前軍紀森然之象，實入居民家中大掠，搶焚整整兩天，遍城煙火。

清軍八旗兵遠望鎮江火起，不敢即時入城，便先在瓜洲大搶豪奪。待鄭軍撤走後，八旗兵進入鎮江，再來一輪焚掠。更壞的是這群獸兵大肆姦淫，幾乎鎮中倖存婦女無一倖免，慘遭輪姦。

至於梁化鳳、蔣國柱二人所統的綠營兵，在無錫等地燒殺搶掠，皆滿載而歸，並把搶得成千上萬婦女在蘇州賤賣。

而後，南京的清朝政府張帖告示，誇張“滅賊”功績，氣焰囂張，不可一世。

兵災過後，最苦的就是百姓。

鄭軍大將甘輝、餘士信被生擒。甘輝為人，文韜武略比比在行，在鄭成功此次長江之役前，他曾勸說軍事行動緩行，表示說待日後兵力增加一倍後，可一舉平定南中國。鄭成功不聽，混戰中，甘輝身中數十箭，重傷被俘，被帶去見清將。管效忠喝令他下跪，甘輝不跪。管效忠叱曰：“汝為將領，自應戰死沙場，不死被擒，理當投降。如今不死不降，是為何理？”甘輝瞪目朗言：“男子漢大丈夫，當然應戰死沙場，我乃大明國公，豈能與無名士卒默默死在一處！今日活著來見，只是要死個明白，讓後人知我名耳！”言畢，轉身出庭，傲然臨刑。鄭軍另外一位大將餘士信善舞大刀，姿容甚美，打仗時常常布甲跣足，有如天神羅漢。他作戰力竭被擒後，被押去見清將喀喀木，也是挺立不跪。喀喀木壯之，愛惜其材勇，便問：“如果投降，當給大官。”餘士信話語不多，搖頭高言：“不投降，只求速死！”欣然受死。

南京之戰後，清廷褒將郎廷佐，並擢升梁化鳳為江南提督。梁化鳳這個漢奸為清朝賣死力，戰鬥結束後，他為了巴結八旗兵，他命令手下士兵皆讓出馬匹，給滿洲兵來騎，他自己率手下皆步行，扛槍抬物，伺侯周全。享了幾年福，漢奸梁化鳳得了一種怪病，脖子處生對口瘡，慢慢爛下去，最後頭落而死。

對於蔣國柱等作戰失利清將，清廷加以貶罰處理。至於那位暗中與鄭成功通款又一直按兵不動的松江總兵馬進寶，被清軍押赴北京，凌遲處決。這位流賊出身的悍將，原本不是什麼好人。他在松江貪淫酷虐，極肆慘毒。平日裡，馬進寶有美妾八十人，如有想離去者，均被他斬殺不留。他廣為人知的有一件事：一日，馬進寶一妾生病，喚醫生來看，醫生說其妾懷孕四個月。馬進寶妾侍奇多，早已忘記了這個妾的模樣，認定這是新進之妾，不可能有孕。於是，他提刀對醫生說：“怎會有如此事！如有孕，不殺汝；如無孕，說明你醫術不高，必殺汝！”他進至其妾床邊，以刀割開女人的肚腹，從中提取已成形的嬰兒，鮮血淋漓拿在手中。然後，他出屋對醫生講：“診治有法，賞你五十兩銀子！”殘虐如此，馬進寶確實值得受凌遲之刑。

鄭成功敗歸途中，在八月間曾進攻崇明。久攻不下，只得悻悻而返。

後來，聽聞清軍集浙、直、粵數省水軍齊來會剿，鄭成功憂慮，派人與清廷議和，遭到嚴拒。

明朝諸將，尤以鄭成功為最，私心大過公心。倘使當初孫可望、李定國兵盛時他出兵配合夾擊江南清軍，南明必勝無疑。西南戰事吃緊，他不去提兵營救永曆帝，反而趁清軍在雲南追剿南明殘軍的時候，自己提精兵想攻佔南京這個政治城市“復明”，更顯示出他目的的不純。

即使鄭成功能夠攻下南京，永曆帝逃在蠻荒，魯監國被他軟禁，真不知他是自己在南京做皇帝呢還是隨便找個朱家子弟當傀儡。所以，歷史上的人與事，有時難以定斷。

倘若南京不敗，臺灣不收，鄭成功能否成為“民族英雄”，還是個疑問。隨後他的所作所為，肯定會讓人產生無限的遐想。

順治十七年三月，清將達素與施琅統領滿漢水陸精兵數萬人、戰般數百艘合攻廈門，被嚴陣而備的鄭成功擊敗。清廷再徵調大軍準備大舉進攻，但次年順治帝病死。

眼見自己自長江敗歸後境土日蹙，趁清帝新死的這一緩衝期，鄭成功加緊收復臺灣的準備。為此，張煌言寫信苦勸。因為，臺灣收復後，鄭軍主力勢必遠離大陸，這與南明的抗清復明大業完全相悖。如同抗日戰爭時期的一些軍隊一樣，高呼“抗日”，卻轉移到沒有日本人的地方休養恢復，是一個道理。

鄭成功不聽，率水師進發，終於把荷蘭侵略者逐出，收復臺灣島。當然，從中國歷史的角度看，鄭成功取臺灣，功在千秋。但以當時當地的南明事業來講，鄭成功此舉完全是南轅北轍。

1662年4月，鄭成功積懣成疾，吐血而死，時年三十八歲。

鄭成