就自封徵東將軍，率領部下離開京都，去與足利直義會合。八月一日，尊氏更提出無理要求，請求在他出徵時權代徵夷大將軍職，後醍醐天皇不肯答應，折衷為任命成良親王為徵夷大將軍，統領尊氏、直義等部兵馬。

關東各地武士紛紛合流，尊氏手下很快就增加到了三萬餘人。在和直義匯合後，官軍一路東向，擊敗了遠江的橋本叛軍，然後又在駿河、武藏消滅了叛軍主力，十九日徹底收復了鎌倉，北條時行逃走。由於時行是已經滅亡的先代鎌倉幕府執權的遺孤，而攻破鎌倉僅二十日就失敗了，故此次叛亂被後世稱為“二十日先代之亂”或“中先代之亂”。

八月三十日，後醍醐天皇為嘉獎尊氏平亂之功，特加封從二位之職，並命其即刻返京交令。尊氏磨磨蹭蹭地不肯立即成行，反而上表要求補上徵夷大將軍的空缺。十月，藤原氏的上杉憲房奪取了新田義貞的領地上野來獻，在憲房的倡議下，尊氏自封徵夷大將軍，網羅黨羽，以討伐奸臣新田義貞為名掀起反旗，開始公然和建武朝廷作對。

尊氏造反的訊息傳到京都，後醍醐天皇大怒，立即向全國下達了“尊氏追討詔”，任命尊良親王為上將軍，新田義貞為大將軍，分別從東山道和東海道兩路進攻鎌倉。同時傳檄奧州，命令北畠親房從尊氏身後發動攻擊。

十一月二十五日，新田義貞在三河的矢引