本完成，五個團和兩個獨立營的人員以經全部到位，接下來是各團營的武器裝配、作裝行動統一標準和糸統訓練，以及後勤保障方面的事情。

商毅首先確定，對軍隊正式定名為商家軍。對這個名字，軍中的諸將都沒有反對意見，因為在明朝本來就出現過一支以主將姓氏命名的軍隊——戚家軍，有這個先例在，別人也說不出什麼來。而且這支軍隊也確實是商毅一手建立起來的，商毅不僅是這支軍隊的最高指揮官，同時也是全軍的精神支柱，可以說一但商毅不在了，這支軍隊就會立刻瓦解。

按照商毅的想法，第一團將留守在穆陵關，以第二團和第三團，騎兵營和兩個偵察連為主力，出兵南下，第五團為預備隊，第四團付責運送糧草物資。這一點相當重要，因為打仗從一定程度上說，就是拼後勤，儘管按明朝的規定，軍隊所到的地方，都甴當地提供糧草，但商毅現在可不敢相信明朝各地的官員，另外穆陵軍是以火器為主的軍隊，對後勤的依賴相當大，就算地方上能提供糧草，也不可能供應彈藥，因此還是自立更生為好。

按照商毅制定的標準，毎個團應該配備的主要火器是一千八百多支火槍和二十門火炮。

而商家軍原來有火槍兩千多支，這段時間以來，又修復和製造了一部份火槍，而且商毅從北京又拉回來了大量的火槍火炮，因此目前全軍共有各種火槍五千五百多支，俱體為：燧發槍加上改裝的共八百餘支，魯密銃一千二百餘支，鳥銃三千二百餘支，自行生產的火槍三百餘支。迅雷銃四十八支。火炮六十六門，其中有兩千斤紅夷大炮六門，一千斤紅夷大炮六門，一號佛朗機炮八門，二號佛朗機炮十六門，三號佛朗機炮八門，四號佛朗機炮六門，虎蹲炮十六門。

按現在的火炮、火槍數量，缺口還很大，僅僅只能夠裝配三個團。對此商毅決定，將第二團和第三團按標準配置裝配，毎個團裝配兩千斤紅夷大炮二門，一千斤紅夷大炮二門，一號佛朗機炮三門，二號佛朗機炮四門，三號佛朗機炮三門，虎蹲炮六門。一千八百九十二支火槍。

而第四團和第五團因為是預備軍和運輸部隊，因此不用裝配比較沉重的紅夷大炮和一號佛朗機炮，只配備較輕的二號佛朗機炮四門，四號佛朗機炮三門，虎蹲炮二門。另有隻裝一個營即八百四十二支火槍。只有第一團暫時不裝配任何火器。

武器的分配就這樣決定下來。但由於火槍一下子增加了一倍多，雖然商家軍一直保留著一部份預備火槍兵，但依然出現了大量缺額，必須訓練新的火槍兵。同時商家軍還增加了十二門紅夷大炮，這可是商家軍以前從未使用過的大炮，因此炮手們必需儘快熟悉紅夷大炮的使用效能才行。

訓練大體分為兩類，新火槍兵仍然從基本的火槍射擊和三段連射開始練習，而老火槍兵則開始進行突擊、衝鋒、包抄、與火炮、騎兵、長槍兵協同作戰等練習。

雖然在此之前，商家軍和清軍作戰中取得了很大的戰果，但基本的作戰方式都是先守住城池，在守城戰中消耗敵軍的兵力和士氣，然而尋找機會，給敵軍發動致命一擊。即使是有小規模的野戰，也是先排好陣式，等敵軍攻上來，本質上和守城沒什麼兩樣。完全屬於防守反擊型的戰術。

當然在面對強敵的時候，防守反擊確實是一種合理而有郊的戰術，但商毅考慮到，這一次南下，面對的可不是戰鬥力出眾的清軍，而是相對實力差得多的農民軍，因此在南下以後的戰鬥，不會全是守城戰了，野戰，白刃戰、攻堅戰、遭遇戰都會遇到，對商家軍來說，將會是一次轉型之戰。那麼在現在就要本著以實戰為目標的原則，進行有針對性的訓練中。

因此在訓練中商毅一方面著重增加了拼刺刀的白刃戰訓練，另一方面也重點加強在遭遇戰時，透過挖戰壕，利用布袋盛土等方式，快速建立簡易陣地的訓練。對於以火槍為主要戰鬥武器的商家軍來說，熟悉戰壕作戰技術，也是由為重要的。

同時還要考慮到南方的炎熱、和多雨的氣候特點，商毅也加強了士兵在高溫情況下行軍作戰，在大雨中行軍作戰的訓練。現在以經是五月中旬，基本以經進入全年最熱的時候，雖然是在小冰河時期，這一段時間的氣溫依然會達到三十度以上，由其是在正午的時候，太陽也非常毒辣，但卻成為商家軍雷打不動的固定訓練時間，而只要是遇到下雨的天氣，都是商家軍的重點訓練的日子。

不過現在軍隊訓練的俱體事情以經不用商毅再操心了，因為商家軍裡以經有了一批合格的中層指揮官，商毅只需做好訓練計劃，然後交給其他各團的團長、獨