是一個精力充沛、將要改進和重振全部情報蒐集工作的局長。同時，作為一個反對學術自由、反對不同學術思想共存的具有極大偏見的共和黨人，他又受到了過度的攻擊。這兩種極端的看法都是不正確的。肯尼迪喜歡麥康的出色的而不事宣揚的工作成績，以及他履行職責時的穩健作風。

總統毫不懷疑地認為，在一個具有潛在危險的時期，遇到一個隱蔽的專搞陰謀的敵手時，採用“卑鄙的手段”是必要的和合法的。不過他認為使用這些手段不應越出他制訂的外交政策的框框，應該符合他對發展中國家訂下的民主目標，而且應該事先有較多的策劃和較少的宣傳，不要象豬灣事件前所幹的那樣。他還認為，針對全面的冷戰，特別是“解放戰爭”，從人情與心理方面進行規劃，需要作出比中央情報局或五角大樓所作的更為廣泛的努力。

“作為一個自由國家，”他說，“我們在恐怖、暗殺、作出假的承諾、偽裝暴徒和製造危機策略方面無法同我們的對手較量。”但是我們在爭取發展中國家農村居民的支援時所需要用的政治和經濟的策略方面，則能夠同他們較量，我們能夠用共產黨自己的反帝反殖口號去反對共產黨人，並把在今後五年、十年或十五年中統治這些國家的年輕人爭取到一國的獨立事業中來。在泰勒、默羅和司法部長的協助下，肯尼迪成立了一個新的冷戰戰略委員會來發展這些策略。他下令使我們的反遊擊部隊接受文職人員的許多技能的訓練，並下令派遣數以萬計的文職人員去接受反暴動的課程。我們在拉丁美洲發起了一個城市行動計劃，為的是訓練當地軍隊架橋、從事農村衛生工作和防止城市騷動。

然而，同共產黨游擊隊和暴徒作鬥爭所需要的特殊軍事職責，卻落在五角大樓的肩上——而且這個職責確實是“擱置”在那兒。有好多年，這個問題在輕重緩急的次序上處於次要的地位，儘管第二次世界大戰以來這個問題在希臘、馬來西亞、緬甸、菲律賓、寮國、越南、古巴和中國都廣泛存在。這是西方武裝部隊中最薄弱的環節。美國陸軍中的特種部隊僅僅由一千八百餘人組成，而且是為了在東歐的一場大戰中採取一種截然不同的行動而進行準備的。他們的裝備全過時了而且很不足，從第二次世界大戰以來就沒有更新過。

比經費問題甚至更要緊的是，整個反遊擊活動需要領導有方和靈活善變。肯尼迪總統遠比他的任何一位將領，甚至遠比麥克納馬拉更多地提供了這種領導。他發覺陸軍戰地手冊上沒有多少可學的，於是閱讀了赤色中國的毛澤東和古巴的切·格瓦拉寫的關於游擊戰的經典著作，並要求有關的軍事人員也這樣做。他並不依賴美國的游擊隊去打贏國外戰爭，因為他知道游擊隊所依靠的是當地的農村，而且主要必須靠當地的農民作戰。但是，肯尼迪認為，美國能夠為這一新型的而又古老的作戰方式有效地提供訓練、武器和領導。

起先，陸軍的高階將領全持懷疑的態度，即便不是不高興的話，因為他們慣於為戰鬥部署過於龐大的集團軍和作戰師，而不宜於應付這些微不足道的騷亂。肯尼迪卻支援這支部隊。馬克斯韋爾·泰勒也支援他們。不久，在加利福尼亞北部佈雷格港進行訓練的特種部隊在規模、技術和士氣方面都發展得很快，逐步取得了較好的訓練和較好的裝備。後來，各軍種都想表明他們在這方面正進行著多少努力。空軍提出一項“農村門口作戰”計劃，用新編的突擊隊式的“詹姆叢林”部隊為叢林戰提供空中支援。海軍增加了兩棲和水底破壞小組，並建立了一支越南人的漁船隊，去騷擾越共的補給線。受過游擊戰訓練的海軍陸戰隊的人數，增加了一萬五千。駐在外國的軍事顧問、教練和武官高速度地接受了駐在國語言的訓練。軍事學院和陸軍大學都增設了游擊戰和反暴亂訓練的課程。

但是總統感到自豪的仍然是陸軍的特種部隊。這支部隊迅速地增加到他就職時人數的五、六倍，雖然無論從總人數或從需要來看，他們仍然是很少的。總統再次不顧高階將領們的反對，指示說，特種部隊應戴綠色的貝雷帽作為與其他兵種有所區別的標誌。他希望他們成為一支勇於獻身、素質優良、由專門人員組成的精銳部隊，他們接受訓練，以便在游擊戰中訓練當地農民，他們準備執行廣泛的文職人員的和軍事方面的任務，能夠在離叢林不遠的村莊或敵人後方生活。他親自監督挑選新的裝備——例如，用輕便靴代替笨重的、走起來很響的作戰長統靴，而當輕便靴證明容易被竹籤戳壞後，就在鞋的裡層裝上有彈性的鋼鞋底以增加牢度。他下令提供更多的直升飛機、攜帶較為輕便的地面電臺，以及供比較矮小的越南人使