雖然應用性強，但是對事物發展規律的探索不夠，研究方法上主要採用傳統的典籍整理與經驗總結，缺少實驗和分析。

劉浩然早就決心打破這一傳統，大明的教育體制已經完全打破了“學而優則仕”的傳統科舉制度，學歷考試和“公務員錄取考試”完全分開，一來打破了知識掌握在少數人手裡的局面，二來使得這些精英不再將出路侷限於出仕之上，因為根據大明正在逐漸推行的改革，官員和司政雖然福利好，名聲好，還有“權力”的誘惑，但是責任也越來越重。而且這個責任需要承擔的後果也越來越大。任何想考司政、司法的精英們都需耍掂量一下，自己是否有能力去擔任這個職務，如果沒有能力，很有可能會因為一次錯誤喪失一生的前途。這，大批精英們轉向其他行業，如地位越來越高的，商嶇知梯1、醫。

在劉浩然的設想中，格物院、弘文院和國史館側重理論研究，而工程院則側重應用科學的研究，他們互相是可以“客串”的。如現在風頭正盛的劉承志因為其在天文、地理和社會學的造詣，一人兼任了格物院和弘文院兩院院士，工程院成立，也少不了他的一個院士身份。而三院一館的院士人選則由各大學相應學科的教授、副教授推舉產生，再由學部聘任，一般任期是終身制。滿六十五歲便可“退休”或期間自己。

羅復仁建議中還提出設立學會以及明確研究所和學會的職責。

研究所是負責具體學科的研究工作，它雖然也是三院一館的下屬機構，但一般都由相應部門贊助和監管，如機械研究所歸工部贊助和監管，兵工研究所歸陸軍部贊助和監管，船舶研究所