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漢陽失陷後，黃興退到武昌，軍政府即召開軍事會議，黎元洪主席，請黃報告漢陽戰役經過。黃即席演說，對漢陽失敗的原因未能詳述，但對於未來軍事演變，則認為漢口和漢陽已失，武昌難以固守，主張率領鄂湘兩軍前往攻取南京。黃的主張被軍政府多數人反對，參謀範騰霄憤然說：“漢陽既已不守，武昌又擬放棄，試問還有什麼能力可以攻取南京，如果湘鄂兩軍尚可用，則武昌當然可守。”他的話一講完被大家熱烈鼓掌，死守武昌的提議便成為這次會議的決定。其時黎元洪因都督府被炮轟，所以遷往城外卓刀泉辦公。黃興在會議結束後，即偕李書誠、湯化龍、胡瑞霖、陳登山和黃中塏等乘輪去上海。武昌方面決定重行佈置兵力死守，以鄧玉麟、何錫蕃兩協警備武昌，羅洪昇一協守大君山，劉佐龍一協守小君山，王錫齡一營守京口，陳龍章的敢死隊守磁基山，標統張廷輔、謝流芳、張傑夫等殘部守白沙洲、標統劉廷璧、管帶李忠義等守青山。

十月初八日，即清軍攻克漢陽的第二天，清政府以二等男爵授給馮國璋。

漢陽之敗，對革命軍是一個大打擊。可是幾天後蘇、浙、滬聯軍攻克南京，使革命活動又見蓬勃。獨立各省在上海的代表，認為武昌已在危險中，革命事業必須擴大，乃於十四日集議，決定南京為臨時政府所在地，選舉黃興為大元帥，黎元洪為副元帥，即以大元帥組織中華民國政府。這一時期的武昌已經轉危為安，倒不是因為武昌有力量固守，而是袁世凱並不想徹底打垮革命勢力，幕後原因是獨立各省的代表曾於十月十三日開會，透過雷奮、馬君武、王正廷所起草的臨時政府組織大綱二十一條，且有一個秘密決議，就是倘若袁世凱反正，則公舉袁世凱為中華民國臨時大總統。袁亦聽到這個訊息，所以在北洋軍可以一鼓作氣渡江攻下武昌時，突然煞車，並派代表至武昌談和。

武昌和上海兩大革命中心在一開始便發生意見，黃興對於上海方面同志推他為大元帥非常謙讓，一再懇辭。隨後的折衷意見是於十月二十七日重新改選，推黎元洪為大元帥，黃興為副元帥，黎因駐節武昌，不能前往南京，故由黃興以副元帥身份代行大元帥職務。

黎、黃之間不一定有芥蒂，但武昌方面的革命集團與上海方面的革命集團，彼此是有意見的，這是早期革命時的不幸事件，也是袁世凱得以利用的大好機會。

廿六、南京光復

革命軍九月十二日失去了漢口，十四日就得了比漢口更重要的上海，接著十五日浙江全省獨立，十六日光復蘇州，十月七日漢陽撤退後，十二日就攻克了南京，使革命勢力並未減弱，反而蓬勃。南京攻擊戰是一場硬仗，戰鬥經過有一段曲折而複雜的過程。

當時在南京的，有兩江總督張人駿，江寧將軍鐵良，他們所恃的武力，是江南提督兼欽差江防大臣張勳的部隊。張勳在南京城內一枝園設立大本營，用極慘酷的手段鎮壓南京人民，一枝園、浮橋一帶軍警林立、殺氣騰騰，行人卻步，凡是剪了辮子的人，被捕、被殺，不計其數，沒有頭髮的人頭高懸在大行宮、花牌樓一帶，整個南京變成了恐怖世界。

南京城外雨花臺、馬神廟、秣陵關一帶是徐紹禎的防區。徐是新軍第九鎮統制兼江北提督，他和張勳曾為了革命問題幾乎動了武。徐主張參加革命，張反對，於是徐便單獨到上海投奔革命陣營，並在上海籌組蘇、浙、滬聯軍，進攻南京，推舉徐為聯軍總司令，于右任為秘書長，孫毓筠為副秘書長。下轄：寧軍司令柏文蔚、鎮軍司令林述慶、蘇軍司令劉之潔、滬軍司令洪承典、浙軍司令朱瑞、淞軍司令黎天才、滬軍先鋒隊司令丁懷瑾等。聯軍總部設於鎮江洋務局。

十月初三日聯軍與張勳部隊戰於孝陵衛，張軍敗北。初五日淞軍黎天才部攻佔烏龍幕府兩山，浙軍朱瑞部同時佔據馬群附近要隘，攻佔孝陵衛。

此次戰役，同盟會員丁懷瑾（號石生）有《辛亥光復滬寧記》，記載其事，茲錄於後：

辛亥秋，餘自日本偕同志返滬濱，組織敢死隊，寧波留日同學胡以魯（號仰曾）贈詞以壯行色，茲錄其詞及序：石生先生組決死隊回國，參與光復重任，奉此詞以壯行，並同隊諸志士，仰曾敬贈，詞曰：秋風肅肅送君新橋（日本東京車站之名），行矣哉故國非遙，恢復中華在崇朝，行矣哉氣爽秋高，落紅不是無情物，為國