總司令職，將所有海軍艦艇，編為四個艦隊，以陳季良為第一艦隊司令，陳紹寬為第二艦隊司令，陳訓詠為練習艦隊司令，曾以鼎為魚雷遊擊艦隊司令，革命軍有海軍之加入，實力大增。

淞滬之戰告一段落，革命軍即分由浙西和長江兩岸向下遊推進，打算把孫傳芳的殘部連同來援的直、魯軍一併圍殲於滬寧之間。

革命軍以江右、江左兩路軍分向祁山、至德、潛山、霍山之線前進，16年2月20日孫部十五師師長劉寶題投效革命軍，就任新編第三軍軍長兼江右軍第四縱隊指揮官；3月4日第六師師長陳調元亦投效革命軍就任北路軍總指揮兼第卅七軍軍長，葉開鑫投誠就任新編第五軍軍長，王普投誠就任新編第廿七軍軍長，安慶和皖南地區遂兵不血刃而全部底定。

2月27日程潛率江右軍主力向蕪湖和宜城前進，3月6日佔領蕪湖，17日佔領當塗。

安慶、蕪湖攻下後，革命軍即可會攻南京，事實上革命軍除了在當塗打了一仗外，餘均勢如破竹，國民革命軍的北伐，在長江下游是進展神速的，而孫傳芳雖然得到直魯軍的增援，可是對他的苟延殘喘毫無幫助。

孫傳芳的主力和直魯軍畢庶澄、常之英兩部，於16年3月中旬被革命軍東路軍在滬寧線及松滬地區擊破後，即紛紛渡長江北退，國民革命軍遂佔領上海、蘇州、常州、丹陽一帶。革命軍江右軍同時佔領當塗，進迫南京。江左軍則向皖中挺進，與陳調元部協同壓迫津浦南段及淮北地區。南京附近僅有直魯軍一部分，其餘北洋軍主力均已退集江北。

南京方面褚玉璞部主力守備下關，一部在湯水、龍潭。粵軍謝文炳、陳修爵等部，主力在江寧縣，一部在淳化鎮、龍都鎮、秣陵關。魯軍第六軍徐源泉部及白俄兵主力在陶吳鎮，一部在江寧縣，均積極加強工事，企圖固守，待援反攻。江北方面：孫傳芳所部，企圖自運河兩側，張宗昌主力則企圖自津、浦正面積極增援，期待革命軍一旦渡江攻擊時，乘機反撲。孫傳芳及張宗昌則分駐於清江浦及蚌埠指揮。

革命軍以全力會攻南京。這時革命軍的態勢是白崇禧所率領的第一、第二、第三縱隊已進佔上海、蘇州。何應欽所率領的第四、第五、第六縱隊亦已佔領橫林、常州、丹陽；四方八面向南京合圍。同時為了鞏固淞滬防務，乃設立淞滬衛戍總司令部，以白崇禧任衛戍總司令，並抽調白軍一部，增加南京方面之作戰。16年3月22日，何應欽到達鎮江，這時北洋軍有死守南京打算，於是急電白崇禧，迅速肅清淞、滬殘敵後，立即抽調一部與第五縱隊乘車向南京增援。是日第四、第六縱隊之先頭，進至棲霞街、東流鎮、湯水鎮附近之線。

16年3月17日革命軍江右軍佔領當塗後，先頭部隊續進至採石磯、馬家村之線，與東路軍協定，會攻南京；原來撥歸東路軍指揮之第二縱隊，亦於3月19日，到達溧水，歸還江右軍序列。這時第四師在柘塘鎮，第五師在曹村鎮，第六師在洪藍埤各附近集結。程潛原定於3月21日，開始向秼陵關、江寧鎮之線攻擊前進。

革命軍既然已對南京合圍，南京方面想作困獸斗的作為就有限了。

民國16年3月23日革命軍江右軍第二縱隊魯滌平部佔領江寧縣後，進迫中山門、光華門；第三縱隊賀耀祖部佔領將軍山、牛首山、幕府山，向通濟門、武定門進擊；第一縱隊程潛部擊破大小山、馬石山、西善橋一帶北洋軍，向雨花臺猛追。北洋軍狼狽向城內回竄，革命軍銜尾跟蹤，自中華門衝入南京城。其餘各縱隊於是日晚亦分別進入城內，北洋軍未再抵抗，紛紛逃散，一部由下關搶渡，竄回浦口，革命軍遂完全佔領南京城。何應欽於同日到達上塘鎮後，其先頭部隊，亦已抵棲霞街、東流鎮之線，得悉南京已被攻下，即令第六縱隊，在湯水鎮附近待命。第五縱隊在無錫、江陰待命；自率第四縱隊，於3月25日進駐南京。

孫傳芳曾誇口說革命軍越過湖北和江西，戰線拉長後兵力分散，他以逸待勞，可以予革命軍迎頭痛擊，想不到一敗於江西，再敗於福建，三敗於浙江，四敗於安徽，五敗於江蘇，他的五省聯軍完全不是革命軍的敵手，比起吳佩孚來更是不堪一擊。吳佩孚的部隊在武昌還打了一場硬戰，孫傳芳的軍隊則一敗再敗。

南京後來成為國民政府的首都。事實上南京是歷史上的一個古城，三國時吳國建都於此，以後東晉和南朝的宋齊梁陳都建都於此，前後共六個朝代，五代時的南唐和明代太祖一朝也建都於此。民國元年曾以南京為臨時政府所在地，後來因為袁世凱繼任臨時大總統，不願離