同日非常國會通告全國，孫中山當選為非常大總統，文曰：

“外交迫切，內亂迭起，北京政府已自承認非法，取消其偽政府資格，中華民國對內對外，皆不可不成立正式政府，特於本日在廣州開國會非常會議，議決中華民國政府組織大綱，並依大綱第二條條文，大總統由國會非常會議選舉之，以得過投票總數之半者為當選，於本日選出孫文為中華民國大總統，特此奉聞。”

當非常國會準備選舉總統時，4月4日粵軍將領舉行秘密會議，擬即通電反對總統的選舉。陳炯明一方面避免直接出面反對，另一方面卻慫恿湖南方面正式反對，正好碰上湖南總司令兼省長趙恆惕對選舉非常總統持不同看法，因此湖南就成為反對的主力。8日湖南教育會、農會、工會聯名發表庚電，反對選舉總統。9日趙恆惕在致廣州參眾兩院的青電中宣告不承認非法選出的總統。10日以趙為首的湘軍旅長以上軍官聯名向孫中山陳辭，電雲：

“我公盡瘁民國，功高望重，將來合法政府成立，元首一席，定為輿論推崇，此項違法選舉，萬懇嚴詞拒絕，切勿輕就，以維法紀，而定人心。”

10年5月5日孫中山在廣州就任非常大總統，於是軍政府撤銷。廣州市民數十萬人，舉行盛大而熱烈的慶祝會。上午8時由國會議長林森持國會當選證書赴總統府向孫呈遞，9時半在國會禮場舉行授印典禮，由林森議長擔任主席，孫宣誓後，主席以大總統印綬付予孫，然後向孫致詞：

“改轍易軌，為求治常經，達變通權，尤匡時急務。同人等鑑於軍政府之組織，權責不專，遇事瞻顧，至大亂未平，而國本先渙，乃謀徹底之改造制定中華民國組織大綱，選公為大總統，畀以戡亂建設之全權，期早統一民國，再造共和；妥協邦交，實成法治。謀社會幸福，靳永久和平。民國前途，胥公是