幾乎同時的元龜二年（1571年）六月十四日辰刻，毛利元就因為食道癌，病歿于吉田郡山城中，享年七十五歲。此後毛利氏就在毛利輝元的統治下，由輝元兩位叔父——吉川元春和小早川隆景為輔佐，緩步向東擴充套件勢力，終於加入了織田氏和本願寺的戰爭。

●石山戰爭的終結

第一次木津川口海戰結束後，為了重組對本願寺的包圍，天正五年（1577年）二月，織田信長親統大軍南下征討紀伊的雜賀黨。雜賀地區聚集著許多聞名遐邇的忍者武裝集團，同時也是日本三大鐵砲產地之一，長年來與石山本願寺互通聲氣。織田軍數次進攻本願寺，都在雜賀黨的鐵砲面前吃過大虧。織田信長希望可以透過征服雜賀，斬斷本願寺顯如的一條臂膀。

雜賀的根來寺暗中與織田信長聯絡，願為內應，信長於是整軍前往。經過一個多月的激戰，土橋平次、鈴木重意（雜賀孫一）、岡崎三郎大夫、松田源三大夫、宮本兵大夫、島本左衛門大夫和慄村二郎大夫等七名雜賀首領聯名簽署誓書，表示臣服於織田氏。

天正六年（1578年）十一月六日，爆發了第二次木津川口海戰。為了重組對石山本願寺的包圍圈，為了擊敗毛利水軍，控制瀨戶內海，其實在去年第一次木津川口海戰敗退後，織田信長就下令九鬼嘉隆在伊勢灣建造六艘巨大的新式戰船。九鬼氏本是志摩國豪族，擁有強大的海軍力量，還曾經作為倭寇的一部分，侵擾過我國東南沿海，因為船上習慣打著“八幡大菩薩”的旗幟而被稱為“八幡水賊”。九鬼嘉隆是在遭到伊勢國司北畠氏進攻時，經瀧川一益介紹臣服於織田信長的。

本年六月，這六艘巨大無比，外包鐵皮，配有搖櫓六十支，內建大筒（火炮）三門、中筒（大火槍）二十四支、小筒（火槍）六十八支的戰船終於完工了，被稱為“鐵甲船”。由瀧川一益的一艘大安宅船為嚮導，七艦組成的船團順風離開熊野浦，駛向瀨戶內海，首先在和泉淡路衝擊敗本願寺的水軍，然後在堺港停泊。

堺在戰國時代的日本，是一個極為特殊的存在。堺港位於瀨戶內海西岸，最初重要性遠不及尼崎、兵庫等港口，但應仁之亂以後，細川氏統治此地，將它作為勘合貿易的基地，這才逐漸繁榮起來。除對外貿易外，堺也以刀劍、絹織物、漆器和鐵砲生產聞名全日本，成為周邊封建大名垂涎的一塊肥肉。

在反抗封建大名的橫徵暴斂過程中，堺逐漸由門閥豪商組織起獨立的管理機構，徵召僱傭兵保衛城市，並且統一向封建大名交涉和繳納賦稅，變成了一座自由都市。耶穌會士伽斯巴爾在參觀過堺以後，曾稱其“富庶而和平，象義大利的威尼斯那樣實行自治”。

這般自由都市，在戰亂中的日本，並非獨堺一座。永祿十一年（1568年），織田信長擊敗名義上統治堺的三好氏，為了將此地納入自己的管轄範圍，下令堺的管理機構交出矢錢（軍用金）三萬貫，遭到拒絕。信長準備動用武力征服，堺遂聯合另一享有自治權的都市——攝津的平野，合兵抵抗織田軍的進攻。

經過武力壓迫和政治威脅，到永祿二十年（1569年），織田信長終於迫使堺屈服，承認他的唯一宗主權地位，並按一定數額繳納賦稅。控制堺市與堺港，大大充實了織田氏的軍費和武器來源，而深通談判之道的堺的豪商們，比如千宗易、今井宗久等人，也為信長和平統一許多地區，作出了不可磨滅的貢獻。

因此，鐵甲船團就以堺港為據點，頻繁出擊，配合陸軍再度把本願寺團團包圍起來。十一月六日，毛利水軍再度向本願寺運送軍糧，組織了由六百餘艘大小艦船組成的大船團，來到木津川口。得到訊息的九鬼嘉隆急忙率鐵甲船團迎戰，兩軍從早晨六時一直惡戰到近午——這就是第二次木津川口海戰。

雖然鐵甲船規模巨大、防護嚴密，又配有相當數量的新式火器，但終究數量有限，要直接面對數百艘敵船，勝算是相當渺茫的。九鬼嘉隆看清了這一點，指揮船團儘量不與敵船靠近，而只遠遠地以大筒和鐵砲轟擊。毛利水軍火箭如雨，卻根本無法射穿覆蓋在敵船體外的厚厚鐵甲，而因為距離不夠，手拋焙烙玉也根本無法傷敵。就這樣，嘉隆順利地將毛利水軍擊敗，血洗了第一次木津川口海戰敗戰之恥。

縱橫瀨戶內海十數年的毛利水軍大敗虧輸，這對毛利氏和本願寺兩方都產生了巨大的心理壓力，對織田信長威信之上升，也起了相當重要的推波助瀾作用。從此本願寺外援斷絕，困守孤城，支撐到天正八年（1580年）四月，終於被迫答應織田信長提出的屈辱的和議。