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張勳雖覆電給袁，推卸洗劫南京的責任，可是辮子軍的暴行，中外目睹，所以袁世凱和北京參謀本部、陸軍部都來電徹查，使他也極為傷腦筋，不得不再二再三申覆。下面是張勳的第二、第三次給袁覆電：

張勳復袁電二：“大總統鈞鑒：拱密。參陸西部陽電，傳奉鈞令，敬悉。此次南京倡亂獨立，城內閭閻，本已重遭糜爛　，迨及城下之日，諸軍萃集，巷戰連朝，土匪潰軍，乘機焚掠，於時秩序已紊，諸統將專事殺敵，兼顧難周。一二不法軍人，趁各軍號令尚未統一之際，繼匪軍劫掠之餘，見物輒取，固所不免，當經派員率隊巡行街市，但見有持挾衣物搶掠者，無論軍匪，概行立地正法。計共斬決二百餘名，截留衣物無算，均交商會分別給主認領，並將約束不嚴之該管官弁斥革。中外商民，皆所共見。現仍會同諸軍竭力稽查，認真根究，務得實犯，嚴加懲辦。謹此復陳，伏乞垂察。”

張勳復袁電三：“大總統鈞鑒：魚日電諭敬悉。重承責問，滋切悚皇。此次叛兵佔據金陵，反覆哄爭，閉關自毒，地方秩序，業已破壞不堪。迨海陸各軍，會合圍攻，全城均當戰線，攻者愈力，守者愈堅，居民遷徙避藏，受無妄之災者亦愈眾。既而逆首知勢不敵，竄匿無蹤，合數萬之悍賊驍匪，以及失業遊民，麇集一隅，漫無約束，其任意勒索，多方蹂躪，人言鑿鑿，聞者寒心。勳等逆料及此，迭經通飭營隊，曉諭軍人，務以恪守紀律，不擾善良為第一要義。復傳集各官長剴切告誡，不啻三令五申。惟民匪同困重圍，本屬斷腕求瘳之計。若戰鬥中而復責以保護，智勇俱難為力。堅城既破，我軍如牆而進，肉搏衝鋒，賊匪梗頑，尚在竭力抵禦，黠者褫裝棄械，隨處蒐括，紛紛潰逃。地痞流氓，爭取所遺衣械，遂得假冒兵士，乘機劫奪，快意須臾。與勳前攻天保城時，叛軍多草帽藍衣，希圖擾亂伎倆，如出一轍。賊倡其先，匪踵其後，荒衢僻巷，亦幾十室九空。其時我軍師旅團營，參伍綜錯，注重佔領要隘，警備非常，不能遽爾分兵四出剿捕。營壘粗就，始得派遣遊騎周匡偵巡，餘孽漸次肅清，而公私已蕩然盡矣。勳等馳入寧垣，察視情形，雖不至如路透電所云之甚，然瘡痍遍地，目擊心傷。一面會同出示招集流亡，並分別嚴申軍令，拿獲搶劫之犯，隨時立正典刑，兵士間有取攜，亦揮涕斬殉不少寬假。連日捕殺約百餘人，所有贓物，概發商會招領，市面略定，人心少安。勳與國璋，督師分道南來，既未能不戰而屈人，又無從臨戰而弭禍，彷徨中夜，內疚良多。而路透電竟以賊匪強暴慘虐之行為，獨使我軍蒙其重謗，不惟勳等難甘預設，即全軍官長均受有完全教育，詎肯明知故縱，棄隳身名。事實始終，歷歷在目，固非一人一時之言所得掩飾，又豈容悠悠詆譭，淆惑聽聞。應請大總統派員來寧，切實調查，秉公核辦，以息謠諑，而定是非。冒瀆鈞聰，伏希垂鑑。”

袁世凱在癸丑之役陸續擊潰了革命軍後，就頒發了大批勳章和晉級命令。張勳得到勳一位和江蘇都督。袁的本意是要把江蘇都督給他的親信馮國璋的，可是這次南京之戰，首先攻城的，是張勳所統的辮子軍，為了表示大公無私，和嘉獎有功，便不得不改變計劃，把江蘇都督給了張勳。因此，馮國璋在收編南京城內外的討袁軍殘部後，便一聲不響地率領他的部隊渡江而去。

張勳做了江蘇都督後，偌大的一個南京城立刻就看不到一點民國氣象，完全恢復清代的氣氛。他絕對不准他的兵士們剪掉辮子，因為辮子已成他的軍隊的特別標誌。他看見穿西裝剪短頭髮的人就生氣，看見留辮子的就引為同志　，於是，南京城內突然流行起拖辮子，扎假辮子的風氣盛行一時。他絕對不許用“前清”字樣，他認為在他統治下的區域，應該仍是“大清天下”。

江蘇都督府的大柱和棟樑他都塗上一道硃紅色，把舊兩江總督時代的吹鼓手和炮手都找了回來，每天開吹三次，開炮三次。這一切都是清代的官制和排場。他不但恢復了厘捐總辦、糧臺總辦、督銷總辦、道臺、知府、知縣等等，而且一切都是“扎委”。南京城內就有一個知府“江寧府楊”，和兩個知縣“江寧縣左”、“上元縣沈”。知縣的衙門裡恢復了刑名老夫子、差快等等。縣太爺坐堂，恢復了藤條、小條等刑具。南京城內大小官員