９４年，朱熹在再三推辭而未果後終於受了湖南安撫使的職位再度來長沙。要麼不來，既然來到長沙做官就一定要把舊遊之地嶽麓書院振興起來，這時離他與張栻“挽袂”、“聯床”已整整隔了二十七年，兩位青年俊才不見了，只剩下一個六十餘歲的老人。但是今天的他，德高望重又有職權，有足夠的實力把教育事業按照自己的心意整治一番，為全國樹一個榜樣。他把到長沙之前就一直在心中盤算的擴建嶽麓書院的計劃付諸實施，聘請了自己滿意的人來具體負責書院事務，擴充招生名額，為書院置學田五十頃，並參照自己早年為廬山白鹿洞書院制訂的學規頒發了《朱子書院教條》。如此有力的措施接二連三地下來，嶽麓書院重又顯現出一派繁榮。朱熹白天忙於官務，夜間則渡江過來講課討論，回答學生提問，從不厭倦。他與學生間的問答由學生回憶筆記，後來也成為學術領域的重要著作。被朱熹的學問和聲望所吸引，當時嶽麓書院已雲集學者千餘人，朱熹開講的時候，每次都到“生徒雲集，坐不能容”的地步　。

每當我翻閱到這樣的一些史料時總是面有喜色，覺得中華民族在本性上還有崇尚高層次文化教育的一面，中國歷史在戰亂和權術的旋渦中還有高潔典雅的篇章。

只不過，保護這些篇章要拼耗巨大的人格力量。就拿書院來說吧，改朝換代的戰火會把它焚燬，山長的去世、主講的空缺會使它懈弛，經濟上的入不敷出會使它困頓，社會風氣的誘導會使它變質，有時甚至遠在天邊的朝廷也會給它帶來意想不到的災難。朝廷對於高層次的學術文化教育始終抱著一種矛盾心理，有時會真心誠意的褒獎、賞賜、題匾，有時又會懷疑這一事業中是否會有智力過高的知識分子“學術偏頗，志行邪偽”，“倡其邪說，廣收無賴”，最終構成政治上的威脅，因此，歷史上也不止一次地出現過由朝廷明令“毀天下書院”、“書院立命拆去”的事情（參見《野獲編》、《皇明大政紀》等資料）。

這類風波，當然都會落在那些學者教育家頭上，讓他們短暫的生命去活生生地承受。說到底，風波總會過去，教育不會滅亡，但就具體的個人來說，置身其間是需要有超人的意志才能支橕住的。譬如朱熹，我們前面已經簡單描述了他以六十餘歲高齡重振嶽麓書院時的無限風光，但實際上，他在此前此後一直蒙受著常人難以忍受的誣陷和攻擊，他的講席前聽者如雲，而他的內心則積貯著無法傾吐的苦水。

大約在他重返長沙前的十年左右時間內，他一直被朝廷的高官們攻擊為不學無術、欺世盜名、攜門人而妄自推尊、實為亂人之首、宜擯斥勿用之人。幸好有擔任太常博士的另一位大哲學家葉適出來說話。葉適與朱熹並不是一個學派，互相間觀點甚至還很對立，但他知道朱熹的學術品格，在皇帝面前大聲責斥那些誣陷朱熹的高官們“遊辭無實，讒言橫生，善良受害，無所不有”，才使朱熹還有可能到長沙來做官興學。朱熹在長沙任內忍辱負重地大興嶽麓書院的舉動沒有逃過誣陷者們的注意，就在朱熹到長沙的第二年，他向學生們講授的理學已被朝廷某些人宣判為“偽學”；再過一年，朱熹被免職，他的學生也遭逮捕，有一個叫餘嘉的人甚至上奏皇帝要求處死朱熹：　梟首朝市，號令開下，庶偽學可絕，偽徒可消，而悖逆有所警。不然，作孽日新，禍且不測，臣恐朝廷之懮方大矣。

又過一年，“偽學”進一步升格為“逆黨”，並把朱熹的學生和追隨者都記入“偽學逆黨籍”，多方拘捕。朱熹雖然沒有被殺，但著作被禁，罪名深重，成天看著自己的學生和朋友一個個地因自己而受到迫害，心裡實在不是味道。但是，他還是以一個教育家的獨特態度來面對這一切。例如１１９７年官府即將拘捕他的得意門生蔡元定的前夕，他聞訊後當即召集一百餘名學生為蔡元定餞行，席間有的學生難過得哭起來了，而蔡元定卻從容鎮定，為自己敬愛的老師和他的學說去受罪，無怨無悔。朱熹看到蔡元定的這種神態很是感動，席後對蔡元定說，我已老邁，今後也許難得與你見面了，今天晚上與我住在一起吧。這天晚上，師生倆在一起竟然沒有談分別的事，而是通宵校訂了《參同契》一書，直到東方發白。蔡元定被官府拘捕後杖枷三千里流放，歷盡千難萬苦，死於道州。一路上，他始終記著那次餞行，那個通宵。世間每個人都會死在不同的身份上，卻很少有人像蔡元定，以一個地地道道的學生身份，踏上生命的最後跑道。

既然學生死得像個學生，那麼教師也就更應該死得像個教師。蔡元定死後的第二年，１１９８年，朱熹避居東陽石洞，還是沒有停止講學。有人勸他