沙為中心，這些行政區進一步又分成市區和郊區。在大戰的第一個冬季和1940年春季與初夏這段時期裡，納粹分子似乎仍然不能確定，是把總督轄區作為一個單獨的實體維持下去為德國的利益充分使用其資源和人力呢，還是把它完全納入大德國體系，對他們最為有利。強迫波蘭人和猶太人從合併區移入總督轄區一事，似乎表明有保留總督轄區波蘭特徵的意圖。克拉科夫大學的教授們在接近1939年底時，全體被驅逐出境並拘留在德國，可是到1940年2月又獲准重返家園，這也是有其意義的。幾星期後，據說波蘭醫師也獲准在華沙和其他城市裡負責醫療工作。另一方面，從文官政體成立之初，就有跡象表明有一種德意志化的意圖——例如，據報道波蘭一些紀念碑的拆毀，以及德國學校的開辦，其規模似乎遠遠超過總督轄區日耳曼族人和德國官員們的需要。

總督轄區的確切的地位始終沒有十分清楚地規定過，但是到1940年年中，關於在該區實施德意志化政策的任何懷疑全都消除了，雖然朝著既定方向的進展並不如預期的那麼迅速。殘酷鎮壓和恐怖政策的種種措施，甚至還有標誌著德國對總督轄區統治的後期的大屠殺，都是由弗朗克執行的。他後來交給逮捕他的美國人員大約四十二冊日記，其中仔細地記下了他在波蘭的所作所為，而這些日記在紐倫堡審訊時恰恰成了控告他的最有力的證據。弗朗克在波蘭犯下的“滅絕種族”的罪行，希姆萊也有份，因為根據1939年10月7日的一項秘密法令，希姆萊奉派全面負責德意志化政策，包括清除“外國人口中對德國以及對日耳曼族人社會可能構成威脅的那些集團的有害影響”。

說明對總督轄區的政策的那些指示是由弗朗克和希姆萊予以解釋和執行的，其中有政治、社會、文化與宗教、經濟、生物、物質和精神等方面。在政治方面，總督轄區被當作德國的一個殖民地，並應由各“劣等”民族予以承認。在社會方面，第一個目標是清除猶太人和波蘭知識分子。在文化方面，波蘭的所有高等學府都將予以撤銷，只容許波蘭人接受初等教育和職業教育，而且這種教育還得在德國人的監督下用德語來進行。他們還採用了各種措施去破壞教會的影響。在經濟方面，遵循的政策就是戈林的指示中所規定的代表德國在損害當地居民的情況下進行掠奪。在生物方面，“悄悄”採取的措施在於消滅猶太人和降低波蘭人的出生率。在物質方面，從屬的居民忍飢挨餓，還受到殘暴的迫害。在精神方面，非日耳曼族人的種種最卑劣的本能都受到了鼓勵。

德國人曾充分利用1939年入侵後的脫節和混亂現象，採取措施迫害波蘭的知識分子。希姆萊後來吹噓說，當時德國警察“就得有那股蠻勁……去槍斃幾千名波蘭的頭面人物”。除此以外，如同我們看到的那樣，在1939年下半年，有大批波蘭知識分子，主要是從克拉科夫地區，被押送到各拘留營去。可是，儘管德國的政策很嚴厲，它們並沒有防止地下組織很早便在兩次大戰間的整個波蘭領土上廣泛地建立起來。這在1940年初使德國領袖們大為煩惱。他們感到如此憂慮，以致1940年5月在德軍進犯低地國家和法國的時候，他們遵照希特勒想在東方保持和平的願望，下令對波蘭地下運動採取“特別綏靖行動”，或稱“A。B。行動”。因此，6月15日，地下組織有幾千名成員遭到逮捕，並且根據弗朗克的命令於10月間被提交戰地軍事法庭審判，其後差不多有一半人被處決了。

德國當局在佔領波蘭後，立即開始招募身強力壯的波蘭人，特別是農業工人，到德國去工作。到1940年年中，各合併區身強力壯的工人的供應很快就變得枯竭了，而志願辦法在總督轄區只取得了部分成功。弗朗克於是在1940年夏季下令，採用強制手段進行招工。1941年和1942年間，他不斷表示自己對於為此目的所採用的攔街兜捕這類辦法的有效性所感到的得意。象他在1942年8月向紹克爾保證的那樣，他在1942年12月能夠彙報說，總督轄區已經為德國提供了九十四萬餘名工人。

早在1941年9月，弗朗克就已經知道，總督轄區居民的生活已經下降到接近飢餓的水平。可是，過了將近一年，在柏林舉行的一次會議以後，由於戈林在會上把德國糧食情況的嚴重性告訴了他，他使總督轄區在原來已經過分的需要量之外，又承擔了為德國提供五十萬噸做麵包用的穀物。1942年8月，他指示下屬說，這筆貢獻必須全部“在犧牲外族＇非日耳曼族＇居民的情況下”作出，還進一步指示他們說，“這項工作必須冷酷無情、毫無同情心地完成