乃悉收省署新軍歸督軍署，孫中山對桂系的行動至為憤激，派程璧光、胡漢民、汪精衛力爭，和陸榮廷再三商洽，陸始將陳炳焜調職，以莫榮新繼任粵督，答允改省署親軍廿營為海軍陸戰隊，由陳炯明率之入閩，這批軍隊雖號稱廿營，實數只四五千人。就是日後的粵軍。

6年12月2日，孫中山任命陳炯明為援閩粵軍總司令，鄧鏗和許崇智為副司令。

粵軍出師後，不久即克復龍巖、漳州、汀州各屬，閩南閩西盡入護法範圍。海軍的海圻、永豐、同安、豫章、福安五艦亦於12月7日黎明向潮汕進發。海陸兩軍同時入閩，前途大有展望，不料龍濟光突在海南島宣佈就兩廣巡閱使，派軍數千由瓊島潛渡登陸，深入粵境，海軍乃回師救援，援閩的軍事行動遂告膠著。

7年2月13日，孫中山因陳炯明率粵軍進駐汕頭，遲徊不進，曾函促其攻閩以回邊防。

此後，廣東的軍政府內部問題重重，四分五裂，陳炯明的粵軍在閩粵邊境上不戰不進不退，只求坐大，孫中山原擬以這支粵軍為革命基本武力，結果只是造成了陳炯明的個人勢力。

7年2月26日，軍政府海軍總長程璧光被刺，這是軍政府內鬥最激烈的一幕。

孫中山要建立一支革命的武力，以完成削平南北軍伐，建立真正自由民主的中國，這個願望是在孫於民國6年到廣州組織護法軍政府時才確立的，可是當時孫身邊沒有這樣一個人才，如胡漢民、汪兆銘、戴傳賢、居正等都不是這樣人才，朱執信雖有冒險犯難的勇毅，可是對於軍隊的整訓和組織，又不是專長，於是孫中山在幾經考慮後，想到了蔣中正，蔣這時正在上海，孫於7年3月2日電召蔣，5日蔣由滬抵穗，一連數日與孫密商，孫懇切希望蔣留粵，先從整理粵軍著手，11日蔣奉命遄赴汕頭，晤陳炯明、鄧鏗，15日就任粵軍總司令部作戰科主任職。

這時候，日本頭山滿和犬養毅函請，孫中山赴日一行，孫因非常國會已定6月開會，所以萬難離粵，特派朱執信前往，面告護法戰爭之目的在於恢復國會。

護法政府內部危機重重，主要是桂系和政學系結合起來排除孫的大元帥職。5月4日廣州非常國會開會，出席議員80餘人，贊成改組軍政府案的佔40餘人，多數透過，於是孫中山命居正將大元帥辭職諮文送交議會，並通電辭職。5月20日非常國會選出孫中山、岑春煊、陸榮廷、唐繼堯、唐紹儀、伍廷芳、林葆懌為軍政府七總裁。

5月21日孫中山告別粵中父老昆弟，表示臨別惓惓之忱，並勉以負救國及整治鄉邦之責，培養民力，增進民智，扶持風俗，發展自治，採人所長，去我所短。隨後即偕胡漢民等，離廣州赴汕頭至三河壩。蔣中正趨迓於江干，睹孫形容憔悴，不覺悽然淚下，因即侍孫赴三河壩，長談至午夜，孫中山留三河壩數日，與陳炯明會晤，並巡視陳部攻閩戰線，力勸陳冒險前進，陳不置可否。6月1日孫赴汕頭粵軍司令部對於軍略及編制，詳細指示，下午搭乘大阪商輪蘇州丸啟行，粵軍司令部遣衛隊和軍樂隊在碼頭恭送，蔣照拂一切。孫中山取道臺北至日本，25日返上海，27日由上海馳電陳炯明並轉蔣，電雲：

“汕頭陳總司令鑑：並轉介石兄鑑：聞張懷芝率大兵已到贛，不日恐有攻粵之事，又聞北兵二千餘，由海道至汕，登陸援龍（指龍濟光），李厚基在閩兵力，日日增加。……現已在三面包圍之中，地位極為危險，此時敢冒險進攻則生，不冒險則必致坐困，以攻為守，則士氣壯，響應多，敵膽寒，一進必收奇效。否則士氣日喪，響應日微，敵膽日壯，而我以可勝不可散之兵，據能戰而不能退之地，必無倖免也，諸兄其速圖之！”

8月30日援閩粵軍進克漳州，即將總司令部移駐漳州鎮守署使。

蔣因為粵軍無所作為，孫中山又留滬未返，所以也請假去上海。

9月1日許崇智在前方督戰，由各將領公推為前敵總指揮兼第二軍軍長。李炳榮、熊略、羅紹雄、鄧本殷諸部皆歸節制。4日蔣謁孫中山請訓，因奉命返粵，5日偕邵元衝啟程，13日抵汕頭晤粵軍參謀長鄧鏗，18日抵漳州總部，晤陳炯明後，檢閱各方戰況報告，計劃進攻同安，猛擊北軍。

12月13日孫中山函許崇智和蔣中正，囑固守觀變，勿萌退意，認為須保守固有地盤，維持固有武力，以為應機觀變之用。

此後國內變化甚大，民國8年6月29日孫中山函陳炯明，促其自福建回師廣東。孫認為粵軍此時在閩不特四面受敵，孤立無援，且給敵人造機會。故欲求今後的