手段去破壞1941年9月初奧斯陸發生的罷工。在保護國，海德里希於1941年9月到達後，立即宣佈當地進入緊急狀態，後來在1942年5月他被暗殺後，又宣佈進入緊急狀態。在盧森堡，為了應付人民對實行徵兵制的反抗，德國人於1942年8月也曾宣佈當地進入緊急狀態。在荷蘭，透過1941年實施的所謂“軍事行政管制法”，一種類似於“地方緊急狀態”的緊急狀態條例已經制定出來了。後來，根據同年3月19日的一項法令，海牙的德國高階法院取得了“根據在德國本土設立的特別法庭的程式”，行使軍事法庭職務的權利。1943年1月，“行政軍事管制法”又改為“警察軍事管制法”，萬一發生暴動和混亂時，立即可以施行。同時，對“警察軍事法庭”也作出了規定：由一個受過司法訓練的黨衛隊頭目和兩名協助他的黨衛隊或警察官員聯合組成，行使軍事法庭的職權。5月裡，德國當局實施了一種“警察軍事管制”狀態（相當於其他地區所實行的地方緊急狀態）以應付荷蘭的罷工。

在總督轄區和東方佔領區，不論是否正式宣佈進入緊急狀態，都成立了軍事法庭。弗朗克在1939年10月31日的法令中作了原則性的規定：在總督轄區，一切暴力行為和煽動反抗德國人的行為，一概應由這種法庭進行審判。這種法庭由一個保安警察團長或營長，或由一個保安警察特遣隊隊長同“該單位的兩名官員”組成。這項原則也適用於東方合併區和東方佔領區。在合併區，對德國當局犯有暴力行為的波蘭人和猶太人一概由軍事法庭審判，而在佔領區，根據羅森貝格1942年1月12日頒佈的法令也成立了軍事法庭。

在總督轄區和東方佔領區，負責軍事法庭的官員有權把他們認為“特別法庭”更有能力處理的案件移給該庭處理。在佔領區的大部分地方，特別法庭同佔領後設立的普通德國法院保持著密切的關係，特別法庭一般總“隸屬於”德國法院。這種特別法庭的法律程式，完全按照為德國本土相應的法院制定的那一套。交給這種法庭處理的案件便不再屬於普通刑事司法權的範圍了。這種法庭還是自身的上訴法院。被告辯護人“在切實可行的情況下”才予以指派。除了處理特別法庭在德國通常承辦的那類刑事案件（例如，破壞戰時經濟的罪行）外，佔領區的特別法庭還有權審理下列兩類案件：一類是佔領當局明白宣佈特別法庭有權處理的案件，另一類是由於情節特別嚴重，檢察官可能會發交給特別法庭處理的其他刑事案件。就特別法庭對非德國人的刑事裁判權而言，它們是各種德國法庭中最為重要的。象一個評論員於1939年提到波蘭被佔領區的情況時所說的那樣，“在波蘭被佔領區一開始進行司法工作時，就有‘特別法庭’，這種法庭就代表當時的全部德國司法”。

在波蘭，德國陸軍總司令首先於1939年9月5日設立了特別法庭，但是後來弗朗克在1939年11月15日頒佈的一項法令裡又詳細規定了它們的職能。根據這項法令，弗朗克在每一總督或地區長官的治所設立了一個特別法庭。每個法庭由三名法官組成，但審理“簡單案件”則只有一名法官。這些法庭全都根據德國刑法審判案件。後來，羅森貝格在奧斯蘭和烏克蘭的每一德國法院下也設立了類似的法庭。在保護國，根據1940年2月21月德國頒佈的關於“特別法庭的重建工作及其許可權”的法令，以德國本國這類法庭為根據，也自動組織了特別法庭。在西方，往往在佔領初期就設立了特別法庭，專門處理據認為普通德國法院的程式無法迅速處理的案件。例如，在盧森堡，民政長官西蒙於1940年8月20日設立了特別法庭，審理下列案件：非法集會、私藏武器、散佈敵視德國的訊息，以及煽動罷工和關閉工廠。在挪威，特博文於1940年10月設立了一個類似的機構，來應付那些設法使非法的政黨繼續展開活動的人。在比利時，軍事司令官命令司令部設立特別法庭去應付盜竊糧食的案件。但是，據指出，這不一定就意味著比利時的法院將被“取消”，因為德國法院的運用問題“取決於比利時法院如何表現出它們對人民的責任感”。

儘管德國人十分重視使被佔領國家的法律與司法制度同納粹的政治與思想目標協調一致的工作，但是他們不久便開始主要依靠恐怖政策，而不是依靠合法手段去對付反對新秩序的人。例如，以丹麥而言，只有113名抵抗運動的成員是經過軍事法庭的判決而被處死的，可是至少有797人是在德國當局乾的“清剿”或“報復”的屠殺和其他恐怖行為中被殺害的。不同的因素促使德國人逐步拋棄了“合法”的假面