並目的的論證不合理，同時，兼併後的企業效益也受到很大的影響。在實際運作中，兼併重組往往帶上了指令性色彩，政府從自己的動機和判斷出發，透過行政手段硬性要求優勢企業兼併一些劣勢企業，在一定程度上促進了兼併重組的順利完成，但其弊端很大，遺留下很多問題：如延誤了企業的發展時機；不利於資源配置的最佳化；削弱了優勢企業的競爭力等後果。目前國資委強令央企併購重組的戰略動作，從表面上看是有利於經濟的宏觀全域性，但實際的可能弊端在於。違反了市場化的規律。企業的兼併與否，應該從長遠來看。例如，目前央企重組併購的基本目標是：未進入行業前三的央企將成為政府強令性併購的物件。顯然，就這個基本的大目標而言就不符合兼併交易的基本原則。有關這樣運作的結果，需要透過未來很多年的實踐來檢驗。具體來分析，政府指令下的兼併重組也許並不是因為企業發展戰略的需要。行政壟斷的因素和人為因素違背市場規律，人為規定了生產要素的流向，阻礙了市場化有企業本身作出選擇的有利於資源配置的兼併交易。就此而言，強令“優勢國營企業”併購“劣勢企業”，不但加重了優勢企業的負擔，削弱了企業的競爭力。

還有，我國目前實施併購業務的金融類企業的籌資能力和利用金融工具實施併購業務的能力有很大的侷限性。在西方資本市場發達的國家，有眾多的金融工具構築成強大的支援體系，投資銀行透過實行證券化的資產管理，依靠資產的證券化效應，提高資產的流動性。對於併購專案還建立了相應的併購基金予以支援。同時，實行投資銀行資產負債比例管理融資以及信貸拆借融資。沒有有效的資金支援，投資銀行參與併購專案時，也只能是提出設計方案，無法向專案當事人