、張宗昌、褚玉璞在天津召集會議，和戰主張未能一致，潘鴻鈞最激烈，仍主相博，欲造成第二次濟南慘案之重演，在天津、河北一帶，挖壕築壘，配置隊伍，藉此向商家勒索餉糈；張宗昌亦致函各國領事，謂大軍絕食，要求設法，一時形勢極為緊張，人心皇皇，各國僑民更無安全保障。

6月4日，奉軍既陸續退出北京，國民政府即行任命閻錫山為京、津衛戍總司令，並促早日蒞任，維持治安，北京治安維持會及中外人民，均盼閻錫山即日赴京，信使不絕於途。

6月6日上午9時，鮑毓麟旅退出，革命軍孫楚部於10時許在民眾歡呼聲中入城，商震率部隨後繼至，閻錫山亦於6月8日在保定就職後，於6月11日偕同第四集團軍前敵總指揮白崇禧進入北京，主持善後事宜，軍閥盤據之北京，這時才完全入於革命軍之手。北京之舊稱，亦遵政府明令正名北平，直隸省改稱河北省。

北平方面雖幸告息兵，天津則尚多顧慮；閻錫山乃呈請政府任命張蔭梧為北平警備司令，傅作義為天津警備司令，接洽收編徐源泉、鄭俊彥、李寶章等部。天津於北京和平收復時，尚在張宗昌手中，張部與孫傳芳、褚玉璞各軍，由於滄州以北各地為革命軍第一、第二集團軍壓迫，節節後退，集中天津及津東各地，兵力頗眾，張欲以此作最後之掙扎，但已是強弩之末，無能為力了；而齊燮元及安福系吳光新等，又欲乘機以款收買這些殘軍，別圖活動。所以天津形勢，頗為紛亂，幸軍閥敗軍中有覺悟者如徐源泉等均棄暗投明，張宗昌聞各部隊投誠革命軍，極形憤怒，欲有所對付，當時革命軍天津警備司令傅作義與南桂馨出面活動，迫張宗昌、孫傳芳、褚玉璞等離開天津，實行收編各部為暫編軍，孫傳芳乃隻身逃奔關外，張宗昌、褚玉璞則率領一部分殘軍退守津東。

蔣中正對北方大局的收拾，重要的有兩點：一是北平、天津交閻錫山負責，二是聽任奉軍和平出關。馮玉祥對這兩點不贊同，曾向蔣中正提出相反的意見。馮部韓復榘軍則不受約束，於6月6日擅自開入南苑，並將維持北平治安最後退出之奉軍鮑毓麟旅強迫繳械，因此引起外交團多數人士的不滿。

蔣中正宣佈實踐其1月間復職時的宣言，北伐完成即引退，於6月11日向國民黨中央提出辭呈，準備告退。閻錫山、李宗仁、白崇禧等高階將領均紛電促請以大局為重，繼續領導全國，並懇從速北上。

17年6月14日國民黨中央執行委員會決議推蔣中正赴北平祭告孫中山，並視察一切，借便恭移孫中山遺櫬來南京安葬。蔣中正以北方問題甚多不便堅拒，遂打消辭意。國民黨中央又推閻錫山、李宗仁，參與祭告典禮。蔣中正遂於6月26日偕吳敬恆等由南京繞道河口邀李宗仁同車北上，過鄭州時馮玉祥由新鄉來迎，車抵長辛店，閻錫山已先在，乃於7月3日偕閻錫山赴北平。

17年7月6日上午8時，蔣中正在香山碧雲寺孫中山靈前舉行北伐完成之祭告典禮，馮玉祥亦趕到參加，閻錫山、李宗仁、蔣作賓、何成浚、朱培德、白崇禧、陳調元、方鼎英、方振武、魏益三均參與典禮。北伐是孫中山最後的願望，可是北伐完成了，孫中山卻不能親見。

蔣中正祭告孫中山文如下：

“維中華民國十七年七月六日，國民革命軍既奠北平，弟子蔣中正謹詣西山碧雲寺，致祭於我總理孫先生之靈曰：溯自我總理溘逝，於今已三年餘矣。中正昔侍總理親承提命之殷，寄以非常之任，教誨拳拳，所以期望於中正者，原在造成革命之武力，剷除革命之障礙，以早脫人民於水火，乃荏苒歲時，迄於今日，始得克復舊都，謁展遺體，俯首靈堂不自知百感之紛集也，方總理哀耗抵粵之時，正中正剷除陳逆駐軍興寧之日，追憶總理‘政綱精神不在領袖’之遺言，不啻對我同志永訣之暗示。中正服務在軍，病不能親藥餌，歿不及親殯殮。惟我父師，不可得復，戒衣雪涕，疚憾何盡？自茲以還，唯以繼志述事，痛自策勉，恪遵全部之遺教，益為革命而戮力，三年之間，本黨基礎瀕於危亡者，先後五次，革命勢力幾於覆敗者，凡十五次，而軍事危機尚不與焉。每當艱危困厄之來，中正唯一秉遺教、追隨先進，勉圖靖獻，盤根錯節，更歷已多，洎乎本年中央第四次全會，方克安渡艱難，重現團結。回憶曩時同志在紛歧離析之中，與主義之遭晦冥否塞之會，若非總理有灼然昭垂之遺教，將不知何術以復歸於共同？至若橫逆之紛然而來，毀謗之無端而集，若非總理有存敗不計，與各用所長之寶訓，亦幾不能力排艱難，奮鬥以迄於今日。茲當肅祭靈前，懷過去則撫創而思痛，念