可是袁在宣佈要南下時，在北京製造了兵變事件，於是臨時政府設在南京的計劃為之粉碎，袁也不需南下就職。其後唐紹儀辭職和軍警威脅臨時參議院，把遵守《約法》的規定也粉碎了。孫中山和黃興到北京參加巨頭會議，本想用至誠感人的方法，使袁改邪歸正，為了委曲求全，在“四巨頭宣言”中，連遷都南京和貫徹責任內閣主張都沒有提出來。在袁看來，不是革命領袖寬宏忍讓，而是認為他可以用花拳繡腿的手段來對付革命黨，因之鼓勵了袁的予智自雄的野心。自唐紹儀被迫辭職後，責任內閣的路袁是絕對不走的，即使宋教仁組閣，袁也不會放鬆。張振武案不了了之，使袁膽子大了，認為可以用血案來解決政治問題，宋案就在這時發生。

3月25日，孫中山自日返抵上海，距離他2月11日赴日考察，前後不過一個半月。孫登岸後即邀集在上海的國民黨領袖在上海同孚路廿一號黃興寓邸會商宋案應付辦法，安徽都督柏文蔚也託詞到上海省親，參加了這個會議。這時袁向五國銀行團進行大借款的訊息也傳到上海，國民黨認為這是袁恃以發動內戰的軍費來源，更加憤慨。孫和戴傳賢主張用兵。孫中山有“聯日速戰”的討袁方略，主張國民黨應該先發制人，通電各國阻止大借款，並由國民黨控制下各省區組成討袁軍。黃興對這個計劃不贊成，他認為在國際方面中華民國還沒有被任何一個國家承認，邊疆形勢日益險惡，如果國內再發生戰事，中國豈不成為朝鮮第二；至於在國內的形勢對比，國民黨不敵北洋派，因為革命陣營中許多意志薄弱只想做官的人，都已經投向北洋派了，國民黨控制的地區僅只有江西、湖南、安徽、廣東四省，而這四省的內部也並不統一，國民黨必需量力而行，知彼知己。

由於國民黨多數領袖主張避免使用武力而採循法律途徑，因此經由江蘇都督程德全建議袁成立一個特別法庭，推黃郛為主裁，王寵惠、伍廷芳為承審官，以避免來自任何方面的壓力，全權處理宋案。袁表面上接受，卻由司法總長許世英以“不合編制”為藉口而反對成立這個法庭。

黃興主張不用兵可於他致袁的秘書長梁士詒一電中看出。3月27日黃電梁：“宋案連日經英廨審訊，聞發現證據頗多，外間疑團實非無關。興以鈍初已死，不可復救，而民國要基未固，美國又將承認，甚不願此事傳播擴大，使外交橫生障礙。日來正為鈍初謀置身後事宜，亟思一面維持，而措詞匪易，其苦更甚於死者，公有何法以解之？乞密示。”梁對黃這通電報未予答覆。

上海租界捕房在4月16日把刺宋案兇手應桂馨和武士英移交給上海地方檢察廳，4月24日武士英忽然在獄中暴斃，死得不明不白。

刺宋案的另一兇手應桂馨在獄中過著非常舒適的生活，他有阿芙蓉的嗜好，開始時還用手帕塗上嗎啡漿過癮，隨後竟公然要求抽鴉片煙，而法院方面怕他又來一個“死無對證”，也只好特准他在獄中公開抽菸。

至於洪述祖呢？宋案破獲後，他不敢在北京公開活動，乃從容不迫地“逃”到青島。德國派在青島的膠州總督因為他是聞名全國的殺人兇犯同謀者，所以把他扣押起來，袁世凱竟公然派內務部次長言敦源到青島交涉，要求引渡。德國總督同意引渡後，洪就等於獲釋。5月3日洪公然在青島發表通電，極力吹噓他協助唐紹儀完成南京議和，建立共和的功勞，痛罵宋教仁：“借政黨內容之名以遂其植黨營私之計”。並且用一種荒謬絕倫的理由為他自己狡辯說：“毀宋僅欲毀其名，何得認為謀殺之證據。”

趙秉鈞在對記者談話中談到洪述祖，表示洪和他毫無關係，更不是他的私人，而是少川（唐紹儀的字）介紹到內務部來的。袁看到宋案鬧得很厲害，自己陷於極不利地步，乃想設法解釋一下，恰遇北京各界舉行“宋教仁先生追悼大會”，袁乃授意京兆尹王治馨參加大會時相機為他解釋。不料這個京兆尹是個糊塗鬼，他自作聰明地在大會上編造一段故事，他說：“去年應桂馨到了北京，向趙總理自告奮勇，要動手殺害宋先生，關於這個問題，總理曾向總統請示過，總統認為政見雖有不同，暗殺決不是個手段，所以不予同意，由此可見宋案與總統和總理都無關，完全是應桂馨和洪述祖搞的。”他的這番解釋，簡直是欲蓋彌彰，氣得袁世凱跺腳，趙秉鈞扔茶碗。

趙秉鈞過分想遠離刺宋案，這使到袁世凱很不高興，趙辭職後被袁改為給假養痾，其意思就是“你越想避，我就越不答應”。

趙秉鈞除了對報館記者解釋外，還給了上海地方檢察廳一封公開信為自己辯護。趙函如下：