日偽軍首先進行“軍事清鄉”，在根據地中心區的南通縣中部和海（門）啟（東）以北地區，大量增設據點，並依託據點，日夜出動部隊，採用“梳篦”、“拉網”戰術，分割槽進行反覆“搜剿”，企圖消滅抗日武裝和黨政軍領導機關。同時，在“清鄉”區的邊緣，沿河川、道路設定了封鎖竹籬笆200多公里，並派兵分點扼守，盤查來往行人，企圖以此隔斷內外聯絡。

針對敵人的“軍事清鄉”特點，蘇中抗日軍民密切配合，積極開展鬥爭。在敵人開始合擊時，蘇中第4軍分割槽的大部主力轉移到“清鄉”區邊緣線上，在雙（甸）岔（河）、馬（塘）掘（港）和林（梓）白（蒲）等公路沿線，襲擊敵人據點，破壞封鎖籬笆，斷敵交通，積極打擊敵人。同時，組織廣大群眾，多次進行破擊，燒燬敵人用於建造封鎖籬笆的竹竿500萬根以上。當敵深入中心區進行“清剿”時，堅持內線鬥爭的部分主力、地方武裝及民兵，在敵空隙中靈活穿插，避敵主力，專打敵“清鄉隊”；並大量組織鋤奸組、狙擊隊，捕殺敵“清鄉”人員。蘇中的其他部隊也在東臺、興化等地進攻敵人，先後攻克安豐、富安、釣魚廟等10餘處據點，有力地策應了內線的反“清鄉”鬥爭。至5月底，敵“軍事清鄉’即告結束。

6月初，日偽軍轉為“政治清鄉”，集中大批軍、警、憲、特和保甲人員，開始對南通、如皋、海門、啟東地區，先後進行“和平編查保甲”和“武裝編查保甲”，清查戶口，實行“連保連坐”；建立“反共自衛團”、“愛鄉會”等，企圖建立和加強其偽化統治。蘇中第4軍分割槽採取以武裝鬥爭為主，結合合法鬥爭的方針，繼續以短槍隊等和民兵打擊小股敵人和“清鄉”人員，同時開展政治攻勢，並動員和掩護群眾進行反對編查保甲的鬥爭。

在軍事打擊和政治攻勢下，偽軍大批反正，偽職人員紛紛自首，敵人建立的偽組織名存實亡，從而打亂了敵分割槽“政治清鄉”的計劃。8月以後，敵人進行“機動情鄉”被挫敗。接著又進行為期3個月的“延期清鄉”，企圖以更加殘酷的燒光、殺光、搶光的“三光”政策，徹底破壞抗日根據地，在此嚴重情況下，蘇中第4軍分割槽採取了在中心區相對減少公開的軍事活動，加強秘密和合法的鬥爭；主力部隊則到“清鄉”區邊緣和敵佔區積極打擊敵人的方針，至12月底又粉碎了敵人的“延期清鄉”計劃。在9個多月的反“清鄉”鬥爭中，蘇中軍民共摧毀敵據點49處，殲滅日偽軍和“清鄉”人員2400餘人，爭取偽軍、偽行政人員1700多人反正，取得了反“清鄉”鬥爭的重大勝利。

在蘇中反“清鄉”的同時，蘇南和浙東抗日根據地軍民也展開反“清鄉”鬥爭。兩區軍民採取游擊戰和政治攻勢相結合、公開鬥爭與隱蔽鬥爭相結合的方針，經過艱苦鬥爭，粉碎了日偽軍的“清鄉”，堅持了抗日根據地。

華中日軍為鞏固和擴大佔領區，在蘇北、淮北、蘇中和鄂豫皖邊區，加修公路，廣設據點，並依託這些據點，對抗日根據地邊緣區進行“蠶食”。

為粉碎日軍的“蠶食”政策，淮海區軍民自1943年春開始，積極開展以武裝鬥爭為中心的反“蠶食”鬥爭。首先，軍民結合展開破路鬥爭，切斷敵各據點之間的聯絡。接著，在敵孤立據點周圍開展群眾性的游擊戰，打冷槍，圍據點，爭取和瓦解偽軍。從5月開始，該地區新四軍主力在地方武裝和民兵的配合下，向沐陽東南之塘溝為中心的地區展開反擊戰，攻克據點10餘處，殲滅日偽軍5000親人，基本上恢復了淮海抗日根據地原有的態勢。

在淮北地區，日軍“蠶食”了淮（陰）泗（縣）和邳（縣）睢（寧）銅（山）地區的東陳集、順河集及土山、葉場等地。淮北區軍民自1943年春開始，展開了以武裝鬥爭為主、以泗宿地區為中心的全面反“蠶食”鬥爭，從夏季開始，新四軍第4師一部進行反擊，拔除羅圩、順河集、葉場等日偽據點26處；派武工隊深入敵佔區，恢復與開闢13個區、70多個鄉的游擊區，從而穩定了邊緣區的形勢。

在蘇中地區，日軍在對南通、海門、啟東等地實行“清鄉”的同時，又對蘇中其他根據地的邊緣區進行“蠶食”。蘇中區軍民一面進行反“清鄉”鬥爭，一面抽調幹部帶領群眾打擊敵人的“蠶食”活動。經過春夏兩季的連續鬥爭，不僅粉碎了敵之“蠶食”計劃，而且還擴大了根據地。

在鄂豫皖邊區，日軍自6月下旬起，開始對抗日根據地邊緣區進行“蠶食”。新四軍第5師以主力一部配合地方武裝和民兵，對敵展開群眾性的破襲戰，打擊敵之“蠶食”活