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結果,他們在附近轉了一圈,最後覺得再沒什麼可看的了,才返回“博伊西”號。
6月12日,“博伊西”號經和樂島和棉蘭老北返。麥克阿瑟回到馬尼拉後,正趕上哈爾西從萊特前來見他。這是他們一年來的首次晤面,自然異常高興,一起共進了午餐,並談起仍在進行的沖繩島戰役。麥克阿瑟批評這次戰役代價太高,太浪費,認為與其用正面強攻去消滅敵人,不如以逸代勞,建立防禦陣地,將敵人困死。哈爾西則批評斯普魯恩斯對艦隊的使用不當,認為他不是用其對日本本土進行戰略襲擊,而是束縛於沖繩附近進行消極防禦。他們談得非常投機,情緒都很激昂。
6月中旬,澳軍在打拉根登陸成功後,開始準備在婆羅洲的巴厘巴板實施第二次也是最後一次登陸作戰。巴厘巴板是著名的石油產地,日軍在此建有最堅固的水際灘頭防禦工事,佈設了大量水雷和障礙物,並在岸灘後面的高地上配置了火炮以封鎖灘頭陣地。為摧毀這些工事和障礙物,盟軍在登陸前16天就開始了艦炮火力準備,共發射16萬發炮彈,為西南太平洋部隊實施預先火力準備時間最長、規模最大的一次。期間,掃雷艇和水下爆破隊完成了登陸水域的清除任務。6月27日,麥克阿瑟為觀看巴厘巴板的登陸情況而再次乘“博伊西”號南下。
7月1日,登陸跟行動剛開始不久,麥克阿瑟即命令馬上派一艘汽艇來送他上岸。但負責作戰的海軍將領認為當時灘頭正處於敵人的炮火之下,因此未按預定時間派汽艇來。麥克阿瑟讓手下人告訴這位將軍:“立刻派汽艇來!”5分鐘後,汽艇果然來了。上岸後,他在一個離日軍陣地不到200碼的高地上駐足,與戰地指揮官一起檢視地圖。這時,日軍一挺機槍向他們射來,濺起一片塵土。其他人都臥倒在地,唯有麥克阿瑟仍站在那裡若無其事、一動不動地還在看地圖。末了,他把地圖交還給那位軍官,並指著附近的另一個高地說:“我們去那裡看看。”當他們從高地上下來時,那挺機槍又掃射過來,打落了他們身旁樹上的樹葉。麥克阿瑟轉身對那位指揮官說:“順便提一下,我想最好派幾個人幹掉那挺機槍,免得它傷了什麼人。”過後,美國的一家報紙以《臥倒,將軍,臥倒!》為題,強烈呼籲麥克阿瑟下次再發生這樣的情況,聽到臥倒的命令後,可別再站著不動了,以免帶來毫無意義的犧牲。該文還諷刺說:“您真以為危險是那麼甜滋滋的,她的臉蛋是那麼白哲,使您沉迷不能自拔嗎?常識斷定應該臥倒,您就要臥倒。您不必使您計程車兵信服您是一位勇士。您不必使我們這些納稅人和戰爭債券的購買者信服。”
7月5日,麥克阿瑟返回馬尼拉。在前一天,他已宣佈菲律賓戰役正式結束。實際上,克魯格在呂宋的清剿作戰還遠未結束,他只消滅了10萬餘日軍,還有6萬多躲在呂宋北部山區,他們直到戰爭結束才投降。但這股幾近彈盡糧絕、疲憊不堪的殘敵,此時已構不成什麼威脅。在菲律賓戰役(包括萊特、呂宋和南部諸島作戰)中,日軍共被擊斃40餘萬人,而美軍則只傷亡6。2萬人(其中亡1。4萬)。與日軍的損失相比,美軍的傷亡是微不足道的:每陣亡1人,就有30名日軍被打死。在婆羅洲戰役接近尾聲時,麥克阿瑟還擬製了爪哇登陸計劃,以奪取荷屬東印度群島,恢復荷蘭人的殖民統治。但參謀長聯席會議考慮到進攻爪哇在戰略上沒有什麼意義,且盟軍要全力用來準備對日本本土發動進攻,故未批准該計劃。對此,麥克阿瑟認為這是一個嚴重錯誤,是政治在干涉軍事。
為徹底摧毀日本的戰爭潛力和日軍的抵抗意志,創造進攻日本本土的有利條件,美軍從3月份開始還加強了對日本的空中轟炸和海上封鎖。3月9日夜,美軍第20航空隊在柯蒂斯李梅將軍指揮下,從關島出動334架B一29轟炸機對東京實施第一次低空大規模“火攻”,共投燃燒彈1667噸。東京頓時成為一片火海,1/4以上的市區被燒燬,8萬多人被炸死或燒死,100萬人無家可歸。以後10天,李梅又出動轟炸機1595架次,對東京、大阪、名古屋和神戶投燃燒彈9373噸,被稱之為“火攻閃擊戰”。這種要命的“火攻”,其規模越來越大,並擴大到其他城市。到7月份,肯尼