袁既有了御用的機構“中央政治會議”，同時根據政治會議的建議，於民國3年1月10日下令停止兩院現有議員，這樣一來，國會遂完全解散。這個解散國會的命令如下：

“……本月十日，據政治會議呈稱，本案前奉大總統諮詢命令，系據兼領湖北都督事黎元洪等銑電之所請求……綜其綱要，約有兩端：第一則請修正憲法，而以拘文牽義為戒；第二則請資遣議員，而以扶持國本為宗。凡此所陳，具徵遠識。惟原電修正憲法一節，經本會議詳細討論，僉以民國憲法，尚未制定公佈，自無修正之可言，若謂憲法未施行以前《臨時約法》之效力與憲法等，該原電所稱應行修正，即指約法而言，則應於大總統諮詢修改約法程式案內，另行議復，其對於國會現有議員給資回籍，另候召集一節，本會議意見，以為原電所陳，不無可採……方今國勢岌發，改良國會組織，幾於異口同聲，兼之本屆國會分子，既以亂黨嫌疑，多數議員資格一律取消，人無半數，遞補需時，雖前奉大總統命令，曾飭內務總長查取本屆合法候補當選人，如額遞補，以重國會等因；內務總長亦經飭由籌備國會事務局遵辦。現據河南等省選舉監督電陳遞補補選各項礙難情形，奉交本會議併案討論，本會議細核原電，自系實情。夫以現有議員，既不足法定人數，而候補議員，又難於剋期遞補，是我國民所恃以為運用共和政治之國會，目前決不能行使職權，少數議員，即無到院之必要。……至大總統取消亂黨議員，前次命令，業已宣告，係為挽救國家之危亡，減輕國民之痛苦起見，事非得已，誠具苦心。而各都督、民政長關心救國大計，尤注重於修正憲法，亦無對人關係之可言。現在國會組織不良，萬不獲已自求改善，此心既可共信，此希望必期速達，對此組織不良之國會，又事實上職權業已停止，何必於現有議員，虛示維繫，以重違我國民渴望改良國會之公心？要之，我民國決不能無國會，國會組織，旦暮改定，大總統決不能不仍行召集，約法具在，無可懷疑；則今日即徇各省地方長官之請，明白宣佈，使濟濟賢能議員，暫結殘局，而養朝氣，以待將來之結合，實亦無戾於救國精神，且可以促國會之再造，此原電之可採者一也。至就議員個人而論，自國民黨議員悉經解散後，其餘穩健明達之士，留則無職可盡，去則棄職為嫌，進退兩難，身心俱苦，為國家愛重人材，豈宜如此！此原電之可採者二也。本會議全體決議，認原電所請另候召集一節，系屬度勢審時正當辦法，應請太總統俯納各都督民政長之議，宣佈停止兩院現有議員職務，並宣告兩院現有議員，既與現行《國會組織法》第十五條所載總議員過半數之規定不符，應毋庸再為現行《國會組織法》第二條暨第三條之組織。其現有議員既經停止職務，如何給資之外，或依據院法所定，或斟酌財政情形，應由政府迅速籌劃施行。至現有議員停止職務後，是否回籍，可聽其便，政府毋庸問及。本會議討論至再，全體議決等情呈復前來。除令行外，為此佈告我國民：須知改良國會，關係共和政治之前途，非常重大，該會議原呈各節，既於尊重國會之本旨，再四宣告，一俟釐訂組織各法及選舉程式以後，政府自必切實進行，依法召集，以慰我國民喁喁望治之心。我國民休慼與共，素有同情，切勿輕信浮言，貽誤大局，本大總統誓當力謀政治重新整理，剋期以待最良國會之出現，我國民其敬聽焉！特此佈告。”

袁既然解散了國會，索性一不作二不休，於民國3年2月3日停辦各地方自治會，其理由是：甘肅、山東、山西、湖北、河南、直隸、安徽等省民政長電呈，各屬自治會，良莠不齊，平時把持財務，抵抗稅捐，干預詞訟，妨礙行政。熱河都統薑桂題電稱，承德縣頭溝鄉議事會私設法庭，非刑拷訊。湖南都督湯薌銘電稱各級自治機構平時弁髦法令，魚肉鄉民，無所不至；山東民政長田文烈電稱棲霞縣鄉民因自治會私受訴訟，濫用刑罰，集怨釀變；浙江民政長屈映光電稱浙省自治會侵權違法。著各省民政長通令所屬，將各省現設之各級自治會立予停辦。2月28日更下令解散各省議會。

這時的袁世凱，簡直是為所欲為，得心應手，於是著手修改《約法》，實現總統制，延長總統任期，並制訂《治安警察法》，以箝制人民言論之自由。袁所冀望的中央集權，元首獨裁，在這時可說是完全告成了。

這一時期，袁特別強調總統制的有利於國家；逢人便訴苦，苦於總理制和議會權力太大。袁口頭上常這麼說：“現制總統、總長、都督為三級制，共有三總，實在太滯隔了。”中華民國駐比公使汪榮寶向袁辭行時，曾沉重地向袁進言，要求袁勿行總