近的鄰國，本來應當好好相處，為國際爭取和平，為人民爭取幸福，但是那時雙方的統治階級，都沒有認識這個道理。遠在北京的皇帝，高高在上，沒有貫徹保衛祖國的職責；而日本方面，無數的封建主，一邊率領虜掠成性的武士，一邊勾結中國沿海的漢奸，不斷向大陸進攻。這是當時中國和日本相處的情勢。居正也曾說到中國和日本的關係：倭奴自元以來，為中國患。元嘗以十萬人，從海徵之，舟泊其境，值海風大作，十萬人沒於海。本朝有天下，四夷君長，靡不向風，獨倭王良懷不奉朝貢，寇掠直、浙，至遣某某等募兵船以御之，沿海諸郡俱罹其苦。洪武十四年，高皇帝命禮部移書，責其國王，亦只言天道禍福之理以導之耳，終不能一加兵於其國。是以其人驕悍狡詐，謂中國無如之何。侵侮之漸，有自來也。（文集十一《雜著》）

居正看到日本底禍害，但是居正認識當時國家底敵人，還是北方的韃靼，所以在“北邊第一”的口號下面，對於倭寇，談不到根本解決，只能對於沿海督撫，尤其蘇、浙、閩、廣諸省，加以不斷的戒飭。他底計劃是用兵船巡弋近海，隨時和倭寇在海面決戰。萬曆三年，倭寇又到江浙海外黑水洋一帶了。應天巡撫宋儀望調兵船和他開戰，打了一個勝仗，居正一邊奏請加官，一邊致書獎勵，同時警戒浙江巡撫謝鵬舉。他說：近年海寇息警，人心頗懈，僕竊以為憂，故昨年擬旨申飭。賴公偉略，起而振之。今果能一戰而勝之，不俟登岸而遏之於外洋，功尤奇矣。天下事豈不貴豫哉！慰甚。彼前鋒既折，必不敢窺吳，禍當中於浙矣。（書牘七《答應天撫院宋陽山言防倭》）

浙無倭患久矣，一旦聯舟突犯，必有勾引之好。且地方安恬日久，驟尋干戈，恐無以待寇，幸折以忠義，鼓以賞罰，悉力一創之，庶將來不敢再窺。亟剿此寇，然後徐究其禍本而除之，可也。浙人鹹雲：“謝公非用武之才，恐不能了此事。”僕日，“不然，謝公沈毅有遠慮，賊不足患也。”願公勉就勳庸，以副鄙望。（同卷《答浙撫謝松屏言防倭》）

萬曆三年，居正決心整頓驛遞，這也是居正招怨的一件大事。

明代從北京到各省的交通幹線都有驛站，驛站是當時的惟一交通制度。驛站有主管官吏，有馬，有驢，有伕役；水驛有紅船，有水夫：都很完備。馬、驢從哪裡來？馬、驢來自民間。船隻從哪裡來？船隻也來自民間。馬、驢底草料，船隻底裝備，莫不來自民間。民間還要按糧出夫，馬伕、水夫當然也來自民間，自備工食，三年一輪，週而復始。除開馬伕、水夫以外，各驛還有館戶，專為過往人等，治造飯食，不許片刻稽留：當然館戶也是來自民間，自備工食。最初的時候，伕役還享到免糧的特權，從嘉靖二十七年議准以後，連這一點特權也取消，於是伕役不僅沒有權利，只有義務，而且還要供給馬、驢、紅船以及其他必要的配備。交通幹線附近的人民，實際成為國家底奴役，他們底地位，甚至落到清代的烏拉娃子以下。

對於交通幹線附近的人民，這不能不算一種虐政，但是國家如此龐大，為維持中央和各省的交通起見，在交通工具尚未發達以前，驛站制度，縱是需要合理的調整，不是沒有存在的理由。一切全看這個制度底運用。太祖時代，關於使用驛站的規定，非常嚴密，非有軍國大事，沒有使用的權利，即是公、侯、駙馬、都督奉命出差的時候，也只許隨帶從人一名。所以驛站制度雖然存在，人民的痛苦，還得到一些緩和。有一次，吉安侯陸仲亨從陝西回京，擅行使用驛站車馬，給太祖知道了，太祖痛責道：中原兵燹以後，百姓開始復業，買馬出丁，非常艱苦。倘使大家和你一樣，民間賣兒鬻女，也供給不起啊！

太祖時代究竟是老遠的過去了。以後的條例，便逐日地寬大！太祖時代，給驛條例只有六條：到嘉靖三十七年，便擴充到五十一條。五十一條的使用者，都有勘合，現代稱為護照。勘合分為五等：溫、良、恭、儉、讓。北京的勘合由兵部發出，各省的勘合由巡撫和巡按發出。填發的機關，總算還有相當的限制；但是在填發的時候，便來一個寬大的作風！兵部可以填發勘合送人，各省也可填發勘合送人。領用勘合的人，沒有繳還的限期，一張勘合，成為終身的護照，而且自己不用，還可轉贈旁人，姓名不合，更不妨洗去重填。寬大之外，還有寬大！交通幹線附近的人民，真是民不聊生。領用勘合的官員，大都既不溫良，也不恭儉，更談不到讓；勘合底五個號碼，只成為刻骨的諷刺。官員到了驛站以後，百般需索。他們要糧食，要柴炭，要酒席，要疏菜，要夫，要馬。有時在拉到夫馬以後，人民也可按照