麟以個人名義代行校長之職。當時浙江為籌辦杭州大學，曾邀請學界名流成立了一個杭州大學董事會。他因不能前去開會，就和陳大齊、蔣夢麟聯名提出了一份《籌辦杭州大學的建議》，參照國外名牌大學和北大的經驗，提出了一整套行之有效的辦學方案。據說後來這所大學的創立，基本上採納了他的思路。

而當時的孫中山已重返廣州，又一次重振了陸海空大元帥府，在蘇聯顧問團的幫助下，以大無畏的氣概，全力指揮討伐陳炯明和滇桂軍閥的叛亂。這天，張元濟見汪精衛、胡漢民和徐謙上門，忙在一品香設宴款待諸位老友。席間，蔡元培心情沉重地摸出一封親筆信函，臉色歉疚地遞給汪精衛說：

“兆銘兄，有一件事實在為難，還望兄幫我將這信親自轉交中山先生為感。前不久孫先生託北大教授石瑛帶來一函，命我前往廣州效力左右。按理本應立即動身，奉令承教。但冷靜一想，現在中山先生軍務倥傯，麾下所需要者，自是治軍籌款之材，元培於這兩方面實無一點能力。再說現今兒輩有赴歐留學之議，年幼途遠，非元培親自照料不可。所以還望兆銘兄幫助解釋一番才好，以免孫先生誤會喲。