年五月率部赴朝進駐牙山。是時東學黨已平。於是，清駐朝道員袁世凱照會日本駐朝公使大烏圭介（小孩子自然會聽成“大烏龜姐”——外國的壞蛋也沒個好名字！）按約同時撤兵。日本豈能失此良機？拒不接受，反以助朝鮮改革內政為由，繼續增兵，進而佔領朝鮮王宮，發動政變。中日決裂在即，清廷始下令葉志超、聶士誠部戒備，並於六月又派北路軍由陸路渡鴨綠江入朝，分別由衛士貴、馬玉昆、豐升阿、左寶貴統領，是為“四大軍”共三十二營，約計一萬三千五百人。當月，日本有預謀地水陸並進，攻擊清軍：水路，日軍在半島海面突襲中國運兵船，敗清艦；陸路由漢城進犯牙山清軍。清政府於七月一日被迫宣戰。由於李鴻章妥協避戰，致清軍處於被動。八月，平壤一戰，清軍敗績，退回國內。八月十七日，北洋水師提督丁汝昌率定遠號等十二艘兵艦護送兵船抵鴨綠江口大東溝，次日上午準備返航時，與由日本海軍中將伊東礻右亨所率松島號等十二艘軍艦遭遇，爆發了大東溝海戰（即所謂“甲午海戰”）。日艦以其速度快、速射之長，繞過定遠、鎮遠兩艦，襲擊清艦之側翼，使清艦隊處於劣勢，未幾，提督丁汝昌被傷，但是仍立於望樓督戰。致遠號重傷彈盡，管帶鄧世昌大氣凜然地指揮鼓輪撞擊日指揮艦吉野號，不幸中魚雷沉沒；經遠號管帶林永升帶傷奮戰，直至沉沒。接戰五時許，日艦首先撤離戰場。此役，北洋艦隊損失致遠、經遠、超勇、揚威、廣甲五艦，定遠等六艦受創，死傷官兵千餘；日本艦隊的松島、赤誠、吉野、比野與西京九受重創，死傷官兵六百餘。從此，日本得以控制了制海權。九月，日本第一軍渡鴨綠江，入中國境內，十月，侵佔鳳凰城、九連城、安東（今丹東）；日軍另一路，第二軍以陸軍大將大山岩為司令官，取道海上，於八月尾自遼東半島花園口登陸，十月連陷全州、旅順；十一月陷海城；十二月再陷蓋平、榮城並侵入山東半島，水陸夾擊威海衛；轉年一月，威海陷落，北洋海軍全軍覆沒；二月，日軍又佔牛莊、營口、田莊臺，山東半島陷落。清廷無奈，派戶部侍郎張蔭桓、湖南巡撫邵友濂為全權大臣赴日議和。日本以二人“不具全權”為由，拒絕與其談判，清廷只好於二月以直隸總督李鴻章為“頭等全權大臣”赴日，二月二十四日起，與日本全權大臣伊藤博文、陸宗奧堯在日本馬關的春帆樓簽訂了《中日講和條約十一款》，即慣稱的《馬關條約》。議定，中國承認朝鮮為獨立，割讓臺灣全島及所有附屬島嶼、澎湖列島、遼東半島給日本；賠償日本軍費庫平銀兩萬萬兩；開放沙市、重慶、蘇州、杭州為通商口岸等。後來，由於列強害怕日本佔利過劇出面干涉，遼東半島沒有割成，卻要中國“補償”“贖遼”銀三千萬兩！

這一切，國人漸為所知，無不切齒，數年憤憤地議論不平。甲午時，吳蘊初才只三週歲，癸已時也只四周歲，可國人盛議時，他就已是六七歲，已進了塾，懂了不少事了。國事之痛，有識者無不扼腕，無論年老的、年輕的時有人來與祖父痛憶此情，贊英雄，罵日倭，慷慨激憤之情溢於言表，且反覆多次，不厭其詳地陳說，又是如此重大而震撼人心，在靈秀的吳蘊初幼小的心靈裡能不打下深刻的烙印？為國家為民族，不計一切，直至獻出生命的英雄可敬可佩；欺人霸道的直比土匪還兇的日倭可恨可惡！從幾百年前就劫掠沿海，如今又大舉進犯，蠻橫無理地佔我土地，殺我國人不算，還要在大劫大殺之後，要我國出錢“賠償”；明明是搶佔了土地還要“贖”還，比綁票的土匪還要兇惡、殘忍不知多少倍，特別是曾有人摸著吳蘊初的小腦袋說：

“那兩萬萬三千萬兩，連你也得攤上五文錢——你也得拿出你爹爹幾天的‘束囗’呢！”

爹爹的幾天“束囗”，若是一家十口呢？豈不是爹爹一兩個月的“束囗”，也就是說得一個十口之家一兩個月的不吃不喝不穿不用才行！反過來，如果不是被人搶奪了去，那麼所有的十口之家，特別是那些不得溫飽之家，不是至少可過上一兩月的好日子麼？——非得強大起來不可！

接下來就是八國聯軍進北京大肆燒殺，且逼迫清廷訂下了《辛丑條約》，索取的所謂《庚子賠款》（“殺人放火掠奪費”！）更高出《馬關條約》多多，這些對吳蘊初愛國圖強的心理的形成都具有重大作用。

原本就具有良好素質，再受了良好的教育與影響，懷有奮發向上的志向，所以在當時當地的一干學童中也甚是不凡與出眾，還在未滿十週歲時，也就是光緒二十七年辛丑（公元一九０一年）《辛丑條約》簽訂前，即考取了“童生”。舊制中“童生”是取得做官資格的最初級“