派掌握中，力量就大了。與馮玉祥發表寒電的同時，鄂皖邊境和霍山、六安一帶出現了安徽討逆軍，釋出討倪檄文，公推陸建章為討逆軍總司令。倪嗣沖倉皇調兵自衛，並且電請北京政府下令罷免李純，討伐馮玉祥。

然而馮玉祥和陸建章的行動，竟未能夠得到長江三督的響應，因此孤立無援，主戰派大聲疾呼要懲辦他，王士珍則像個老僧入定，絕不開口。

7年2月25日北京政府下令免馮玉祥旅長職，交曹錕查辦，以該旅團長董世祿代理旅長。馮玉祥電張懷芝願戴罪圖功。馮旅全體官兵亦於3月1日電請北京政府收回撤換旅長的成命，電雲：

“六年四月一日我旅長罵傅良佐辦事不公被免職，討逆時始得復職。……此次調兵，楊書記道沫在浦口阻止出發，於二月二日投江死。……寧與旅長同死，不願任其獨去　，如不獲請，請將我官兵九千五百十三人一律槍斃，以謝天下。”

段祺瑞對於馮玉祥突然主和極為震動，因此把一切憤怒都集中到馮國璋身上，決心要搞一次軍事政變以驅馮下臺。可是由於皖系的兵力都調赴南方，所以手中沒有足夠的兵力來支援他的計劃，因此便派其親信智囊徐樹錚，以“接洽國防”為藉口，前赴東北找張作霖，說動張作霖調派他的奉軍入關，來執行驅馮計劃。

張作霖雖然綠林出身，但他早有大志，他在關外擁兵自重，就是等待機會問鼎中原。段向他求援，他慨然應允，立即揮兵入關。奉軍入關訊息傳出後，最感不安的當然是馮國璋了，奉天是在北京後方，朝發夕至，說來就來。早在袁世凱時代對關外力量就刮目相看，極力懷柔。馮國璋不由想到一年前張勳率辮子軍入京後，黎元洪就被逐下臺，現在奉軍入關，可能舊戲重演。他是個無兵無權的總統，在北京身不由己，他預感自己隨時可能被逐或被軟禁，因此他盤算三十六計，仍以走為上計，暗中佈置第二次“南巡”，打算由京漢路南下到湖北，可是段系的人怎會放虎歸山。當然不讓他離開北京城。

不過，段祺瑞召集他的親信舉行秘密會議後，大家又把軍事政權改為軍事威脅，使馮旦夕感受威脅而不立即驅逐他。

同時計劃早日召集新國會以便提早改選總統。

2月17日，馮國璋被迫公佈了臨時參議院所修正的國會組織法與兩院議員選舉法，18日命令內務部籌備新國會的選舉。

段系同時發動倒閣，王士珍正企望辭職，正好乘此下臺，提出辭呈後即不到院辦公。2月20日馮國璋勉強地派內務總長錢能訓代理內閣總理。

2月24日京奉路火車被奉軍扣留運兵。25日奉軍第廿七師第五十三旅關到灤州，奉天軍署參謀長楊宇霆帶兵到秦皇島，把日本政府根據中日軍械借款協定第一批運到的步槍27000餘隻劫走。訊息傳到北京，馮國璋和段祺瑞，同感震驚；尤其是段祺瑞向日本借款購買的這批軍械是為了訓練自己嫡系部隊“參戰軍”的，如今卻被奉軍捷足先登，怎不大傷腦筋。26日段電張作霖請“原物交還”，運來北京。張也在同一天發出通電，說他早已佈置南征，因缺乏軍火，所以未便開拔，現在未經呈報即提去軍火，因怕往返請示費時，所以不得已先留用後呈報。27日他答覆段說：

“此次奉天請領軍械，系奉元首討伐明令，整飭軍隊，為政府之後盾。所練軍隊，無論對內對外，均屬擁護中央，一旦編練成軍，悉聽政府驅策，運京留奉，宗旨無殊。蓋全軍均屬國家，尚何器械之足計？”

張作霖並不是擅自劫取軍火，因為他並不知道這批軍火抵達秦皇島。那麼是誰暗示張作霖的呢？原來卻是徐樹錚，小徐奉命到關外召奉軍入京，他知道如不許以重利，張作霖不會奉召的，而事實上奉軍不入關，北京局勢不會一面倒向皖系，可是段為人剛愎，事先如果向他請示，他一定不許，唯有用行動先做了再說。他做過陸軍部次長，知道購買日本軍火的詳情，同時在他交卸次長職以前，曾留下好幾張蓋了印信關防的陸軍部空白公文紙，因此他用劫取這批軍火作為交換條件換張作霖派兵入關，奉軍即是持小徐發給的假陸軍部證件去劫取這批軍火的。

由於奉軍迅速入關，使馮玉祥進攻安徽的“奇兵計劃”無法實現。北京政府前此撤換馮玉祥旅長的命令，馮曾以全體官兵同旅長共進退為威脅，這時情勢也迫得他低頭了。倪嗣沖請北京政府迅電曹錕派兵夾擊馮旅，以弭長江巨患，並且控訴馮抗不交代，又於武穴上下游加兵扼堵，暗中與蘇督往返密商軍略，足見野心不悛，受人指使。但是曹錕不肯派兵，所以倪嗣沖也不敢單獨進攻