數較多的陸軍軍官都已逃跑，但是原有的政府機構，包括警察和憲兵在內，實際上原封未動。主要的變化是，在希臘國內已經不存在希臘陸軍了。軍隊業已遣散，士兵都獲准回家。只有政府是新的，尤其新在沒有一個希臘人認為它是希臘政府。4月底，德國人讓喬治·特索拉科格羅將軍出任首相，他就是一週以前沒有奉到命令便籤署一項停戰協定的人。在他的沒有效力的管轄下，政府最初幾乎仍象在德軍佔領前那樣發揮作用。

但是，它完全無法對付希臘在佔領下所經歷的第一場危機：1941年冬天的饑荒。為了防止發生災難，交戰國與中立國之間達成了一項協議，允許救濟饑民。由瑞典人和瑞士人組成的一個國際紅十字會組織負責分發美國和加拿大提供的食物。儘管如此，那年冬天仍有成千上萬的人餓死，主要是在雅典。墨索里尼訪問雅典以後，於1942年7月22日曾致函希特勒，他估計餓死的人數為兩萬四千。等1941年冬季過去以後，食物供應的情況稍見好轉。

1942年夏天，緊接在饑荒後面的是通貨膨脹，儘管經濟已經區域性恢復了。物價飛漲，到1944年下半年已成了天文學數字，德拉克馬不再具有任何實際價值，希臘經濟回到了物物交換制，大宗交易則用英國金鎊支付作為輔助辦法。

1942年秋季以後，隨著希臘抵抗運動的發展，游擊隊經常破壞交通，並“解放”了希臘中部相當大的地區，這進一步破壞了該國的經濟。1942年底，希特勒的全權特使諾伊巴赫爾來到希臘，他並未能促使義大利當局更為積極地採取行動，也未能制止抵抗運動的增長或經濟衰退的發展。

另一方面，保加利亞人實際上已把希臘東馬其頓和西色雷斯的菸草和糧食種植區據為己有，並把這些地方納入保加利亞的經濟中：在這個過程中，他們還順帶沒收了屬於希臘人的土地，把希臘人徵召入伍和押送出境，並把保加利亞人安置在希臘人以前的產業上。1943年9月義大利投降以後，德國人又准許保加利亞人遷移到希臘西馬其頓的某些中心去。

在義大利佔領軍盤踞在希臘的二十八個月裡，他們不時對希臘人採取兇暴的報復手段，不過這些暴行都是孤立地進行的，往往是分別針對個人，而不是有系統或大規模進行的。隨著希臘的抵抗活動在1943年蔓延開來後，德軍的鎮壓措施變得日益嚴厲。1943年8月，德國當局宣佈，殺死一個德國士兵就要處決五十個希臘人。這項命令在不同時期確實在雅典付諸實行。在農村，比較常用的一種報復形式是，進入一個據信是支援游擊隊的村莊，把能夠抓到的所有男人殺死，再把房屋燒光。一個美國權威作家估計，在軸心國佔領期間，希臘有四分之一的建築物都在其種程度上受到損壞。在佔領的後期，希臘游擊隊和英國官兵的破壞活動使橋樑、鐵路（當時還通車的）和公路受到了廣泛的損毀，主要是在希臘中部和北部。

因此在1943年以後，正常的經濟生活和行政工作日趨瓦解，後來幾乎到了完全停頓的地步。在中部和北部游擊隊控制的山區，游擊隊用一種臨時性的經濟和行政管理制度（包括郵政和電話）在某種程度上代替了舊的制度。另一方面，在雅典的通敵分子政府則致力於組織反共保安營，旨在配合憲兵和德國部隊在農村的活動。

這項任務主要是由第三任即最後一任通敵分子首相約翰·拉利斯主動完成的。特索拉科格羅將軍在游擊隊開始形成後不久便於1942年12月辭職。他的繼任人是前雅典大學的校長康斯坦丁·洛戈塞託普洛斯，一個親德分子。但是，1943年4月，一個取得了內閣大臣身分的前保皇的人民黨黨員拉利斯接替了他。

拉利斯認為他的首要任務在於遏制共產黨和維持秩序。他的主要武器是在1943年下半年組成的保安營。保安營是軍事單位，主要由以前的希臘正規軍軍官指揮，同德國佔領軍配合作戰，不過他們似乎自認為是希臘的一支國家部隊。人數最多達到五千名左右。

通敵分子接連組成的幾屆政府、保安營，以及主要活動於希臘馬其頓的幾支雜牌武裝隊伍，實際上就是在希臘積極協助軸心國的僅有的幾股勢力。事實是，直到1943年中期，希臘人民作為一個整體一直顯示出一種驚人的、幾乎史無前例的團結精神。但在1943年以後，這種團結逐漸遭到了破壞，首先是由於關於君主政體的爭論（共產黨人很巧妙地利用了它），其次是由於共產黨及其同情者和希臘其餘人士之間的遠為嚴重的爭論。

在希臘境外，希臘國王和他的幾屆流亡政府至少在1944