田右衛門介、福原越後和國司信濃——在中下級武士的煽動下，決定指揮兵馬進京，對“八月十八日的政變”提出申訴。這種輕率的舉動受到了高杉晉作、久坂玄瑞等穩健派的反對，然而他們的努力勸說最終化成了泡影，長州軍還是出動了，將領除三家老外，還包括“游擊隊”隊長來島又兵衛，以及被迫從徵的久坂玄瑞等人。

長州藩最初的藩論是傾向於鎖國佐幕的，就在“櫻田門外之變”前後，長州藩內製定了三條基本綱領，那就是：一，尊王；二，佐幕；三，恪守藩祖（毛利輝元）以來的忠義之心。然而重臣長井雅樂卻跳出來大唱反調，向藩主毛利敬親提出了《航海遠略策》，指出毀約攘夷是沒有好結果的，只有公武一心，開國進取，才能挽救艱危的時局。長井思想的基調，對內是公武合體，對外是開國，在得到毛利敬親的首肯後，他前往江戶說服了老中安藤信正和久世廣周，又進京說服了天皇和許多公卿，為把公武兩家拉上同一輛戰車而費盡了心機。

然而長井雅樂的“航海遠略論”卻遭到長州藩內尊攘派的激烈反對，以松陰門下弟子桂小五郎和久坂玄瑞等人為首，紛紛提出必須“先攘夷，後開國”，想在不先解決內部矛盾、改革政治以前就向西方列強敞開大門，根本就是開門揖盜。曾經支援過吉田松陰的重臣周佈政之助也站在小五郎等人一邊，於是眾人齊心協力把長井雅樂趕下了臺。

長井雅樂在文久三年（1863年）二月切腹自殺，從此長州藩論全面轉向尊王攘夷，並最終發動兵馬上洛，釀成了血腥的“禁門之變”。

且說長州軍總計三千人，分海陸兩道殺往大坂，隨即以伏見的長州藩邸為據點，大舉向京都進發。當時守衛京都的是包括薩摩、會津在內的共三十個藩的部隊，就兵力來說，長州軍完全落在下風。然而被熱血衝昏了頭腦的長州激進尊攘派卻根本看不清形勢，在他們想來，只要透過公卿上奏天皇，說明自己的尊攘大義，則天皇自然會站到自己一邊，到了那個時候，薩摩、會津等藩的武士，難道還敢違逆天皇的旨意嗎？

然而事實上當時的孝明天皇並無從幕府手中收歸權力的野心，同時因為去年幾場失敗的攘夷戰爭，也已經很明確地表過態：“征服醜夷乃國家之大典……無謀之攘夷實不為朕之所望……”所以天皇是根本不會主動走出皇宮，接納長州志士們的所謂忠心的。

皇宮四周佈列著各藩軍隊，而長州軍則分紮在嵯峨天龍寺、山崎天王山和伏見三處，與各藩遙遙相對。六月二十七日，松平容保命令各藩部隊加強皇宮各門的警備，勿使長州一人一騎進入。七月三日，他又寫信給福原越後，要求長州軍儘快撤出京都附近地區，否則後果自負。

長州軍不甘心就此退出洛中，可是面對數倍於己的兵力，也不敢貿然發動攻擊。就這樣，隨著時間的流逝，形勢對幕府方越來越有利，七月十八日夜晚，松平容保終於請到了幕府討伐長州的敕命，隨即帶病出陣，指揮各藩軍隊向長州軍發起猛攻。

長州軍得到訊息後，騎虎難下，被迫分道殺向皇宮，激烈的戰鬥就這樣打響了。山崎方面屯紮著長州軍的主力，主要將領有久坂玄瑞、益田右衛門介、真木和泉等人，首先遭到諸藩聯軍的進攻，被迫向後退卻。為了掩護主力部隊，同時扭轉戰場形勢，另外兩路長州軍大踏步地向皇宮挺進，先鋒來島又兵衛親率兩百名部下直衝向蛤御門。

當時守備蛤御門的乃是八百名會津藩兵，看到長州軍洶湧殺來，匆忙奮起迎戰，雙方就此在御門前展開了激鬥。作為天龍寺方面主將的國司信濃緊跟在來島又兵衛之後加入戰團，高呼“殺敗會奸，衝進皇宮去求見天皇陛下”等口號拼死奮戰，會津軍力不能敵，節節敗退，眼看御門就要被長州軍攻破了。

然而就在這個時候，一直駐紮在附近、守護乾御門的薩摩島津軍卻開始行動了。島津方主將正是前幾年投海不死的西鄉吉之助隆盛，在他的指揮下，兩百餘名薩摩藩兵救援蛤御門，奇Qīsuū。сom書突然出現在長州軍的背後。遭到前後夾擊的長州軍瞬間崩潰，素有“鬼來島”之稱的勇士來島又兵衛身中銃彈，自度不得幸免，於是含恨切腹而死。

就這樣，長州軍最後一線轉敗為勝的希望就此破滅，三路軍隊陸續都被擊潰。久坂玄瑞被迫闖入公卿鷹司邸，想要負隅頑抗，結果被薩摩、會津、桑名等藩兵團團圍住。惡戰一場後，玄瑞和好友寺島忠三郎一起含淚對刺而死。

最後斃命的長州軍大將是真木和泉，他依靠天王山地勢之險，一直固守到八月二十一日，掩護三位家老順利撤退，然