足利義尚（後改名義熙）於延德元年（1489年）三月死於討伐近江守護六角高賴的陣中，足利義視之子義材繼任為幕府將軍。明應二年（1493年）二月，義材將軍採納了畠山政長的建議，領兵討伐畠山義就之子基家，然而他才離開京都，立刻後院起火——幕府管領細川勝元發動“明應政變”，改立堀越公方足利政知之子義遐為幕府將軍，改名足利義高。閏四月，細川軍擊敗並且俘虜了義材將軍，畠山政長自殺。六月，義材將軍在被流放的路上轉逃往越中，依附當地豪強神保長誠。

明應七年（1498年）九月，義材將軍更名為足利義尹，又去依勢力更為龐大的越前守護朝倉貞景（孝景之孫）。次年（1499年）十一月，義尹將軍在上洛途中被六角高賴戰敗，逃去西國依附大內義興（政弘之子）。就這麼跑來跑去，一直捱到細川政元的被殺。永正五年（1508年）四月，細川高國（政元養子）上洛，趕跑了幕府將軍義澄（足利義高改名），當年六月，大內義興進入洛中，擁義尹將軍復位。

從此義尹將軍就被控制在細川高國和大內義興手中，純屬傀儡，受盡了欺壓。他一怒之下逃出京都，流亡到近江甲賀郡，被勸回京後於大永元年（1521年）再度出走和泉。這回細川高國再也不勸他回來了，改立足利義澄的兒子義晴為幕府將軍。

幕府將軍成為守護們手中的傀儡，可以隨意撥弄，可以隨意廢黜和改立，然而一直到末代將軍