，實際卻秣兵厲馬，尋機再舉。

然而“武力恭順”被“純一恭順”壓倒，俗論派趁機上了臺，開始殘酷地鎮壓尊攘志士，晉作也被迫亡命北九州。元治元年（1864年）十二月，幕府軍還沒有退盡，他就悄悄地潛回了長州，前往下關去會見“松下村塾”的同學山縣狂介，商討起義計劃。

山縣狂介本名小輔，吉田松陰評價他“志向高遠，可稱一個‘狂’字”，因此賜名狂介——也就是後來的日本陸軍大將山縣有朋。狂介本為“奇兵隊”的軍監，後來代替高杉晉作擔任總督，當晉作前來和他商量“必須打倒俗論派，掌握藩政，否則就無法挽救長州，更無法挽救整個日本國”的時候，此人大違其“狂”名，在赤根武人等謹慎派的挾制下，竟然猶豫不決，不肯協同起義。晉作一怒之下拂袖而去，說：“就算只有我一個人，也必定會完成起義大事！”

雖然沒能拉動“奇兵隊”的老部下，但高杉晉作透過不懈努力，卻終於說服了“力士隊”隊長伊藤俊輔（博文）、“游擊隊”新隊長高橋熊太等六十餘人（一說為八十人）。他們於十二月十六日冒雪在下關功山寺起義，隨即襲擊並攻佔了附近的新地會所。

藩兵三千人前往鎮壓起義，高杉晉作身穿祖先傳留下來的紺絲威鎧甲，頭戴烏帽子形兜，沉著應戰。聞聽起義的訊息，尊攘派各隊紛紛前來會合，就連山縣狂介也坐不住了，率領“奇兵隊