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當然，希特勒對來自教會方面的反對並沒有估計過低，他在德國保安總局內設定周密的機構來應付“政治天主教”和“政治新教”便是明證。儘管他指望往後再同教會算帳，他卻感到在戰爭年代裡要隨心所欲地對付教會是力所不逮的。可是，教會反對派起先也一直默默無聲，後來才真正講話了——當時博爾曼領導的納粹極端分子終於表明：他們決心要利用戰爭的種種緊急需要（例如，對醫院的需要便成為接收修道院和教會的其他財產的藉口）去消滅對基督教的信仰，象他們已經消滅了敵對的政黨那樣。的確，教會方面為了國家的團結，起初準備默默地忍受迫害。偶爾，一個宗教領袖甚至同他的迫害者站到了一起——例如，在法國淪陷後，天主教隨軍主教拉科斯基向德國軍隊發表了一封教書，讚揚希特勒，還有，福音派的總監督蒂格爾在《漢堡教會日報》上發表文章，把元首說成上帝的工具，並且說恢復德國在歐洲的權力是執行了上帝的法律。

然而1941年初，納粹黨與教會的關係起了決定性的變化，結果天主教主教們反對納粹的宣告變得越來越坦率。3月，弗賴堡大主教格勒貝爾（他是希特勒政權最大膽的批評者之一）發表了一封教書宣稱，面對著當前納粹對教會的迫害，“天主教徒不能只是逆來順受”，他還指出，在目前的情況下，“袖手旁觀肯定是罪孽深重的”。三個月以後，在富爾達起草、並在德國所有天主教教堂中宣讀的一封聯合教書回顧了近幾個月內教會所面臨的嚴重障礙（徵用修道院，關閉學校，壓制主教教區的刊物等等），並且指出，排除這些障礙應是教會和國家之間真誠合作的必要條件。

由於這封教書是在對俄國發動進攻僅僅四天後發表的，我們可以把它看作是面對著布林什維克這一共同危險時，主教們提出的和解建議（拿福音派宗教事務會議來說，它正準備打電報給希特勒向他提出保證，福音派全體教徒在這場反蘇鬥爭中一定忠誠合作）。可是，納粹黨人對於以思想意識方面的妥協為代價去換取國家團結並不感覺興趣。1941年6月6日，博爾曼向全體行政長官發出了一個秘密通報，強調基督教與國家社會主義是不能共存的，並且堅持“凡是會限制或者妨礙元首在國家社會主義工人黨的協助下所行使的對人民的領導權（Volksfuhrung）的種種勢力”，例如教會，“必須全部消滅”。在這方面，對於宗教信仰無需加以區別，因為新教徒同天主教徒“一樣抱著敵意”。因此，所謂“反對布林什維主義的十字軍”非但沒有成為宗教和平的訊號，反而標誌著一場全面的宗教戰爭的開端。以前授予天主教會的特權——例如，為波蘭工人（德國統治下人數最多的非日耳曼天主教團體）舉行禮拜的權利——立即被撤銷，而富爾達會議主席貝爾特拉姆紅衣主教為這件事一再提出的抗議，卻被故意置諸不理。甚至主教們聯名寫給希特勒的一封抗議書——指責德國政府違反了同羅馬教皇簽訂的宗教契約——也被置諸腦後。因此，主教們決定透過教書和講道方式使德國人民注意他們所提出的抗議。

有一時期，主教們對納粹的種族仇恨學說，以及故意使青年人墮落和殺害病人及精神病人的做法，一直進行尖銳的批評。現在，他們開始對納粹黨非宗教性方面的政策——象干涉法官的獨立性問題和人種試驗問題（例如，用“科學育人法以繁殖一國人民”的人種試驗）——也進行抨擊，人種試驗問題在1942年的富爾達會議上受到特別強烈的譴責。他們還開始對德國在這場戰爭中的正義問題公開表示懷疑，指出（在1943年8月19日富爾達的聯名教書中）凡是違背基督教信條的純世俗思想，都已經暴露出來是錯誤的道路，已經以痛苦失望而告終，他們還譴責那些“單把自己的國家和人種奉為特殊神明”的人。最後，在1944年發表的許多篇四旬齋教書中，他們公開提出疑問：在道義上納粹黨是否有權充作反對布林什維主義的基督教文明的衛士？他們描繪了戰爭所帶來的種種恐怖行為，認為這些全是人類激怒了上帝后的直接報應，同時對那些指望“單靠政治和經濟措施去征服布林什維主義”的人提出警告：“布林什維主義固有的邪惡只能用基督精神的內部力量去戰勝”；他們還向德國人民發出呼籲，要他們提防那些已經使“他們的靈魂受到凌辱和獸化”，並使他們“非但沒有戰勝，反而”淪落“到馬克思唯物主義水準”的人，不要讓這些人把他們“引入歧途”。

在1939年11月那次密謀失敗以後，政治和軍事方面的