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隨後在四月份裡，南京師範大學又繼續舉行了兩場辯論，由於有第一場打底，而且各家報紙也都大加宣傳，因此傍聽的人員也大大增加，在第三場辯論的時候，傍聽的人數達到了二千三百餘人，有一半都在會場以外傍聽。其他學校，包括在南京周邊地區的許多學者也都趕來傍聽，而且每一場辯論之後整理出來的文字稿，都會被搶購一空，一時也是萬人空巷，洛陽紙貴。

不過由於請願一方在大道理上確實是佔不住腳，而且辯論的經驗和技巧也都不如內閣一方，結果這三場辯論中，儘管請願的一方每一次都更換了參與辯論的人員，但都明顯處於下風，因此請願的一方也有些著急了，於是也向內閣提出要求，停一段時間，好讓自己一方有足夠的時間來準備，收集足夠的資料。而內閣一方也表示了理解，給了他們足夠的時間。

而這時有一些傾向於請願一方的國會議員也來拜訪請願者，教了他們一些辯論的技巧，並且制定了辯論的基調，首先就要儘量放棄那種絕對對立的態度，儘可能模糊自己的觀點，尋找對方的弱點。同時也有支援請願方的學者也紛紛為他們出謀劃策。

第四場辯論在五月五日舉行，而應各方的要求，這一場辯論設在南京工程大學舉行，並且隨後的辯論，將輪流在南京、杭州的大學中迴圈舉行。而每一場辯論的謗聽人數不能超過八百人，而請願一方只能出席二百人。但在每次辨論之後，將在第一時間將辯論內容張貼出來。

因為做足了充份的準備，因此請願一方的表現就好多了，至少己經可以和內閣一方有來有往，爭上幾個回合，不致於全無還手之力。但在無形中，請願一方的所持的觀點已經緩和了許多，至少不和朝廷針鋒相對，同時在辯論的話題上，也更多的偏向於學術思想方面，而減少了許多政治方面的味道。

而這次辯論的影響力也越來越廣泛，由南京一直影響到周邊地區，由其是那些請願者來自的地方，對這次辯論猶為關注，因為這關係到這一次請願行動的成敗。另外不僅僅是在南京，在許多地方，也針對這一次辯論的內容，展開了討論，並也進行了不少的辯論，儘管在規模和影響力方面，不能與南京辮論相比，但對於擴大這次新舊思想的影響力，起到了不少的推動作用。而且還有眾多的學者也在報紙上發表文章、著書表達自己的觀點，因此一場新舊思想的大爭論，也在中國展開。

在南京的辯論一直到十一月十日才結束，其中一共進行了二十三場辯論，有七場在杭州的大學裡舉行，並且還有兩場應商毅的邀請，在皇宮裡舉行。

但最終的結果還是以請願者的全面失敗而告終，畢竟現在中國的社會經濟結構己經開始發生了明顯的變化，儘管還沒有達到質變的地步，但己對中國的傳統社會經濟造成了相當的衝擊，而經濟的發展，也就需要新的思想基礎，傳統思想的主導地位己經發生了動搖，因此新思想的發展也是不可阻擋。而且商毅需要洠в欣�謎�穩�η啃型平�濾枷耄��唇�辛聳�只��囊�肌８��匾�氖牽�濾枷氬⒉皇且�溝追牌�傷枷耄�皇菕伷�傷枷脛幸恍┍Ｊ亍⒙浜蟆⒂馗�畝�鰨�尤胍恍┛�擰⒒��⑾冉�墓勰睢Ｒ虼蘇獬”緶鄣某砂埽�涫凳竊緹妥⒍ㄏ呂吹摹�

而在辯論的同時，［中華時報］也不忘利用這次辯論，為商毅造勢，稱讚商毅的胸襟開闊，能廣開言路，察納善言，並不獨斷專行等等，因為有事實為證，因此對商毅的聲望，也確實是一個很大的提高，對於安撫地方的反對情緒，也起了不少作用。

最終請願者雖然還有所不甘心，但還是隻能老老實實的各自返回地方，畢竟辯不過內閣，留在南京也沒多大的意思。而內閣也好說好散，還給每人返回的路費，一切也都做到仁至義盡，也讓這些請願者沒話說。

但等請願者各自回到地方之後，才發現今年的省試早己經結束了。但這一次，民間的情緒也明顯平穩了許多，畢竟誰都知道了這個大勢己經不可改變，因此也有不少學子終於開始認真的學習自然科學，以便在下一輪科舉中有所表現。畢竟十年寒窗苦溪，不就為了一朝蟒袍玉帶，出人頭地嗎？既然科舉要考自然科學，那麼就好好的學習吧。

而請願者雖然離開了南京，但這次新舊思想的辯論卻並洠в薪嶗矗��譴幽暇┮恢狽⒄溝攪爍韉胤劍�戮傷枷氳吶鱟玻�慘恢本蜎＇有停止過，有時激化、有時緩和，其中也幾經起伏反覆，前前後後一共進行了七十餘年，一直到