八月中旬，劉部進抵江陰，將城池四面包圍，設牛皮帳攻城東北角，義民索巨石投下，清兵數百人皆死，劉良佐隨只得暫且移營十方庵，令士卒壓著庵內僧侶，到江陰城外跪泣，陳說利害，勸說義民投降，但城內眾人皆不聽。

劉良佐無奈，只得再次發兵攻城，但陳、閻二公守城得法，進攻屢屢受挫，劉良佐隨讓人將勸降書信射入城中，甚至親自策馬來到城下勸降，曰：弘光已北，江南皆下。若足下轉禍為福，爵位豈在良佐下，何自苦如此？”

閻應元從容道：“江陰士民，三百年來食毛踐土，深戴國恩，不忍望風降附。應元是大明典史，深知大義所在，絕不服事二君。將軍位為侯伯，掌握重兵，進不能恢復中原，退不能保障江左，有何面目見我江東忠義士民耶？”

良佐慚愧不已，又以清廷召諭相示，勸江陰士民接受招安。

應元怒道：“有降將軍，無降典史。”一聲梆響，火箭齊發，良佐連跨三四馬逸去，嘆息道：“江陰人沒救矣！”

劉良佐屢攻不下，卻惱了多鐸，他認為劉良佐不盡全力，與是派遣恭順王孔有德，率兵協助攻城。

江陰城上，陳、閻二公，每日坐臥，皆在城上，與義民共甘苦，有戰則當先，對受傷之義民，好言安撫，親自照料，民瀕死而無恨也。

如此，江陰士民，人人用命，清兵只能望城興嘆。

九月，清廷貝勒博洛、尼堪擊敗吳淞義軍，率馬、步二十餘萬盡來江陰，將義師首領吳淞總兵吳志葵、鎮南伯黃蜚縛於十方庵，命作書招降。