軍隊，這兩個方針在1954年春高幹會檔案中，我們同時都用過。現在看來，只提現代化、正規化的方針，就可能產生否定我軍優良傳統的偏向，事實上也一度產生過，不如提建設優良的現代化革命軍隊好。大家可以考慮。三是戰略方針問題，它關係著軍隊三大方面的工作：關係著戰爭準備，關係著組織編制和各軍、兵種建設的重點，關係著訓練和科學研究。我們這次會議最根本的目的，就是要把這三方面的問題搞一致。在這種一致的基礎上，其他的不一致，就比較好解決了。”彭德懷在會議的這一階段，作為會議的主持人，為著把會議開好，可以說是禪精竭慮、費盡心血的。但是從會議的實際情況看，無論是會議的熱烈程度還是揭露問題的深度，都沒有達到他預期的要求。甚至他希望著重解決的建軍原則和戰略方針問題，也沒有形成會議的中心議題。

會議開到6月9日，開始轉入第二階段。

這天下午，黃克誠傳達了毛澤東的重要指示。他說，主席對我們的會議決心很大，開不好，大家就不要走。會議要擴大範圍。每個師的黨委書記都來（軍分割槽的不來）。另外，黃克誠在6月9日還傳達了毛澤東講的一個理論問題：說是“教條主義不懂得社會存在決定人的意識，意識又反過來影響（推動）社會存在。大國有大國的憲法，小國有小國的憲法，教條主義即不承認這條真理。蘇軍條令、規章制度，是在蘇聯土壤條件中產生的，這些人不承認中國的社會（客觀）存在，不承認中國有它特殊的東西”。這項傳達，對於會議的重點起了決定性的作用，反教條主義開始成為會議的中心議題。彭德懷對會議所要解決的主要問題，也有了明顯的改變。

據林彪在1959年9月軍委擴大會議上批判彭德懷的時候說，毛澤東去年對會議下那麼大的決心，主要是他林彪的功勞。他在一次發言中說，去年軍委擴大會議反教條主義的情況，他記得很清楚。在軍委擴大會以前，彭德懷的態度是不明確的，當時軍委擴大會議馬上就要開，但並沒有確定以反教條主義為主題。在他看到訓練總監部關於對反教條主義爭論的材料以後，就認為這個問題很重要，應該以這個為主題。於是他就把情況報告給毛主席，毛主席認為應該開展這個鬥爭。林彪還說：“這才有去年以反教條主義為中心的軍委擴大會。這個會議是多少年來第一次大規模的會議，會後軍隊思想才有一個大的轉變。中央、主席有決定，彭德懷才有180度大轉彎來領導這次會議。”

1959年的軍委擴大會議，林彪是主持人，彭德懷是批鬥的物件。林彪講的這些話，顯然有打擊彭德懷、抬高他自己的成分。但是他所說的以反教條主義為會議主題是他出的主意，是毛澤東作的決定，是完全可以肯定的。

彭德懷遵照毛澤東指示的精神，立即調整會議部署，第二天便發出增加與會人數的通知。

6月20日下午舉行全體大會，正式出席的1004人，列席的438人，會場由三座門大街20號移到中南海懷仁堂，大會主席團由32人增加到41人，真正以反教條主義為主題的會議便是從這時開始的。

在這一天的全體大會上，彭德懷代表主席團首先講話。他一開頭就提出了兩條軍事路線的鬥爭。他回顧了建國以前軍隊中教條主義的危害，又講到全國勝利以後軍事教條主義重新復活了，反對毛澤東同志的建軍思想和戰略方針。在講話的最後一部分，他還說：“在教條主義問題上，我是有責任的”。但“這是有原因的。有些原因我可以說，有些原因我不能說。沒有教條主義，至少也有官僚主義，我不逃避這個責任”。

在講到“為什麼不早點提出反教條主義”的問題時，他還流露出某些“委屈”情緒。他說：“我這個人是沒有學問的，是丘八學校和農民學校出身的，出身寒微，是難以使人信服的。就是他們所說的，反教條主義的人都是沒有學問的。在這方面我有自卑感。”

彭德懷這篇講話，表露了他對教條主義的強烈不滿和早有反對教條主義的思想。他自己也認為這篇講話非同一般，曾專門把會議簡報送給毛澤東。毛澤東也很重視，在簡報上批道：“劉、鄧、朱、周、陳雲同志，此件值得一閱。閱後退彭。”

21日，毛澤東向大會講話。

他說，他這幾年對軍事沒有抓。軍事工作基本上做得好，有成績，也有缺點。軍委有責任，中央也有責任。大家對軍委、對彭德懷同志的批評，也就是對他的批評。

關於教條主義問題，他說我軍有兩種傳統，一是優良傳統，一是錯誤傳統。一是馬克思主義