展教育、振興實業，開拓交通、救濟民生諸大端，必須集全國人之心思才力以為之，庶克有濟。現擬組織兩種會議，一曰善後會議，以解決時局糾紛，籌備建設方案為主旨，擬於一個月內集議，其會議簡章另行電達。二曰國民代表會議，擬據美國費城會議先例，解決一切根本問題，期以三個月內齊集。其集議會章，俟善後會議議定後即行公佈。會議完成之日，即祺瑞卸責之時。總之，此次暫膺艱鉅，實欲本良心之主張，冀為徹底之改革，謹宣肝膈，期喻微衷。邦人君子，幸垂教焉。段祺瑞。馬。”

段祺瑞於13年11月23日由天津乘專車至北京，馮玉祥和黃郛都在車站迎接。第二天，段即在陸軍部大禮堂宣誓就任中華民國臨時執政，並公佈中華民國臨時執政府制六條：

第一條：中華民國臨時政府以臨時執政總攬軍民政務，統率海陸軍。

第二條：臨時執政對於外國為中華民國之代表。

第三條：臨時政府設定國務員，贊襄臨時執政處理國務。

臨時政府之命令及關於國務之文書，由國務員副署。

第四條：臨時執政命國務員分長外交、內務、財政、陸軍、海軍、司法、教育、農商、交通各部。

第五條：臨時執政召集國務員開國務會議。

第六條：本制自公佈之日施行，俟正式政府成立，即行廢止。

段祺瑞就任執政後，就發表內閣名單如下：

臨時執政：段祺瑞

內務總長：龔心湛

財政總長：李思浩

外交總長：唐紹儀

陸軍總長：吳光新

海軍總長：林建章

司法總長：章士釗

教育總長：王九齡

交通總長：葉恭綽

農商總長：楊庶堪

執政府就設在陸軍部，執政府秘書廳則設在相連的海軍部，秘書長為梁鴻志。

臨時執政府是過渡性的組織，執政總攬軍民政務，統率陸海軍。不設內閣總理，實行民主集權制。

和臨時執政府配合的，是國會成立非常會議，由未參加賄選曹錕的國會議員組成，於11月25日透過組織大綱公佈，共11條如下：

第一條：本會議由未參加十二年十月五日非法大總統選舉會之國會議員組織之。

第二條：本會議制定一切臨時法規，並議決關於政治重要事件。

第三條：本會議非有十四省以上之議員列席，不得開議。

蒙古、西藏、青海、華僑各選舉區以省論。

第四條：本會議之議事以列席議員過半數決之。

第五條：本會議設行政委員，執行一切事務，由各省議員互選一人充之。

第六條：本會議開會之主席由行政委員依次充任。

第七條：本會議得設各委員會。

第八條：本會議設秘書廳承行政委員會之命令，辦理事務。

第九條：本會議至正式代表民意機關完全成立時為止。

第十條：本大綱有議員十人以上之連署得提修正案，以列席三分之二以上議決之。

第十一條：本大綱自議決宣佈日施行。

段祺瑞就任執政後不顧大多數國人，尤其是國民黨的反對，決定召開善後會議，依照善後會議組織條例第二條分別邀請，計合於第一項有勳勞於國家資格的，有孫中山和黎元洪兩人，段於14年1月1日分別致電孫、黎兩氏，電雲：

“北京孫中山先生、天津黎宋卿先生勳鑑：共和肇建，已十三年，追維締造之初，同負艱難之責。乃自創始以迄於今，國困民貧，兵多法敝，獨居深念，寢饋難安。因此不辭勞怨，不避艱險，暫膺重任，冀盡我心。方今急務，治標以和平統一為先，治本以解決大法為重。善後會議所以治其標，國民代表會議所以治其本。善後會議條例前經公佈，計邀鑑察！現擬盡本年二月一日以前在北京開會，敬請我公惠臨，共商大計。如因事不能列席，即乞迅派全權代表與會。民生憔悴，國勢憑陵，憶當年袍澤之勞，動此日纓冠之念。想我公必具同情也。至國民代表會議，應由全國人民公意組織，以符主權在民之意。合併附陳，統希賜復，無任企禱。祺瑞。”

同日段又電上海分致唐紹儀、章炳麟，岑春煊，電雲：

“上海唐少川、章太炎、岑雲階先生鑑：善後會議條例前經公佈，計邀鑑察。此會專為整理軍事、財政及籌議建設方案而設，併為國民代表會