別圖發展為上策。

孫接納了大家的建議，決定離開廣東去上海。派人通知各國領事。原訂計劃是乘搭商輪，但英國領事表示可派炮艦摩漢號護送去香港，乃改乘英艦。

8月9日下午3時45分，孫中山率蔣中正、陳策、黃惠龍等由永豐艦登英炮艦摩漢號，艦隊善後事宜委託秘書林直勉、參軍李章達代辦，加發所有官兵一月薪餉。

孫中山在英炮艦上與幕僚人員講述外交上應取的態度。當日下午4時摩漢號由廣州啟航，7時出虎門要塞。孫對左右感慨地說：“真沒有想到我和各位能夠脫險，還能到今天。今後只要一息尚存，此志不懈，民國責任仍在吾人身上，不可輕棄以負初心。”這天晚上孫意氣自若，與幕僚縱談時局至深夜2時才就寢。

8月10日上午6時抵香港，即轉搭俄國皇后號郵船去上海，香港政府派員照料一切。留港的國民黨員古應芬、謝持、汪兆銘、劉紀文等都登輪晉謁。正午12時郵船由香港啟碇出口駛滬。在郵船上孫中山曾糾正外人對廣州事變的影響，因外傳陳炯明叛變為“革命”，孫說：“革命與叛逆之名相反，革命為一莊嚴寶貴之名詞，革命有革命之主義，革命之精神與道德，法國革命之主義在自由，美國革命之主義在獨立，中國之革命在求實行三民主義。陳炯明此次叛亂，縱兵擾民，為禍國家，恰與革命之精神與道德成一反比例，而其主義則在盤踞與割據以逞一己之私，這不是革命而是叛逆。叛臣賊子，人人得而誅之，不能任其魚目混珠也。”

8月14日上午，俄國皇后號郵輪駛抵上海，孫中山在吳淞登陸，上海各團體代表鵠候岸邊歡迎者約數千人，極為熱烈。下午孫即召集同志討論國會與時局各問題。

15日孫中山發表護法宣言，全文如下：

“六年以來，國內戰爭，為護法與非法之爭。文不忍艱難創造之民國，隳於非法者之手，倡率同志，奮鬥不息。中間變故迭起，護法事業，蹉跎數載，未有成就，而民國政府，遂以虛懸。國會知非行權無以濟變，故開非常會議，以建立政府之大任，屬之於文。文為貫徹護法計，受而不辭。就職以來，激勵將士，出師北向，以與非法者戰。最近數月，贛中告捷，軍勢遠振，而北軍將士，復於此時為尊重護法之表示，文以為北軍將士有此表示，則可使分崩離析之局，歸於統一，故有六月六日之宣言，願與北軍將士提攜，以謀統一之進行。不圖六月十六日，護法首都，突遭兵變，政府毀於炮火，國會遂以流離，出征諸軍，遠在贛中，文僅率軍艦，倉卒應變，而陸地為變兵所據，四面環攻，益以炮壘水雷，進襲不已。文受國會付託之重，護法責任，繫於一身，決不屈暴力，以失所守。故冒險犯難，孤力堅持，至於兩月之久，變兵卒不得逞。而軍艦力竭，株守省河，於事無濟，故以靖亂之任，付之各處援師，而自來上海，與國人共謀統一之進行。回念兩月以來，文武將佐，相從患難，死傷枕藉。故外交總長伍廷芳，為國元老，憂勞之餘，竟以身殉，尤深愴惻！文之不德，統馭無方，以至變生肘腋，咎無可辭。自兵變以後，已不能行使職權，當向國會辭職，而國會流離顛沛之餘，未能集會，無從提出。至於此次兵變，文實不知其所由起。據兵變主謀陳炯明及諸從亂者所稱說，其辭皆支離不可究詰。謂護法告成，文當下野耶？六月六日文對於統一計劃，已有宣言，為天下所共見。文受國會付託之重，雖北軍將士有尊重護法之表示，猶必當審察其是非與誠偽，為國家謀長治久安之道，豈有率爾棄職而去之理？陳炯明於政府中為內務總長，陸軍總長，至兵變時，猶為陸軍總長，果有請文下野之意，何妨建議，建議無效，與文脫離，猶將諒之。乃兵變以前，默無所言，事後始為此說，其為飾詞，肺肝如見。按當日事實，陳炯明於六月十五日，已出次石龍，嗾使第二師於昏夜發難，槍擊不已，繼以發炮，繼以縱火，務使政府成為煨燼，而置文於死地。蓋第二師士兵，皆為湘籍，其所深疾，果使謀殺事成，即將歸罪，以自掩其謀，而兼去其患。乃文能出險，不如所期。始造為請文下野之言。觀其於文在軍艦時，所上手書，稱大總統如故，可證其欲蓋彌彰已！謂陳炯明以免職而修怨，葉舉等以飭回防地而謀生變耶？無論以怨望而謀不軌、皆為法所不容，即以事實言之，文於昨年十月，率師次於桂林，屬陳炯明以後方接濟之任。陳炯明不惟斷絕接濟，且從而阻撓。文待至四月之杪，始不得已改道出師，於陳炯明呈請辭職之時，猶念其前勞，不忍暴其罪狀，仍留陸軍總長之任，慰勉有加，待之豈雲過苛？葉舉等所部，已指定肇、陽、羅、高、雷、欽、廉，梧