元188年），再改州牧，秩二千石。東漢刺史有固定的駐地和官署，糾劾所部太守縣令不必如西漢制度三公按驗，可以直接罷免之。改州牧後，兼領軍政，位高權重，有點類似於唐朝的節度使，而管轄地域的廣闊，又不是節度使所可以相的。

與西漢相同的是，刺史也要周行郡國，查探政情，年終回京復奏。不過東漢的刺史不必親自回京，而是派遣屬吏向司徒府報送書而已。

郡國

東漢共設郡國一百零五：王國二十七，司隸部屬郡七，列郡七十一。除司隸部所轄七郡外，王國與列郡均分隸諸州，其豫州領郡國六，冀州領九，兗州領八，徐州領五，幷州領九，幽州領十一，青州領六，荊州領七，揚州領六，益州、涼州各領十二，交州領九郡。

東漢制度，皇子封王，以郡為國。每國置傅、相各一人。傅主王府事，職如漢朝的太傅；相如郡太守，主政務；相有長史一人，職如郡丞。另置尉一人，秩二千石，職如郡都尉，是主管軍政、緝捕盜賊的軍官。

王府置郎令一人，秩千石，職務和漢朝的郎令相類似，主管王府的大夫、郎等；僕一人，秩千石，負責王府的車馬訓練與駕馭；治書數人，秩六百石，職如尚書；謁者數人，秩四百石，職務是奉王命出使；另有禮樂長、衛士長、醫工長、永蒼長、祠祀長等，秩皆四百石。

郡太守秩皆二千石，只有河南郡因京師所在，長官稱河南尹，位九卿，秩二千石。諸郡各置丞一人，位次太守，秩六百石，負責民政事務；邊郡（是設定在邊境地區的郡）另置長史一人，秩六百石，負責軍政事務。長史之下有司馬一人，負責具體軍事指揮。東漢內地不設郡都尉，以太守領兵。邊郡置都尉或屬國都尉領軍並轄縣，地位略與內地較小的郡相仿。如漢和帝永元元年（公元89年），置西河屬國都尉、郡屬國都尉；永和十五年（公元105年）置遼東西部都尉；漢安帝置右扶風都尉、京兆虎牙都尉等。