統帥部試圖與文職政府在政策上協調一致。但是事實證明裕仁不可能實現戰爭領導上的協調和統一，因為大本營再次促發了陸海軍之間的對立，而聯絡會議是建立在——各國務大臣分別並且是獨立輔弼天皇的原則基礎上的——最終這一原則並沒有得到遵守。

此外，內閣（從總體上）無法控制它的軍事成員，因為它的統合能力很弱，另外陸軍和海軍大臣在內閣的地位獨特——享有單獨輔弼天皇的獨立許可權。海軍既擔心陸軍會控制大本營，又害怕削弱自己獨立的“統帥權”，在它的竭力主張下，首相和文職官員被排除在大本營之外。裕仁批准了這種設定，但是這種設定降低了效率，在整個戰爭過程中，妨礙了與文職機構的情報交換和協調。

大本營的設定，使裕仁體會到作為一個積極能動的大元帥在行使權力時變得容易了，而這是他的祖父明治天皇也未做到的事情。天皇的最高命令，被稱為大本營陸軍令（大陸命）和大本營海軍令（大海令），在直接傳達給各方面軍司令官、軍司令官、經常還有師團長和艦隊司令官的過程中，參謀總長和軍令部長起的是“傳聲筒”的作用。實際