詔群臣議戰守事宜。居正《陳六事疏》所稱“眾言盈庭，群策畢舉”者指此。這時吳時來已自橫州回朝，進工科給事中了；時來上疏薦譚綸、俞大猷、戚繼光：他主張用這三位討破倭寇的大將，練兵薊州，抵抗北方的敵人。一則時來是徐階的門生，二則譚綸等也是當日第一等的人材，這個主張終於實現了。譚綸本來總督兩廣軍務，立即召回為兵部左侍郎兼右僉都御史，總督薊遼、保定軍務。大猷老了，仍舊駐紮廣西，為廣西總兵官，沒有動。繼光召為神機營副將，隆慶二年五月，奉令總理薊州、昌平、保定三鎮練兵事，總兵官以下，悉受節制。從此譚綸、戚繼光都到北邊練兵，居正也和他們結下深切的關係。隆慶六年，居正當國，譚綸人為兵部尚書，直到萬曆五年四月病歿為止；繼光鎮守薊州十六年，也直待居正病歿以後，方才調往廣東。

譚綸就任薊遼總督以後，第一著便是練兵，疏稱：

薊昌卒不滿十萬而老弱居半，分屬諸將，散二千里間，敵聚攻，我分守，眾寡強弱不侔，故言者亟請練兵，然四難不去，兵終不可練。夫敵之長技在騎，非召募三萬人勤習車戰，不足以制敵，計三萬人月餉五十四萬，此一難也。燕趙之士銳氣盡於防邊，非募吳越習戰卒萬二千人雜教之，事必無成。臣與繼光召之可立至，議者以為不可信，任之不專，此二難也。軍事尚嚴，而燕趙士素驕，驟見軍法，必大震駭，且去京師近，流言易生，徒令忠智之士掣肘廢功，更釀他患，此三難也。我兵素未當敵，戰而勝之，彼不心服，能再破乃終身創，而忌嫉易生，欲再舉禍已先至，此四難也。以今之計，請調薊鎮、真定、大名、井陘，及督、撫標兵三萬，分為三營，令總兵、參、遊分將之，而授繼光以總理練兵之職。春秋兩防，三營兵各移近邊，至則遏之邊外，入則決死邊內，二者不效，臣無所逃罪。又練兵非旦夕可期，今秋防已近，請速調浙兵三千，以濟緩急，三年後邊軍既練，遣還。

一切的計劃都照準，一切的困難都解決，在內閣中主持的全是居正。繼光到鎮以後上疏備言練兵之害七，土卒不練之失六，雖練無益之弊四。繼光又言“臣官為創設，諸將視臣為綴疣，臣安從展布？”“綴疣”委實是“綴疣”，有了薊州、昌平、保定三個總兵，又有成繼光底總理。總理只能練兵三萬，名為總兵官受其節制，其實三鎮額兵十餘萬，總理無從節制。所以繼光底地位，正是非常困難。在困難當中，兵部尚書霍冀想到解決的方法。

假如我們認識明代的政治，我們不妨認為當時的政治中心組織，完全是二元制。中葉以後，內閣底地位，漸漸地形成為政治中心，但是名義上只是皇帝底秘書處，大學士底責任，在名義上，至多隻能“票擬”，他們對於六部，在名義上，也談不到統制。用人的大權，在吏部尚書手裡，國防的大權，在兵部尚書手裡，因此吏、兵二部，在六部中的地位特高。吏、兵兩部尚書底實權，有時在大學士之上：景帝的時候，國家大政，完全在兵部尚書于謙手裡，這是一個例項。吏、兵尚書底實權，有時完全在大學士之下，居正大權獨攬的時候，也是一個例項。但是事實上內閣和吏、兵二部，永遠在牽制和摩擦的當中。有時還能妥協，有時竟會衝突。在困難底當中，只有賦有政治才能的人，方能安穩地度過。

戚繼光底問題來了，恰巧薊遼總督譚綸對於薊州鎮總兵郭琥有不滿意的訊息，這是兵部底職權。兵部尚書霍冀看到了，事情再簡單沒有，他奏明瞭，郭琥解職，調戚繼光補薊州鎮總兵。但是事情偏不這樣簡單。郭琥是一位得力的將官，譚綸對他沒有什麼不滿意，戚繼光由節制三鎮的總理，改為一鎮的總兵，實權儘管增加，名義上只是降黜。三個人都受到委屈。兵部尚書不管，內閣中的李春芳、陳以勤也不管，調處的責任只得由居正負起。我們看到他給譚綸的幾封信，怎能不欽服他底苦心孤詣呢？

前聞道體小違和，無任懸念，今想勿藥矣。近日處分戚帥，誠出下策，然非得已也。頃會霍司馬雲，“公本欲論郭琥”，則屬者之舉，似亦與高見懸符。且事權歸一，法令易行，兵不遠索，浮議自省，假之以便宜，需之以歲月，薊鎮之事。亦未必不可振也。但以總理體面，比之鎮守為優，今既易銜，則上、下承接，自有常分，用之雖重，而禮則少損矣。昨本兵題復，慮不及此，不知公議疏中，亦可為一處否？如不可處，則於常禮之外，少加優藉以鼓舞之。（書牘一《與薊遼總督譚二華》）

戚帥以總理改總兵，誠為貶損！緣渠當僕以書相問之時，不急以此意告我，而本兵又倉卒題復，故處之未盡其宜，然及今尚可為也，望公