託與滇軍有歷史的李根源督辦北江防務。李烈鈞和李根源同是士官同學，又在護國之役並肩作戰，可是這時卻為了滇軍領導權發生了磨擦。

直系和桂系勾結時，直系要求桂系取消自主，解散軍政府和非常國會，桂系沒有完全照直系的要求做，是因為自身也有困難　，一方面北方主戰派還叫囂討伐，不能自亂陣容：一方面國民黨也有武力，尤其是海軍，因此投鼠忌器。不過桂系並不擁護國民黨，而是暗中勾結西南各省的實力派，組織“護法各省聯合會”，以拆護法軍政府的臺。

桂系的騎牆手段，讓孫中山大為憤怒，因此亦積極充實國民黨的實力，爭取廣東地方派軍人為同盟軍，派人到各縣招收民軍以擴充自己實力。廣東督軍莫榮新通令各縣，要把孫所委派的招兵委員當做土匪就地槍決，單是增城一縣就有69名招兵委員被殺。孫痛感兩廣軍閥太沒有革命觀念，因此想帶兵到福建另謀發展，但桂系又不肯給予物資支援。12月下旬又有兩個招兵委員在廣州被捕，孫寫信給莫榮新要求保釋，莫竟連信都不回就把兩人槍決了，這使得孫忍無可忍。

民國7年1月3日，孫中山以大元帥名義密令海軍、滇軍和地方軍人舉行一次軍事突襲，以推翻桂系在廣東的統治。海軍豫章、同安兩艦接到命令後，按照指定時間開出廣州，向觀音山發炮作為起事訊號。炮彈打到觀音山，廣東督軍莫榮新急忙傳令熄滅燈火，避免目標暴露，同時不許開炮還擊，並打電話到海琛艦的海軍總長辦�