年內無法翻身，接受中華帝國的統治。

大正和山本權兵衛沒有任何辦法，尤其是山本權兵衛等右翼分子，作為戰犯，他們被判處100年至800年有期徒刑不等，剝奪政治權利終身。

馮國璋得到條約檔案後，立即送交中華帝國皇帝王辰浩御批。

四月八日，王辰浩同內閣研究後，認為在對日問題上，馮國璋處理的非常得當，因此王辰浩批准了這個條約。

由於東京已經被夷為平地，中華帝國將大正國王和新成立的桂太郎內閣和議會遷往九州熊本，設熊本為倭國首都。

所有曾經支援對中華帝國作戰或者敵視中華帝國的官員都別清除了，留下的倭國官員全部都宣誓效忠中華帝國。

由於王辰浩和國會認為對日戰爭的戰略目的已經達到，沒有必要在耗資打下去了，王辰浩早就釋出的聖旨，不論成功與否，攻佔東京後便要結束戰爭，皇命自然不可更改，因此中華帝國對日作戰總司令馮國璋在跟大正和桂太郎簽署了結束戰爭條約後，便停止了主要軍事行動。

四月九日，在長野的有棲川宮熾仁親王拒絕承認大正國王和桂太郎內閣同中華帝國簽署的條約，稱他們是日奸，大和族的敗類。為了繼續抵抗中華帝國，熾仁親王宣佈稱帝，自稱天皇，立長野為日本首都，繼續戰鬥下去。

然而，剩下的日軍大部分不想再戰爭下去了，除了打下去必死無疑外，天皇和整個政府官員們都被俘虜了，他們根本沒有鬥志。而且已經簽署了結束戰爭的水神奈川條約，日本國民已經無力在幫助日軍打下去了，渴望結束戰爭的人佔了一大半。

因此，當熾仁自稱天皇后，超過十萬日軍正規軍、預備役和民兵譁變，逃往中華帝**實際佔領區。另外本州西南部、四國的日軍和當地政府也紛紛向中華帝國效忠，歸順新成立的倭國桂太郎政府。

由於熾仁繼續反抗中華帝國，因此總參謀部有藉口在倭國保留三十萬駐軍，繼續清剿日軍殘餘抵抗力量。

不過，中華帝國國會的反戰議員們很快想到了對付總參謀部的策略，他們在倭國建立皇協軍制度，跟朝鮮皇協軍一樣，新的日本皇協軍將用來對抗熾仁的殘餘抵抗軍，用日本人打日本人，不消耗中華帝**實力，反而會進一步削弱倭國的國力。

就這樣，在中華帝國的操作下，在倭國建立了一支20萬人的皇協軍，專門作為中華帝**用來對付熾仁**軍的炮灰部隊。

這種一箭數雕的策略得到了王辰浩的批准，於是總參謀部不得不取消在倭國駐軍三十萬的計劃，但以倭國新定，人心不穩為由，還是保留了十萬駐軍。

不過，熾仁並非正統，若當天皇，也輪不到他，而是能久親王。加之倭國國庫全部被中華帝**截獲，熾仁的財政緊張，在跟中華帝**和日本皇協軍的對抗當中，屢戰屢敗。

很快，能久親王和他的嫡系部下們反對熾仁天皇，於一個月後離開長野，一直撤到北海道，在北海道札幌自稱天皇。

能久跟熾仁分裂後，進一步削弱了日軍的抵抗力量，結果很快中華帝**和日本皇協軍攻陷長野，迫使熾仁率領他的部下轉入大山當中，開始了漫長的游擊戰。

維持一個分裂的日本，符合中華帝國的國家安全利益。中華帝國政府樂見日本分裂成三個政權，三足鼎立從此日本列島永無寧日。因此，儘管中華帝國擁有同時消滅熾仁和能久的力量，但是卻放任不管，中華帝**不再直接出動作戰，而是讓皇協軍跟熾仁天皇軍和能久天皇軍混戰。比起中華帝**隊日本國民造成的損失和傷亡，三個日本政權軍隊相互攻伐，其狠辣程度遠遠超過中華帝**，造成日本平民死傷無數，整個日本列島陷入水深火熱當中，猶如回到了日本戰國時代的黑暗一樣。

中日第三次戰爭以中華帝國獲勝，日本戰敗並陷入三國鼎立局面而告終。中華帝國發動對日戰爭消耗戰費15億龍幣，從日本獲得總價值29億龍幣的戰爭補償。經過戰爭，中華帝國徹底消除了日本的威脅，砍掉了美國在亞太地區的一隻手，不論是戰略還是戰術層面，中華帝國對美國的博弈獲勝。

美國對於失去日本這個盟友感到非常後悔，亞太僅剩下菲律賓和夏威夷兩個戰略據點，失去了日本的屏障，美國將正面面對中華帝國的軍事威脅，再無退路可言。

儘管美國對失去日本感到惋惜，但是歐洲的情況對協約國方面非常的不樂觀，使得美國沒有精力去跟中華帝國博弈。因此在這段時間裡，美國和中華帝國的掰腕子式的對抗中，美國處於下風